-
Awọn irinṣẹ irinṣẹ
BMKCloud jẹ ipilẹ bioinformatic asiwaju ti n pese ojutu iduro kan fun awọn eto genomic, eyiti o jẹ igbẹkẹle pupọ nipasẹ awọn oniwadi ni ọpọlọpọ awọn aaye pẹlu iṣoogun, iṣẹ-ogbin, ayika, bbl BMKCloud ti pinnu lati pese iṣọpọ, igbẹkẹle ati awọn iṣẹ to munadoko pẹlu awọn iru ẹrọ itupalẹ bioinformatic ati awọn irinṣẹ. , Awọn orisun iširo, ibi ipamọ data ti gbogbo eniyan, awọn iṣẹ ori ayelujara bioinformtic, bbl BMKCloud ni ọpọlọpọ awọn irinṣẹ bioinformatic nigbagbogbo ti a lo ti pẹlu asọye pupọ, awọn irinṣẹ jiini ti itiranya, ncRNA, iṣakoso didara data, apejọ, titete, isediwon data, awọn iyipada, awọn iṣiro, olupilẹṣẹ nọmba, itupalẹ lẹsẹsẹ, ati bẹbẹ lọ.
-
De novo Bakteria Genome Apejọ
A pese iṣẹ apejọ genome pipe ti kokoro arun, ti o ni idaniloju awọn ela 0. Eyi ṣee ṣe nipa sisọpọ awọn imọ-ẹrọ itẹlera kika gigun, gẹgẹbi Nanopore ati PacBio fun apejọ ati kika kukuru kukuru pẹlu Illumina fun afọwọsi apejọ ati atunṣe aṣiṣe ti awọn kika ONT. Iṣẹ wa n pese iṣan-iṣẹ bioinformatic pipe lati apejọ, asọye iṣẹ, ati itupalẹ bioinformatic ti ilọsiwaju, mimu awọn ibi-afẹde iwadii kan pato ṣẹ. Iṣẹ yii ngbanilaaye idagbasoke awọn genomes itọkasi deede fun ọpọlọpọ awọn ẹkọ-jiini ati jiini. Ni afikun, o jẹ ipilẹ fun awọn ohun elo bii iṣapeye igara, imọ-ẹrọ jiini, ati idagbasoke imọ-ẹrọ makirobia, ni idaniloju igbẹkẹle ati data jiini-ọfẹ aafo pataki fun ilọsiwaju awọn oye imọ-jinlẹ ati imọ-ẹrọ imọ-ẹrọ.
-
RNA kekere
Awọn RNA kekere jẹ iru kukuru ti kii ṣe ifaminsi RNA pẹlu aropin ipari ti 18-30 nt, pẹlu miRNA, siRNA ati piRNA. Awọn RNA kekere wọnyi ni a ti royin lọpọlọpọ lati ni ipa ninu ọpọlọpọ awọn ilana ti ibi bii ibajẹ mRNA, idinamọ translation, dida heterochromatin, bbl Syeed onínọmbà lesese oriširiši boṣewa onínọmbà ati to ti ni ilọsiwaju data iwakusa. Lori ipilẹ ti data RNA-seq, itupalẹ boṣewa le ṣaṣeyọri idanimọ miRNA ati asọtẹlẹ, asọtẹlẹ jiini ibi-afẹde miRNA, asọye ati itupalẹ ikosile. Itupalẹ ilọsiwaju jẹ ki wiwa miRNA ti adani ati isediwon, iran aworan atọka Venn, miRNA ati ile nẹtiwọọki jiini ibi-afẹde.
-
NGS-WGS (Imọlẹ/BGI)
NGS-WGS jẹ gbogbo ipilẹ-itupalẹ atunbere genome, eyiti o dagbasoke lori ipilẹ ti iriri ọlọrọ ni Awọn Imọ-ẹrọ Biomarker. Irọrun-si-lilo Syeed yii ngbanilaaye ifakalẹ iyara ti iṣan-iṣẹ itupalẹ iṣọpọ nipa fifirọrọrun ṣeto paramita ipilẹ diẹ, eyiti o baamu fun data itọsẹ DNA ti ipilẹṣẹ lati ori pẹpẹ Illumina mejeeji ati pẹpẹ itẹlera BGI. Syeed yii ti wa ni ransogun lori olupin iširo iṣẹ ṣiṣe giga, eyiti o funni ni agbara itupalẹ data to munadoko ni akoko to lopin pupọ. Iwakusa data ti ara ẹni wa lori ipilẹ ti itupalẹ boṣewa, pẹlu ibeere jiini ti o yipada, apẹrẹ alakoko PCR, ati bẹbẹ lọ.
-
mRNA(Itọkasi)
Transcriptome jẹ ọna asopọ laarin alaye jiini jiini ati proteome ti iṣẹ ti ibi. Ilana ipele transcriptional jẹ pataki julọ ati ipo ilana iwadi ti o gbajumo julọ ti awọn ohun alumọni. Tirankirikirikiripiti atele le tẹle awọn iwe kikowe ni eyikeyi aaye ni akoko tabi labẹ ipo eyikeyi, pẹlu ipinnu ti o peye si nucleotide kan.O le ṣe afihan ipele ti transcription pupọ, ni akoko kanna ṣe idanimọ ati ṣe iwọn awọn iwe afọwọkọ toje ati deede, ati pese alaye igbekale ti ayẹwo kan pato kiko sile.
Ni lọwọlọwọ, imọ-ẹrọ itẹlera transscriptome ti ni lilo pupọ ni agronomy, oogun ati awọn aaye iwadii miiran, pẹlu ẹranko ati ilana idagbasoke ọgbin, aṣamubadọgba ayika, ibaraenisepo ajẹsara, isọdi agbegbe, itankalẹ ẹda ẹda ati tumo ati wiwa arun jiini.
-
Metagenomics (NGS)
Syeed itupalẹ yii jẹ apẹrẹ fun itupalẹ data metagenomic ibọn kekere lori ipilẹ ti awọn ọdun ti iriri. O ni iṣan-iṣẹ iṣọpọ ti o ni ọpọlọpọ awọn itupalẹ awọn itupalẹ metagenomics ti o wọpọ pẹlu sisẹ data, awọn ijinlẹ ipele-ẹya, awọn ijinlẹ ipele iṣẹ-jiini, binning metagenome, bbl Ni afikun, awọn irinṣẹ iwakusa data ti a ṣe adani wa lori ṣiṣan ṣiṣayẹwo boṣewa, pẹlu jiini ati ibeere eya. , Eto paramita, titọ nọmba ti ara ẹni, ati bẹbẹ lọ.
-
LncRNA
Awọn RNA ti kii ṣe ifaminsi gigun (lncRNA) jẹ iru awọn iwe afọwọkọ pẹlu ipari to gun ju 200 nt, eyiti ko lagbara lati koodu awọn ọlọjẹ. Ẹri ikojọpọ daba pe pupọ julọ ti lncRNAs ṣeese pupọ lati ṣiṣẹ. Awọn imọ-ẹrọ atẹle-giga ati awọn irinṣẹ itupalẹ bioinformatic fun wa ni agbara lati ṣafihan awọn ilana lncRNA ati alaye ipo daradara siwaju sii ati mu wa lati ṣawari awọn lncRNA pẹlu awọn iṣẹ ilana pataki. BMKCloud ni igberaga lati pese awọn alabara wa Syeed itupalẹ ilana atẹle lncRNA lati ṣaṣeyọri iyara, igbẹkẹle ati itupalẹ lncRNA rọ.
-
GWAS
Iwadi ẹgbẹ-jakejado Genome (GWAS) ni ifọkansi lati ṣe idanimọ awọn iyatọ jiini (genotype) ti o ni nkan ṣe pẹlu awọn abuda kan pato (phenotype). Awọn ijinlẹ GWA ṣe iwadii awọn asami jiini kọja gbogbo jiini ti nọmba nla ti awọn eniyan kọọkan ati sọtẹlẹ awọn ẹgbẹ genotype-phenotype nipasẹ itupalẹ iṣiro ni ipele olugbe. Gbogbo-jinomii ti o tẹle le ṣe iwari gbogbo awọn iyatọ jiini. Ni idapọ pẹlu data phenotypic, GWAS le ṣe ilana lati ṣe idanimọ awọn SNPs phenotype ti o ni ibatan, awọn QTL ati awọn jiini oludije, eyiti o ṣe atilẹyin fun ibisi ẹranko / ọgbin ode oni. SLAF jẹ ilana imudara jiini irọrun ti ara ẹni ti o ni idagbasoke, eyiti o ṣe awari awọn asami pinpin kaakiri-jiini, SNP. Awọn SNP wọnyi, gẹgẹbi awọn ami-ami jiini molikula, le ṣe ilana fun awọn iwadii ajọṣepọ pẹlu awọn ami ifọkansi. O jẹ ilana ti o munadoko-iye owo ni idamo awọn abuda eka ti o ni nkan ṣe pẹlu awọn iyatọ jiini.
-
Nanopore Kikun-ipari transcriptomics
Eka ati awọn isoforms yiyan oniyipada ninu awọn ohun alumọni jẹ awọn ilana jiini pataki fun ṣiṣakoso ikosile jiini ati oniruuru amuaradagba. Idanimọ pipe ti awọn ẹya tiransikiripiti jẹ ipilẹ fun iwadii inu-jinlẹ ti awọn ilana ilana ikosile pupọ. Syeed itẹlera Nanopore ti mu ikẹkọ transcriptomic ni aṣeyọri si ipele isoform. Syeed onínọmbà yii jẹ apẹrẹ lati ṣe itupalẹ data RNA-Seq ti ipilẹṣẹ lori pẹpẹ Nanopore lori ipilẹ ti jiini itọkasi, eyiti o ṣaṣeyọri awọn itupalẹ agbara ati iwọn ni ipele jiini mejeeji ati ipele awọn iwe afọwọkọ.
-
cir-RNA
Circle RNA (circRNA) jẹ iru RNA ti kii ṣe ifaminsi, eyiti a rii laipẹ lati ṣe ipa pataki ninu awọn nẹtiwọọki ilana ti o ni ipa ninu idagbasoke, resistance ayika, ati bẹbẹ lọ. awọn opin circRNA ti wa ni idapo pọ lati ṣe agbekalẹ ipin kan, eyiti o gba wọn là kuro ninu tito nkan lẹsẹsẹ ti exonuclease ati pe o jẹ iduroṣinṣin diẹ sii ju pupọ julọ ti RNA laini lọ. A ti rii CircRNA lati ni awọn iṣẹ oriṣiriṣi ni ṣiṣakoso ikosile jiini. CircRNA le ṣe bi ceRNA, eyiti o so miRNA ni idije, ti a mọ si kanrinkan miRNA. Syeed itupale itẹlera CircRNA n fun ni agbara eto circRNA ati itupalẹ ikosile, asọtẹlẹ ibi-afẹde ati itupalẹ apapọ pẹlu awọn iru awọn ohun elo RNA miiran
-
BSA
Syeed Itupalẹ Segregant Bulked ni igbelewọn iwọn-igbesẹ kan ati itupalẹ ilọsiwaju pẹlu eto paramita ti adani. BSA jẹ ilana ti a lo lati ṣe idanimọ iyara ti awọn asami jiini ti o somọ phenotype. Bisesenlo akọkọ ti BSA ni: 1. yiyan awọn ẹgbẹ meji ti awọn ẹni-kọọkan pẹlu awọn ẹda atako lalailopinpin; 2. pipọ DNA, RNA tabi SLAF-seq (Ni idagbasoke nipasẹ Biomarker) ti gbogbo awọn ẹni-kọọkan lati dagba meji olopobobo ti DNA; 3. idamo awọn ilana iyatọ ti o lodi si genome itọkasi tabi laarin, 4. asọtẹlẹ awọn agbegbe ti a ti sopọ mọ oludije nipasẹ ED ati SNP-index algorithm; 5. Itupalẹ iṣẹ-ṣiṣe ati imudara lori awọn Jiini ni awọn agbegbe oludije, bbl Iwakusa to ti ni ilọsiwaju diẹ sii ni data pẹlu ibojuwo asami jiini ati apẹrẹ alakoko tun wa.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Amplicon (16S / 18S / ITS) Syeed ti ni idagbasoke pẹlu awọn ọdun ti iriri ni itupalẹ iṣẹ akanṣe oniruuru makirobia, eyiti o ni itupalẹ ipilẹ idiwọn ati itupalẹ ara ẹni: itupalẹ ipilẹ ni wiwa akoonu itupalẹ akọkọ ti iwadii makirobia lọwọlọwọ, akoonu itupalẹ jẹ ọlọrọ ati okeerẹ, ati awọn abajade itupalẹ ni a gbekalẹ ni irisi awọn ijabọ akanṣe; Awọn akoonu ti ti ara ẹni onínọmbà jẹ orisirisi. Awọn ayẹwo ni a le yan ati pe a le ṣeto awọn paramita ni irọrun ni ibamu si ijabọ itupalẹ ipilẹ ati idi iwadi, lati mọ awọn ibeere ti ara ẹni. Windows ọna eto, o rọrun ati ki o yara.
-
Genetics ti itiranya
Awọn Genetics Itankalẹ jẹ iṣẹ ṣiṣe atẹle okeerẹ ti a ṣe apẹrẹ lati funni ni itumọ oye ti itankalẹ laarin ẹgbẹ nla ti awọn ẹni-kọọkan, da lori awọn iyatọ jiini, pẹlu SNPs, InDels, SVs, ati CNVs. Iṣẹ yii ni gbogbo awọn itupalẹ pataki ti o nilo lati ṣe alaye awọn iyipada itankalẹ ati awọn abuda jiini ti awọn olugbe, pẹlu awọn igbelewọn ti igbekalẹ olugbe, oniruuru jiini, ati awọn ibatan phylogenetic. Pẹlupẹlu, o lọ sinu awọn iwadii lori ṣiṣan jiini, ṣiṣe awọn iṣiro ti iwọn olugbe ti o munadoko ati akoko iyatọ. Awọn ijinlẹ jiini ti itiranya n pese awọn oye ti o niyelori sinu awọn ipilẹṣẹ ati awọn aṣamubadọgba ti awọn eya.
Ni BMKGENE, a nfunni ni awọn ọna meji fun ṣiṣe awọn iwadii jiini ti itiranya lori awọn eniyan nla: ni lilo gbogbo-ẹda-ara-ara-ara (WGS) tabi jijade fun ọna isọdi-ara ti o dinku, ile-idagbasoke Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Lakoko ti WGS baamu awọn genomes ti o kere ju, SLAF farahan bi yiyan ti o munadoko-iye owo fun kika awọn olugbe ti o tobi pẹlu awọn genomes gigun, ni idinku awọn idiyele itẹlera ni imunadoko.
