-
Hi-C orisun Chromatin Interaction
Hi-C jẹ ọna ti a ṣe apẹrẹ lati mu iṣeto jinomic ṣiṣẹ nipa apapọ awọn ibaraenisepo ti o da lori isunmọ-isunmọ ati ilana ilana-giga. Ọna naa da lori chromatin crosslinking pẹlu formaldehyde, atẹle nipa tito nkan lẹsẹsẹ ati tun-ligation ni ọna ti awọn ajẹkù nikan ti o ni asopọ ni iṣọkan yoo ṣe awọn ọja ligation. Nipa tito lẹsẹsẹ awọn ọja ligation wọnyi, o ṣee ṣe lati ṣe iwadi eto 3D ti jiini. Hi-C ngbanilaaye ikẹkọ pinpin awọn ipin ti jiini-jiini ti o wa ni irọrun (A compartments, euchromatin) ati pe o ṣee ṣe diẹ sii lati ṣiṣẹ transcriptionally, ati awọn agbegbe ti o ni wiwọ ni wiwọ (awọn apakan B, Heterochromatin). Hi-C tun le ṣee lo lati ṣe afihan Awọn ibugbe Awọn ibatan Topologically (TADs), awọn agbegbe ti jiometirika ti o ni awọn ẹya ti o ṣe pọ ati pe o ṣee ṣe lati ni awọn ilana ikosile kanna, ati lati ṣe idanimọ awọn lupu chromatin, awọn agbegbe DNA ti o dapọ papọ nipasẹ awọn ọlọjẹ ati pe o jẹ nigbagbogbo idarato ni awọn eroja ilana. BMKGene's Hi-C iṣẹ ṣiṣe atẹle n fun awọn oniwadi ni agbara lati ṣawari awọn iwọn aye ti awọn genomics, ṣiṣi awọn ọna tuntun fun oye ilana jiini ati awọn ipa rẹ ninu ilera ati arun.
-
Ilana Isọju Ajẹsara Chromatin (ChiP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) jẹ ilana kan ti o nmu awọn aporo-ara lati yan awọn ọlọjẹ ti o ni asopọ DNA ati awọn ibi-afẹde jinomiki ti o baamu. Isọpọ rẹ pẹlu NGS n jẹ ki profaili jiini-jakejado ti awọn ibi-afẹde DNA ti o ni nkan ṣe pẹlu iyipada itan-akọọlẹ, awọn ifosiwewe transcription, ati awọn ọlọjẹ miiran ti o ni asopọ DNA. Ọ̀nà ìmúdàgba yìí máa ń jẹ́ kí àwọn ìfiwéra ti àwọn ojúlé ìsopọ̀ jákèjádò oríṣiríṣi ẹ̀yà sẹẹli, àsopọ̀, tàbí àwọn ipò. Awọn ohun elo ChIP-Seq wa lati kikọ ẹkọ ilana transcription ati awọn ipa ọna idagbasoke si awọn ọna ṣiṣe aarun, ti o jẹ ki o jẹ ohun elo ti ko ṣe pataki fun agbọye awọn ala-ilẹ ilana ilana jiini ati ilọsiwaju awọn oye iwosan.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Gbogbo genome bisulfite sequencing(WGBS)
Gbogbo Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) duro bi ilana boṣewa goolu fun iwadii ijinle ti DNA methylation, ni pataki ipo karun ni cytosine (5-mC), olutọsọna pataki ti ikosile pupọ ati iṣẹ ṣiṣe cellular. Ilana ti o wa labẹ WGBS pẹlu itọju bisulfite, ti nfa iyipada ti awọn cytosines ti ko ni methylated si uracil (C si U), lakoko ti o nlọ awọn cytosine methylated ko yipada. Ilana yii nfunni ni ipinnu ipilẹ-ẹyọkan, gbigba awọn oniwadi laaye lati ṣe iwadii ni kikun lori methylome ati ṣii awọn ilana methylation ajeji ti o ni nkan ṣe pẹlu awọn ipo pupọ, ni pataki akàn. Nipa lilo WGBS, awọn onimo ijinlẹ sayensi le jèrè awọn oye ti ko lẹgbẹ sinu awọn ala-ilẹ methylation jakejado-genome, n pese oye ti o ni oye ti awọn ọna ṣiṣe epigenetic ti o wa labẹ awọn ilana ati awọn aarun onirũru.
-
Igbeyewo fun Transposase-Wiwọle Chromatin pẹlu Atẹle Gbigbe Giga (ATAC-seq)
ATAC-seq jẹ ilana itọsẹ ipasẹ giga-giga ti a lo fun itupalẹ iraye si chromatin-jinomini. Lilo rẹ n pese oye ti o jinlẹ ti awọn ọna ṣiṣe eka ti iṣakoso epigenetic agbaye lori ikosile pupọ. Ọna naa nlo transposase Tn5 hyperactive si ajẹkù nigbakanna ati taagi si awọn agbegbe chromatin ti o ṣii nipasẹ fifi awọn alamuuṣẹ itẹlera sii. Awọn abajade imudara PCR ti o tẹle ni ṣiṣẹda ile-ikawe ti o tẹle, eyiti ngbanilaaye fun idanimọ okeerẹ ti awọn agbegbe chromatin ṣiṣi labẹ awọn ipo aaye-akoko kan pato. ATAC-seq n pese iwoye pipe ti awọn iwoye chromatin, ko dabi awọn ọna ti o dojukọ daada lori awọn aaye abuda ifosiwewe transcription tabi awọn agbegbe kan pato ti a ṣe atunṣe itan-akọọlẹ. Nipa tito lẹsẹsẹ awọn agbegbe chromatin ṣiṣi wọnyi, ATAC-seq ṣafihan awọn agbegbe diẹ sii lati ṣe awọn ilana ilana ti nṣiṣe lọwọ ati awọn aaye ifunmọ ifosiwewe agbara, nfunni ni awọn oye ti o niyelori sinu imudara agbara ti ikosile pupọ kọja jiomejiini.
-
Idinku Aṣoju Bisulfite Sequencing (RRBS)
Idinku Asoju Bisulfite Sequencing (RRBS) ti farahan bi iye owo-doko ati yiyan ti o munadoko si Gbogbo Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) ninu iwadii methylation DNA. Lakoko ti WGBS n pese awọn oye okeerẹ nipa ṣiṣe ayẹwo gbogbo jiomeji ni ipinnu ipilẹ ẹyọkan, idiyele giga rẹ le jẹ ipin idiwọn. RRBS ni imunadoko ipenija yii nipa yiyan yiyan apakan aṣoju ti jiomejiini. Ọna yii da lori imudara ti awọn agbegbe ọlọrọ ni erekusu CpG nipasẹ cleavage MspI atẹle nipa yiyan iwọn ti 200-500/600 bps awọn ajẹkù. Nitoribẹẹ, awọn agbegbe nikan ni isunmọ si awọn erekusu CpG ni a ṣe lẹsẹsẹ, lakoko ti awọn ti o ni awọn erekusu CpG ti o jinna ni a yọkuro lati inu itupalẹ. Ilana yii, ti o ni idapo pẹlu ilana bisulfite, ngbanilaaye fun wiwa ti o ga julọ ti DNA methylation, ati ọna ti o tẹle, PE150, fojusi pataki lori awọn opin ti awọn ifibọ dipo ti aarin, jijẹ ṣiṣe ti methylation profiling. RRBS jẹ ohun elo ti ko niye ti o jẹ ki iwadii DNA methylation ti o ni iye owo-doko ati imọ ilọsiwaju ti awọn ilana epigenetic.
