-
Ilana Metagenomic -NGS
Metagenome jẹ akojọpọ awọn ohun elo jiini lapapọ ti agbegbe ti o dapọ ti awọn oganisimu, gẹgẹbi ayika ati awọn metagenomes eniyan. O ni awọn genomes ti mejeeji ti o le gbin ati awọn microorganisms ti a ko le gbin. Itọpa metagenomic Shotgun pẹlu NGS ngbanilaaye ikẹkọ ti awọn ala-ilẹ intricate genomic wọnyi ti a fi sinu awọn ayẹwo ayika nipa fifunni diẹ sii ju profaili taxonomic, fifunni tun awọn oye granular sinu oniruuru eya, awọn agbara nla, ati awọn ẹya olugbe eka. Ni ikọja awọn ikẹkọ taxonomic, awọn metagenomics ibọn tun funni ni irisi jinomiki iṣẹ ṣiṣe, ti n muu ṣawari ti awọn Jiini ti a fiweranṣẹ ati awọn ipa ipadabọ wọn ninu awọn ilana ilolupo. Nikẹhin, idasile awọn nẹtiwọọki ibamu laarin awọn eroja jiini ati awọn ifosiwewe ayika ṣe alabapin si oye pipe ti ibaraenisepo intricate laarin awọn agbegbe makirobia ati ipilẹṣẹ ilolupo wọn. Ni ipari, itọsẹ metagenomic duro bi ohun elo pataki fun ṣiṣafihan awọn intricacies genomic ti awọn agbegbe makirobia ti o yatọ, ti n tan imọlẹ awọn ibatan lọpọlọpọ laarin awọn Jiini ati ilolupo laarin awọn ilolupo ilolupo wọnyi.
Awọn iru ẹrọ: Illumina NovaSeq ati DNBSEQ-T7
-
Metagenomic Sequencing-TGS
Metagenome jẹ akojọpọ awọn ohun elo jiini ti agbegbe ti o dapọ ti awọn oganisimu, gẹgẹbi ayika ati awọn metagenomes eniyan. O ni awọn genomes ti mejeeji ti o le gbin ati awọn microorganisms ti a ko le gbin. Itọsẹ-metagenomic n jẹ ki iwadi awọn oju-aye intricate genomic wọnyi ti a fi sii sinu awọn ayẹwo ilolupo nipa pipese diẹ sii ju profaili taxonomic lọ. O tun funni ni irisi jinomiki iṣẹ ṣiṣe nipasẹ ṣiṣewadii awọn jiini ti a fiweranṣẹ ati awọn ipa ipadabọ wọn ninu awọn ilana ayika. Lakoko ti awọn isunmọ ibọn ibọn ibile pẹlu itọsẹ Illumina ti ni lilo pupọ ni awọn ẹkọ metagenomic, dide ti Nanopore ati PacBio tito-kika gigun ti yi aaye naa pada. Nanopore ati imọ-ẹrọ PacBio ṣe ilọsiwaju awọn itupalẹ bioinformatic ni isalẹ, ni pataki apejọ metagenome, ni idaniloju awọn apejọ lemọlemọ diẹ sii. Awọn ijabọ fihan pe orisun Nanopore ati awọn metagenomics ti o da lori PacBio ti ṣe ipilẹṣẹ ni aṣeyọri ati awọn genomes kokoro-arun ti o ni pipade lati awọn microbiomes eka (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Ṣiṣepọ awọn kika Nanopore pẹlu awọn kika Illumina n pese ọna ilana kan fun atunse aṣiṣe, idinku iṣotitọ kekere atorunwa Nanopore. Ijọpọ amuṣiṣẹpọ yii n mu awọn agbara ti pẹpẹ ti o tẹle ọkọọkan, nfunni ni ojutu ti o lagbara lati bori awọn idiwọn ti o pọju ati ilọsiwaju deede ati igbẹkẹle ti awọn itupalẹ metagenomic.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumina ati PacBio Revio
-
Gbogbo genome bisulfite sequencing(WGBS)
Gbogbo Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) duro bi ilana boṣewa goolu fun iwadii ijinle ti DNA methylation, ni pataki ipo karun ni cytosine (5-mC), olutọsọna pataki ti ikosile pupọ ati iṣẹ ṣiṣe cellular. Ilana ti o wa labẹ WGBS pẹlu itọju bisulfite, ti nfa iyipada ti awọn cytosines ti ko ni methylated si uracil (C si U), lakoko ti o nlọ awọn cytosine methylated ko yipada. Ilana yii nfunni ni ipinnu ipilẹ-ẹyọkan, gbigba awọn oniwadi laaye lati ṣe iwadii ni kikun lori methylome ati ṣii awọn ilana methylation ajeji ti o ni nkan ṣe pẹlu awọn ipo pupọ, ni pataki akàn. Nipa lilo WGBS, awọn onimo ijinlẹ sayensi le jèrè awọn oye ti ko lẹgbẹ sinu awọn ala-ilẹ methylation jakejado-genome, n pese oye ti o ni oye ti awọn ọna ṣiṣe epigenetic ti o wa labẹ awọn ilana ati awọn aarun onirũru.
-
Igbeyewo fun Transposase-Wiwọle Chromatin pẹlu Atẹle Gbigbe Giga (ATAC-seq)
ATAC-seq jẹ ilana itọsẹ ipasẹ giga-giga ti a lo fun itupalẹ iraye si chromatin-jinomini. Lilo rẹ n pese oye ti o jinlẹ ti awọn ọna ṣiṣe eka ti iṣakoso epigenetic agbaye lori ikosile pupọ. Ọna naa nlo transposase Tn5 hyperactive si ajẹkù nigbakanna ati taagi si awọn agbegbe chromatin ti o ṣii nipasẹ fifi awọn alamuuṣẹ itẹlera sii. Awọn abajade imudara PCR ti o tẹle ni ṣiṣẹda ile-ikawe ti o tẹle, eyiti ngbanilaaye fun idanimọ okeerẹ ti awọn agbegbe chromatin ṣiṣi labẹ awọn ipo aaye-akoko kan pato. ATAC-seq n pese iwoye pipe ti awọn iwoye chromatin, ko dabi awọn ọna ti o dojukọ daada lori awọn aaye abuda ifosiwewe transcription tabi awọn agbegbe kan pato ti a ṣe atunṣe itan-akọọlẹ. Nipa tito lẹsẹsẹ awọn agbegbe chromatin ṣiṣi wọnyi, ATAC-seq ṣafihan awọn agbegbe diẹ sii lati ṣe awọn ilana ilana ti nṣiṣe lọwọ ati awọn aaye ifunmọ ifosiwewe agbara, nfunni ni awọn oye ti o niyelori sinu imudara agbara ti ikosile pupọ kọja jiomejiini.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Awọn Jiini 16S ati 18S rRNA, pẹlu agbegbe Inu Transcribed Spacer (ITS), ṣiṣẹ bi awọn ami ami ika ọwọ molikula pataki nitori apapọ wọn ti awọn agbegbe ti o ni aabo pupọ ati awọn agbegbe ti o ni iyipada, ti o jẹ ki wọn jẹ awọn irinṣẹ ti ko niye fun isọdi prokaryotic ati awọn oganisimu eukaryotic. Imudara ati tito lẹsẹsẹ ti awọn agbegbe wọnyi nfunni ni ọna ti ko ni ipinya fun ṣiṣewadii akojọpọ microbial ati oniruuru kọja ọpọlọpọ awọn eto ilolupo. Lakoko ti itọsẹ Illumina nigbagbogbo n fojusi awọn agbegbe hypervariable kukuru bi V3-V4 ti 16S ati ITS1, o ti ṣafihan pe asọye taxonomic ti o ga julọ jẹ aṣeyọri nipasẹ tito lẹsẹsẹ ni kikun ipari ti 16S, 18S, ati ITS. Ọna okeerẹ yii ṣe abajade awọn ipin ogorun ti o ga julọ ti awọn ilana isọdi deede, iyọrisi ipele ipinnu ti o fa si idanimọ eya. PacBio's Single-Molecule Real-Time Real-Time (SMRT) Syeed ti o tẹle duro jade nipa pipese awọn kika gigun ti o peye gaan (HiFi) ti o bo awọn amplicons gigun ni kikun, ti njijadu pipe ti ilana Illumina. Agbara yii ngbanilaaye awọn oniwadi lati ni anfani ti ko baramu - wiwo panoramic ti ala-ilẹ jiini. Agbegbe ti o gbooro ni pataki ṣe ipinnu ipinnu ni asọye eya, pataki laarin awọn agbegbe kokoro-arun tabi awọn agbegbe olu, ti n mu oye jinlẹ ti awọn intricacies ti awọn olugbe makirobia.
-
16S / 18S / IT Amplicon Sequencing-NGS
Atẹle Amplicon pẹlu imọ-ẹrọ Illumina, ni pataki ìfọkànsí 16S, 18S, ati awọn asami jiini ITS, jẹ ọna ti o lagbara fun ṣiṣafihan phylogeny, taxonomy, ati opo eya laarin awọn agbegbe microbial. Ọna yii pẹlu tito lẹsẹsẹ awọn agbegbe hypervariable ti awọn asami jiini ti itọju ile. Ni akọkọ ti a ṣe bi ika ọwọ molikula nipasẹWoeses et alni ọdun 1977, ilana yii ti ṣe iyipada profaili microbiome nipa ṣiṣe awọn itupalẹ laisi ipinya. Nipasẹ tito lẹsẹsẹ 16S (kokoro), 18S (fungi), ati Internal Transcribed Spacer (ITS, elu), awọn oniwadi le ṣe idanimọ kii ṣe awọn eya lọpọlọpọ nikan ṣugbọn awọn toje ati awọn ti a ko mọ. Ti a gba ni ibigbogbo gẹgẹbi ohun elo pataki kan, ipasẹ amplicon ti di ohun elo ni imọye awọn akojọpọ microbial ti o yatọ kọja awọn agbegbe oniruuru, pẹlu ẹnu eniyan, ifun, igbe, ati kọja.
-
Kokoro ati Olu Gbogbo Jiini Tun-sequencing
Bakteria ati olu awọn iṣẹ akanṣe atunto-jinomii odidi jẹ pataki fun imulọsiwaju awọn jinomiki microbial nipasẹ mimuuṣe ipari ati lafiwe ti awọn genomes microbial. Eyi ṣe irọrun imọ-ẹrọ bakteria, iṣapeye ti awọn ilana ile-iṣẹ, ati iṣawari ti awọn ipa ọna iṣelọpọ Atẹle. Pẹlupẹlu, olu ati atunbere kokoro-arun jẹ pataki fun agbọye aṣamubadọgba ayika, iṣapeye awọn igara, ati ṣiṣafihan awọn agbara itankalẹ jiini, pẹlu awọn ilolu nla ni oogun, ogbin, ati imọ-jinlẹ ayika.
-
PacBio-Full-ipari 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Amplicon (16S / 18S / ITS) Syeed ti ni idagbasoke pẹlu awọn ọdun ti iriri ni itupalẹ iṣẹ akanṣe oniruuru makirobia, eyiti o ni itupalẹ ipilẹ idiwọn ati itupalẹ ara ẹni: itupalẹ ipilẹ ni wiwa akoonu itupalẹ akọkọ ti iwadii makirobia lọwọlọwọ, akoonu itupalẹ jẹ ọlọrọ ati okeerẹ, ati awọn abajade itupalẹ ni a gbekalẹ ni irisi awọn ijabọ akanṣe; Awọn akoonu ti ti ara ẹni onínọmbà jẹ orisirisi. Awọn ayẹwo ni a le yan ati pe a le ṣeto awọn paramita ni irọrun ni ibamu si ijabọ itupalẹ ipilẹ ati idi iwadi, lati mọ awọn ibeere ti ara ẹni. Windows ọna eto, o rọrun ati ki o yara.
-
PacBio-kikun-ipari Transcriptome (ti kii ṣe itọkasi)
Gbigbe Awọn imọ-ẹrọ Pacific Biosciences (PacBio) Isoform data titele bi titẹ sii, Ohun elo yii ni anfani lati ṣe idanimọ awọn ilana iwe-kikọ ipari ipari (laisi apejọ). Nipa ṣiṣe aworan awọn ilana gigun ni kikun lodi si jiini itọkasi, awọn iwe afọwọkọ le jẹ iṣapeye nipasẹ awọn Jiini ti a mọ, awọn iwe afọwọkọ, awọn agbegbe ifaminsi, bbl Ni idi eyi, idanimọ deede diẹ sii ti awọn ẹya mRNA, gẹgẹbi pipin yiyan, ati bẹbẹ lọ, le ṣaṣeyọri. Itupalẹ apapọ pẹlu data itọsẹ transcriptome NGS n jẹ ki alaye asọye diẹ sii ati iwọn deede diẹ sii ni ikosile ni ipele tiransikiripiti, eyiti o ni anfani pupọ ni ikosile iyatọ isale ati itupalẹ iṣẹ.
-
Idinku Aṣoju Bisulfite Sequencing (RRBS)
Idinku Asoju Bisulfite Sequencing (RRBS) ti farahan bi iye owo-doko ati yiyan ti o munadoko si Gbogbo Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) ninu iwadii methylation DNA. Lakoko ti WGBS n pese awọn oye okeerẹ nipa ṣiṣe ayẹwo gbogbo jiomeji ni ipinnu ipilẹ ẹyọkan, idiyele giga rẹ le jẹ ipin idiwọn. RRBS ni imunadoko ipenija yii nipa yiyan yiyan apakan aṣoju ti jiomejiini. Ọna yii da lori imudara ti awọn agbegbe ọlọrọ ni erekusu CpG nipasẹ cleavage MspI atẹle nipa yiyan iwọn ti 200-500/600 bps awọn ajẹkù. Nitoribẹẹ, awọn agbegbe nikan ni isunmọ si awọn erekusu CpG ni a ṣe lẹsẹsẹ, lakoko ti awọn ti o ni awọn erekusu CpG ti o jinna ni a yọkuro lati inu itupalẹ. Ilana yii, ti o ni idapo pẹlu ilana bisulfite, ngbanilaaye fun wiwa ti o ga julọ ti DNA methylation, ati ọna ti o tẹle, PE150, fojusi pataki lori awọn opin ti awọn ifibọ dipo ti aarin, jijẹ ṣiṣe ti methylation profiling. RRBS jẹ ohun elo ti ko niye ti o jẹ ki iwadii DNA methylation ti o ni iye owo-doko ati imọ ilọsiwaju ti awọn ilana epigenetic.
-
Prokaryotic RNA Sequencing
Itọpa RNA n fun ni agbara si alaye pipe ti gbogbo awọn iwe afọwọkọ RNA laarin awọn sẹẹli labẹ awọn ipo kan pato. Imọ-ẹrọ gige-eti yii ṣiṣẹ bi ohun elo ti o lagbara, ṣiṣafihan awọn profaili ikosile jiini intricate, awọn ẹya pupọ, ati awọn ọna ṣiṣe molikula ti o ni nkan ṣe pẹlu awọn ilana isedale oniruuru. Ti a gba jakejado ni iwadii ipilẹ, awọn iwadii ile-iwosan, ati idagbasoke oogun, ilana-iṣe RNA n funni ni awọn oye si awọn intricacies ti awọn agbara cellular ati ilana ilana jiini. Ṣiṣe ayẹwo ayẹwo RNA prokaryotic wa jẹ ti a ṣe deede fun awọn iwe-kikọ prokaryotic, ti o kan idinku rRNA ati igbaradi ile ikawe itọsọna.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Metatranscriptome Sequencing
Lilo imọ-ẹrọ itẹlera Illumina, BMKGENE's metatranscriptome sequencing iṣẹ ṣii ikosile jiini ti o ni agbara ti ọpọlọpọ awọn microbes, awọn eukaryotes si awọn prokaryotes ati awọn ọlọjẹ, laarin awọn agbegbe adayeba gẹgẹbi ile, omi, okun, otita, ati ikun. Iṣẹ pipe wa n fun awọn oniwadi ni agbara lati ṣabọ sinu awọn profaili ikosile pipe ti awọn agbegbe microbial. Ni ikọja itupalẹ taxonomic, iṣẹ ṣiṣe atẹle metatranscriptome wa n ṣe iwadii wiwa sinu imudara iṣẹ, tan ina lori awọn jiini ti a fihan ni iyatọ ati awọn ipa wọn. Ṣewadii ọrọ ti awọn oye ti ẹkọ bi o ṣe n lọ kiri awọn ala-ilẹ ti o nipọn ti ikosile pupọ, oniruuru taxonomic, ati awọn agbara iṣẹ ṣiṣe laarin awọn ibi-afẹde ayika oniruuru wọnyi.
-
De novo olu Genome Apejọ
BMKGENE nfunni ni awọn solusan ti o wapọ fun awọn genomes olu, ṣiṣe ounjẹ si awọn iwulo iwadii oniruuru ati pipe jiini ti o fẹ. Lilo itọsẹ Illumina kukuru-kikuru nikan ngbanilaaye iran ti jiomeji osere kan. Awọn kika kukuru ati ilana kika gigun ni lilo Nanopore tabi Pacbio ni a ṣe idapo fun jiini olu ti a ti tunṣe diẹ sii pẹlu awọn contigs gigun. Pẹlupẹlu, iṣakojọpọ ilana Hi-C siwaju sii mu awọn agbara pọ si, ti o mu ki o ni anfani ti jiini ipele-chromosome pipe kan.
