-
Ifiwera Genomics
Jinomiki afiwera jẹ ayẹwo ati afiwe ti gbogbo awọn ilana jiini ati awọn ẹya laarin awọn oriṣiriṣi oriṣiriṣi. Aaye yii n wa lati ṣe afihan itankalẹ ti ẹda, ṣe iyipada awọn iṣẹ apilẹṣẹ, ati ṣe alaye awọn ilana ilana jiini nipa idamo awọn ẹya ti a fipamọ tabi iyatọ ti o yatọ ati awọn eroja kọja ọpọlọpọ awọn oganisimu. Iwadii jinomiki afiwera ni akojọpọ awọn itupale bii awọn idile apilẹṣẹ, idagbasoke itankalẹ, awọn iṣẹlẹ pipo-jiomeji-odidi, ati ipa ti awọn igara yiyan.
-
Genetics ti itiranya
Olugbe ati Syeed itupalẹ jiini ti itiranya ti wa ni idasilẹ lori ipilẹ ti iriri nla ti a kojọpọ laarin ẹgbẹ BMK R&D fun awọn ọdun. O jẹ ohun elo ore olumulo ni pataki fun awọn oniwadi ti ko ṣe pataki ni bioinformatics. Syeed yii ngbanilaaye awọn jiini ipilẹ ti itiranya ti o ni ibatan pẹlu itupalẹ ipilẹ pẹlu ikole igi phylogenetic, itupalẹ aiṣedeede asopọ, igbelewọn oniruuru jiini, itupalẹ gbigba yiyan, itupalẹ ibatan, PCA, itupalẹ igbekalẹ olugbe, ati bẹbẹ lọ.
-
Hi-C orisun Apejọ Genome
Hi-C jẹ ọna ti a ṣe apẹrẹ lati mu iṣeto chromosome mu nipa apapọ awọn ibaraẹnisọrọ orisun-isunmọ-isunmọ ati ṣiṣe atẹle-giga. Kikan ti awọn ibaraenisepo wọnyi ni a gbagbọ pe o ni ibatan ni odi pẹlu ijinna ti ara lori awọn chromosomes. Nitoribẹẹ, data Hi-C ni a lo lati ṣe itọsọna iṣakojọpọ, pipaṣẹ, ati iṣalaye awọn ilana ti o pejọ ninu jiomeji osere ati didari awọn wọnyẹn sori nọmba kan ti awọn chromosomes. Imọ-ẹrọ yii n fun apejọ jiini ipele-chromosome ni agbara ni aini ti maapu jiini ti o da lori olugbe. Gbogbo ẹyọ-ara kan nilo Hi-C.
-
Ohun ọgbin / Animal De Novo Genome Sequencing
De Novoitọka itọka si ikole ti ẹda kan 'gbogbo genome nipa lilo awọn imọ-ẹrọ titele ni laisi jiini itọkasi kan. Iṣafihan ati isọdọmọ ni ibigbogbo ti tito lẹsẹsẹ iran-kẹta, ti n ṣe ifihan kika kika to gun, ti ni ilọsiwaju apejọ jiomeji ni pataki nipasẹ jijẹ agbekọja laarin awọn kika. Imudara yii ṣe pataki ni pataki nigbati o ba n ba awọn jiini ti o nija, gẹgẹbi awọn ti n ṣafihan heterozygosity giga, ipin giga ti awọn agbegbe atunwi, polyploids, ati awọn agbegbe pẹlu awọn eroja atunwi, awọn akoonu GC ajeji, tabi idiju giga ti o jẹ deede kojọpọ ni lilo tito-ka-kukuru nikan.
Ojutu iduro-ọkan wa n pese awọn iṣẹ isọdọkan iṣọpọ ati itupalẹ bioinformatic ti o ṣe jiṣẹ didara giga de novo apejọ jiini. Iwadi genome ni ibẹrẹ pẹlu Illumina n pese awọn iṣiro ti iwọn jiini ati idiju, ati pe alaye yii ni a lo lati ṣe itọsọna igbesẹ atẹle ti atẹle kika gigun pẹlu PacBio HiFi, atẹle nipade novoijọ ti contigs. Lilo atẹle ti apejọ HiC ngbanilaaye didari awọn contigs si jiometirika, gbigba apejọ ipele-chromosome kan. Nikẹhin, jiini naa jẹ asọye nipasẹ asọtẹlẹ jiini ati nipa tito lẹsẹsẹ awọn jiini ti a fihan, lilo si awọn iwe afọwọkọ pẹlu awọn kika kukuru ati gigun.
-
Eda Eniyan Gbogbo Exome Sequencing
Gbogbo eniyan exome sequencing (hWES) jẹ itẹwọgba pupọ bi iye owo-doko ati ọna ṣiṣe atẹle ti o lagbara fun titọka awọn iyipada ti o nfa arun. Bi o ti jẹ pe o jẹ nikan nipa 1.7% ti gbogbo jiini, awọn exons ṣe ipa pataki nipasẹ didan profaili taara ti awọn iṣẹ amuaradagba lapapọ. Ni pataki, ninu jiini eniyan, diẹ sii ju 85% ti awọn iyipada ti o jọmọ awọn arun farahan laarin awọn agbegbe ifaminsi amuaradagba. BMKGENE nfunni ni okeerẹ ati irọrun eniyan gbogbo iṣẹ ṣiṣe atẹle exome pẹlu awọn ọgbọn yiya exon oriṣiriṣi meji ti o wa lati pade awọn ibi-afẹde iwadii lọpọlọpọ.
-
Itọpa-apakan Iṣatunṣe Ibi-Pato-Pato (SLAF-Seq)
Jiiniti-giga-giga, ni pataki lori awọn eniyan ti o ni iwọn nla, jẹ igbesẹ ipilẹ ni awọn iwadii ẹgbẹ jiini ati pese ipilẹ jiini fun iṣawari jiini iṣẹ, itupalẹ itankalẹ, ati bẹbẹ lọ Dipo tito-tẹle gbogbo jiini jinlẹ,Dinku Aṣoju Jiini Sequencing (RRGS)ti wa ni nigbagbogbo oojọ ti ni awọn wọnyi-ẹrọ lati gbe awọn iye owo lesese fun ayẹwo nigba ti mimu reasonable ṣiṣe ni jiini asami awari. RRGS ṣaṣeyọri eyi nipa jijẹ DNA pẹlu awọn ensaemusi ihamọ ati idojukọ lori iwọn iwọn ajẹku kan pato, nitorinaa tito lẹsẹsẹ nikan ida kan ti jiini. Lara ọpọlọpọ awọn ilana RRGS, Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF) jẹ isọdi ati ọna didara ga. Ọna yii, ti o dagbasoke ni ominira nipasẹ BMKGene, ṣe iṣapeye enzymu ihamọ ti a ṣeto fun gbogbo iṣẹ akanṣe. Eyi ṣe idaniloju iran ti nọmba idaran ti awọn aami SLAF (400-500 awọn agbegbe bps ti genome ti a ṣe lẹsẹsẹ) ti o pin ni iṣọkan kọja jiometirika lakoko ti o yago fun awọn agbegbe atunwi, nitorinaa ni idaniloju wiwa asami jiini ti o dara julọ.
-
Illumina kọkọ-ṣe ikawe
Imọ-ẹrọ itẹlera Illumina, ti o da lori Sequencing nipasẹ Synthesis (SBS), jẹ imotuntun NGS ti o gba kariaye, ti o ni iduro fun ṣiṣẹda diẹ sii ju 90% ti data ilana-tẹle agbaye. Ilana ti SBS jẹ pẹlu aworan ti a fi aami si fluorescently awọn ifopinsi iyipada bi a ṣe ṣafikun dNTP kọọkan, ati pe lẹyin ti o pin lati gba isọdọkan ti ipilẹ atẹle. Pẹlu gbogbo awọn dNTP ti o ni asopọ ifopinsi mẹrin ti o wa ni ọna ṣiṣe-tẹle kọọkan, idije adayeba dinku ojuṣaaju iṣakojọpọ. Imọ-ẹrọ to wapọ yii ṣe atilẹyin fun kika ẹyọkan ati awọn ile-ikawe-ipari-isopọmọra, ti n pese ounjẹ si ọpọlọpọ awọn ohun elo genomic. Illumina sequencing's ga-throughput agbara ati konge ipo ti o bi a igun kan ninu jinomics iwadi, ifiagbara sayensi lati unravel awọn intricacies ti genomes pẹlu unmatched apejuwe awọn ati ṣiṣe.
Iṣẹ ṣiṣe atẹle ile-ikawe ti a ti ṣe tẹlẹ n jẹ ki awọn alabara murasilẹ awọn ile-ikawe itẹlera lati awọn orisun oriṣiriṣi (mRNA, gbogbo genome, amplicon, awọn ile-ikawe 10x, laarin awọn miiran). Lẹhinna, awọn ile-ikawe wọnyi le jẹ gbigbe si awọn ile-iṣẹ itọsẹ wa fun iṣakoso didara ati ṣiṣe lẹsẹsẹ ni awọn iru ẹrọ Illumina.
