-
Nikan- arin RNA Sequencing
Idagbasoke imudani sẹẹli-ẹyọkan ati awọn imọ-ẹrọ ikole ile ikawe aṣa, papọ pẹlu ilana ṣiṣe-giga, ti ṣe iyipada awọn ikẹkọ ikosile jiini ni ipele sẹẹli. Aṣeyọri yii ngbanilaaye fun imọ-jinlẹ ati imọ-jinlẹ diẹ sii ti awọn olugbe sẹẹli ti o nipọn, bibori awọn idiwọn ti o nii ṣe pẹlu aropin ikosile jiini lori gbogbo awọn sẹẹli ati titọju ilopọ otitọ laarin awọn olugbe wọnyi. Lakoko ti ilana RNA sẹẹli-ẹyọkan (scRNA-seq) ni awọn anfani ti a ko le sẹ, o koju awọn italaya ni awọn tisọ kan nibiti ṣiṣẹda idadoro sẹẹli-ẹyọkan jẹri nira ati nilo awọn ayẹwo tuntun. Ni BMKGene, a koju idiwo yii nipa fifun ọna-ọna RNA ọkan-nucleus (snRNA-seq) ni lilo imọ-ẹrọ 10X Genomics Chromium-ti-ti-aworan. Ọna yii n gbooro si iwoye ti awọn ayẹwo ti o ni anfani si itupalẹ transcriptome ni ipele sẹẹli-ẹyọkan.
Iyasọtọ ti awọn ekuro jẹ aṣeyọri nipasẹ chirún Chromium 10X Genomics tuntun, ti o nfihan eto microfluidics ikanni mẹjọ pẹlu awọn irekọja meji. Laarin eto yii, awọn ilẹkẹ gel ti o ṣafikun awọn koodu barcodes, awọn alakoko, awọn enzymu, ati ẹyọkan kan ni a fi sinu awọn iwọn epo nanoliter, ti o ṣẹda Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Lẹhin dida GEM, sẹẹli lysis ati idasilẹ koodu waye laarin GEM kọọkan. Lẹ́yìn náà, àwọn molecule mRNA farada ìkọ̀wé àdàkọ sí àwọn cDNA, tí ó ń ṣàkópọ̀ 10X barcodes àti Àwọn Ìdámọ̀ Mọ́likula Alailẹgbẹ (UMIs). Awọn cDNA wọnyi ni a tẹriba si kikọ ile ikawe ti o ṣe deede, ni irọrun ti o lagbara ati iwadii kikun ti awọn profaili ikosile pupọ ni ipele sẹẹli-ẹyọkan.
Platform: 10× Genomics Chromium ati Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Awọn transcriptomics aaye jẹ imọ-ẹrọ gige-eti ti o fun laaye awọn oniwadi lati ṣe iwadii awọn ilana ikosile pupọ laarin awọn tisọ lakoko ti o tọju ipo aye wọn. Syeed ti o lagbara ni agbegbe yii jẹ 10x Genomics Visium pọ pẹlu ilana ilana Illumina. Ilana ti 10X Visium wa lori chirún amọja kan pẹlu agbegbe yiyan ti a yan nibiti a ti gbe awọn apakan àsopọ. Agbegbe yiyaworan ni awọn aaye ti o ni koodu koodu, kọọkan ti o baamu si ipo aye alailẹgbẹ laarin àsopọ. Awọn ohun elo RNA ti o gba lati inu ẹran ara lẹhinna ni aami pẹlu awọn idamọ molikula alailẹgbẹ (UMIs) lakoko ilana iṣipopada. Awọn aaye ti o ni koodu koodu ati awọn UMI jẹ ki aworan agbaye to peye ati iwọn ikosile jiini ni ipinnu sẹẹli-ẹyọkan. Apapo ti awọn ayẹwo ni aaye barcoded ati awọn UMI ṣe idaniloju deede ati pato ti data ti ipilẹṣẹ. Nipa lilo imọ-ẹrọ Spatial Transcriptomics yii, awọn oniwadi le ni oye ti o jinlẹ ti eto aye ti awọn sẹẹli ati awọn ibaraenisepo molikula ti o nwaye laarin awọn tisọ, fifun awọn oye ti ko niyelori si awọn ilana ti o wa labẹ awọn ilana ti ibi ni awọn aaye pupọ, pẹlu oncology, neuroscience, isedale idagbasoke, ajẹsara , ati awọn ẹkọ imọ-aye.
Platform: 10X Genomics Visium ati Illumina NovaSeq
-
Ipari-kikun mRNA Sequencing-Nanopore
Lakoko ti ilana mRNA ti o da lori NGS jẹ ohun elo wapọ fun iwọn ikosile jiini, igbẹkẹle rẹ lori kika kukuru ni ihamọ ipa rẹ ni awọn itupalẹ transcriptomic eka. Ni apa keji, ilana atẹle nanopore n gba imọ-ẹrọ kika gigun, ti o mu ki ilana ti awọn iwe afọwọkọ mRNA gigun-kikun. Ọna yii n ṣe irọrun iwadii kikun ti splicing yiyan, awọn idapọ pupọ, poly-adenylation, ati iwọn awọn isoforms mRNA.
Ilana Nanopore, ọna ti o gbẹkẹle nanopore nikan-molecule awọn ifihan agbara itanna akoko gidi, pese awọn abajade ni akoko gidi. Ti o ni itọsọna nipasẹ awọn ọlọjẹ mọto, DNA ti o ni ilọpo meji ni asopọ si awọn ọlọjẹ nanopore ti a fi sinu biofilm, ṣiṣi silẹ bi o ti n kọja nipasẹ ikanni nanopore labẹ iyatọ foliteji. Awọn ifihan agbara itanna iyasọtọ ti ipilẹṣẹ nipasẹ awọn ipilẹ oriṣiriṣi lori okun DNA ni a rii ati tito lẹtọ ni akoko gidi, ni irọrun deede ati itọsẹ ipasẹ nucleotide. Ọna imotuntun yii bori awọn idiwọn kika kukuru ati pese pẹpẹ ti o ni agbara fun itupalẹ jiini intricate, pẹlu awọn ikẹkọ transcriptomic eka, pẹlu awọn abajade lẹsẹkẹsẹ.
Platform: Nanopore PromethION 48
-
Ipari mRNA ni kikun -PacBio
Lakoko ti ilana mRNA ti o da lori NGS jẹ ohun elo wapọ fun iwọn ikosile jiini, igbẹkẹle rẹ lori kika kukuru ni ihamọ lilo rẹ ni awọn itupalẹ transcriptomic eka. Ni apa keji, ipasẹ PacBio (Iso-Seq) nlo imọ-ẹrọ kika-gun, ti o mu ki ilana ti awọn iwe afọwọkọ mRNA ipari-kikun. Ọna yii n ṣe iranlọwọ fun iwadii kikun ti splicing yiyan, awọn idapọ pupọ, ati poly-adenylation. Sibẹsibẹ, awọn yiyan miiran wa fun iwọn ikosile pupọ nitori iye data ti o ga julọ ti o nilo. Imọ-ẹrọ ilana ipasẹ PacBio da lori ilana-ẹyọkan, akoko gidi (SMRT), ti n pese anfani ti o yatọ ni yiya awọn iwe afọwọkọ mRNA gigun-kikun. Ọna imotuntun yii jẹ pẹlu lilo awọn itọsọna igbi ipo odo (ZMWs) ati awọn kanga microfabricated ti o jẹ ki akiyesi akoko gidi ti iṣẹ ṣiṣe DNA polymerase lakoko tito-tẹle. Laarin awọn ZMW wọnyi, PacBio's DNA polymerase ṣajọpọ okun ibaramu ti DNA, ti n ṣe ipilẹṣẹ kika gigun ti o ni gbogbo awọn iwe afọwọkọ mRNA. Iṣiṣẹ PacBio ni ipo itẹwọgba Ipinnu Ijẹwọgbigba (CCS) mu išedede pọ si nipa tito lẹsẹsẹ moleku kanna leralera. Awọn kika HiFi ti ipilẹṣẹ ni deede ti o ṣe afiwe si NGS, idasi siwaju si okeerẹ ati igbekale igbẹkẹle ti awọn ẹya transcriptomic eka.
Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
mRNA sequencing, imọ-ẹrọ to wapọ, n fun ni agbara ni kikun ti gbogbo awọn iwe afọwọkọ mRNA laarin awọn sẹẹli labẹ awọn ipo kan pato. Pẹlu awọn ohun elo jakejado rẹ, ohun elo gige-eti n ṣafihan awọn profaili ikosile apilẹṣẹ intricate, awọn ẹya apilẹṣẹ, ati awọn ọna ṣiṣe molikula ti o ni nkan ṣe pẹlu awọn ilana isedale oniruuru. Ti a gba jakejado ni iwadii ipilẹ, awọn iwadii ile-iwosan, ati idagbasoke oogun, ilana-iṣe mRNA n funni ni awọn oye si awọn intricacies ti awọn dainamiki cellular ati ilana jiini, didan iwariiri nipa agbara rẹ ni awọn aaye lọpọlọpọ.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Ti kii ṣe Itọkasi orisun mRNA Sequencing-NGS
Itọpa mRNA n fun ni agbara ni kikun ti gbogbo awọn iwe afọwọkọ mRNA laarin awọn sẹẹli labẹ awọn ipo kan pato. Imọ-ẹrọ gige-eti yii ṣiṣẹ bi ohun elo ti o lagbara, ṣiṣafihan awọn profaili ikosile jiini intricate, awọn ẹya pupọ, ati awọn ọna ṣiṣe molikula ti o ni nkan ṣe pẹlu awọn ilana isedale oniruuru. Ti a gba jakejado ni iwadii ipilẹ, awọn iwadii ile-iwosan, ati idagbasoke oogun, ilana-iṣe mRNA n funni ni awọn oye si awọn intricacies ti awọn agbara cellular ati ilana ilana jiini.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Long Non-ifaminsi Sequencing-Illumina
Awọn RNA ti kii ṣe ifaminsi gigun (lncRNAs) gun ju 200 nucleotides ti o ni agbara ifaminsi iwonba ati pe o jẹ awọn eroja pataki laarin RNA ti kii ṣe ifaminsi. Ti a rii ni arin ati cytoplasm, awọn RNA wọnyi ṣe awọn ipa to ṣe pataki ni epigenetic, transcriptional, ati ilana transcriptional lẹhin, ti n tẹnumọ pataki wọn ni sisọ awọn ilana cellular ati molikula. Atẹle LncRNA jẹ ohun elo ti o lagbara ni iyatọ sẹẹli, Ontogenesis, ati awọn arun Eda eniyan.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Kekere RNA Sequencing-Ilumina
Awọn ohun elo RNA (sRNA) kekere, pẹlu awọn microRNAs (miRNAs), awọn RNAs kekere ti o ni kikọlu (siRNAs), ati awọn RNA ti n ṣe ajọṣepọ piwi (piRNAs). Lara iwọnyi, awọn miRNA, ni ayika 18-25 nucleotides gigun, jẹ akiyesi pataki fun awọn ipa ilana pataki wọn ni ọpọlọpọ awọn ilana alagbeka. Pẹlu awọn ilana ikosile ti ara-pato ati ipele-ipele, awọn miRNA ṣe afihan itọju giga kọja awọn oriṣiriṣi oriṣiriṣi.
Platform: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Ilumina
Atẹle RNA yipo (circRNA-seq) ni lati ṣe profaili ati ṣe itupalẹ awọn RNAs ipin, kilasi kan ti awọn ohun elo RNA ti o ṣe awọn iyipo pipade nitori awọn iṣẹlẹ splicing ti kii-canonical, pese RNA yii pẹlu iduroṣinṣin to pọ si. Lakoko ti diẹ ninu awọn circRNA ti ṣe afihan lati ṣe bi awọn kanrinkan microRNA, titọ awọn microRNAs ati idilọwọ wọn lati ṣe ilana mRNAs ibi-afẹde wọn, awọn circRNA miiran le ṣe ajọṣepọ pẹlu awọn ọlọjẹ, ṣatunṣe ikosile jiini, tabi ni awọn ipa ninu awọn ilana cellular. Ṣiṣayẹwo ikosile circRNA n pese awọn oye sinu awọn ipa ilana ti awọn ohun elo wọnyi ati pataki wọn ni ọpọlọpọ awọn ilana cellular, awọn ipele idagbasoke, ati awọn ipo arun, ti n ṣe idasi si oye ti o jinlẹ ti idiju ti ilana RNA ni aaye ti ikosile pupọ.
-
Gbogbo Transcriptome Sequencing – Illumina
Gbogbo itọsẹ tiranscriptome nfunni ni ọna pipe si sisọ awọn ohun elo RNA oniruuru, ifaminsi (mRNA) ati awọn RNA ti kii ṣe ifaminsi (lncRNA, circRNA, ati miRNA). Ilana yii n gba gbogbo transcriptome ti awọn sẹẹli kan pato ni akoko ti a fun, gbigba fun oye pipe ti awọn ilana cellular. Paapaa ti a mọ bi “apapọ RNA lapapọ,” o ni ero lati ṣipaya awọn nẹtiwọọki ilana intricate ni ipele transcriptome, ṣiṣe itupalẹ ijinle gẹgẹbi idije RNA endogenous (ceRNA) ati itupalẹ RNA apapọ. Eyi ṣe samisi igbesẹ akọkọ si ọna abuda iṣẹ, ni pataki ni ṣiṣafihan awọn nẹtiwọọki ilana ti o kan awọn ibaraenisepo ceRNA-orisun circRNA-miRNA-mRNA.
