Ohun ọgbin / Animal Gbogbo Jiome Sequencing
Awọn ẹya ara ẹrọ Iṣẹ
● Igbaradi ile-ikawe le jẹ boṣewa tabi laisi PCR
● Wa ni awọn iru ẹrọ ilana 4: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, tabi PacBio Revio.
● Itupalẹ bioinformatic lojutu lori wiwa awọn iyatọ: SNP, InDel, SV ati CNV
Awọn anfani Iṣẹ
●Imọye nla ati Awọn igbasilẹ Atẹjade: Iriri ikojọpọ ni tito-ara-ara-ara fun awọn ẹya 1000 ti o ti yọrisi diẹ sii ju awọn ọran 1000 ti a tẹjade pẹlu ipin ipa ikojọpọ ti o ju 5000 lọ.
●Okeerẹ Bioinformatics Analysis: Pẹlu pipe iyatọ ati alaye iṣẹ.
● Atilẹyin Tita-lẹhin:Ifaramo wa kọja ipari iṣẹ akanṣe pẹlu oṣu mẹta lẹhin-tita akoko iṣẹ. Lakoko yii, a funni ni atẹle iṣẹ akanṣe, iranlọwọ laasigbotitusita, ati awọn akoko Q&A lati koju eyikeyi awọn ibeere ti o ni ibatan si awọn abajade.
●Okeerẹ Annotation: A lo awọn apoti isura infomesonu pupọ lati ṣe alaye iṣẹ-ṣiṣe awọn jiini pẹlu awọn iyatọ ti a mọ ati ṣe itupalẹ imudara imudara ti o baamu, pese awọn oye lori awọn iṣẹ akanṣe iwadi lọpọlọpọ.
Awọn pato Iṣẹ
| Awọn iyatọ lati ṣe idanimọ | Ilana titele | Ijinle ti a ṣe iṣeduro |
| SNP ati InDel | Illumina NovaSeq PE150 tabi MGI T7 | 10x |
| SV ati CNV (kere si deede) | 30x | |
| SV ati CNV (diẹ sii deede) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV ati CNV | PacBio Revio | 10x |
Awọn ibeere apẹẹrẹ
| Tissue tabi awọn acids nucleic ti a fa jade | Illumina / MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Animal Viscera | 0,5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Isan Eranko | ≥5g
| ≥5g
| |||
| Ẹjẹ Mammalian | 1,5 milimita | 0,5 milimita
| ≥5 milimita
| ||
| Adie / Ẹjẹ Ẹja | ≥ 0.1 milimita
| 0,5 milimita
| |||
| Ohun ọgbin- Ewe tuntun | 1-2 g | ≥2 g
| ≥5g
| ||
| Awọn sẹẹli ti o gbin |
| 1x107
| 1x108
| ||
| Kokoro asọ ti àsopọ / Olukuluku | 0,5-1 g | ≥1 g
| ≥3 g
| ||
| DNA ti a jade
| Ifojusi: ≥ 1 ng/µL Iye: ≥ 30 ng Lopin tabi ko si ibajẹ tabi ibajẹ
| Ifojusi Iye
OD260/280
OD260/230
Lopin tabi ko si ibajẹ tabi ibajẹ
| ≥ 40ng/µL 4 µg / sẹẹli sisan / ayẹwo
1.7-2.2
≥1.5 | Ifojusi Iye
OD260/280
OD260/230
Lopin tabi ko si ibajẹ tabi ibajẹ | ≥ 50ng/µL 10 µg / sẹẹli sisan / ayẹwo
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Igbaradi Ile-ikawe laisi PCR: Ifojusi≥ 40 ng/µL Iye ≥ 500 ng | |||||
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Ifijiṣẹ apẹẹrẹ
DNA isediwon
Ikole ìkàwé
Titele
Itupalẹ data
Ifijiṣẹ data
Pẹlu itupale wọnyi:
- Aise Data Iṣakoso Didara
- Awọn iṣiro ti titete si itọkasi genome
- Iyatọ idanimọ: SNP, InDel, SV ati CNV
- Itọkasi iṣẹ-ṣiṣe ti awọn iyatọ
Awọn iṣiro ti titete si itọka jiini - pinpin ijinle titele
SNP pipe laarin ọpọ awọn ayẹwo
Idanimọ InDel - awọn iṣiro ti ipari InDel ni agbegbe CDS ati agbegbe-jakejado genome
Iyatọ pinpin kọja awọn jiini – Circos Idite
Itọkasi iṣẹ ṣiṣe ti awọn Jiini pẹlu awọn iyatọ ti a mọ - Gene Ontology
Chai, Q. et al. (2023) 'A glutathione S-transferase GhTT19 ṣe ipinnu pigmentation petal petal ododo nipasẹ ṣiṣe ilana ikojọpọ anthocyanin ninu owu', Iwe iroyin Biotechnology Plant, 21(2), p. 433. doi: 10.1111 / PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Chromosome-level egan Hevea brasiliensis genome n pese awọn irinṣẹ tuntun fun ibisi iranlọwọ-genomic ati loci ti o niyelori lati gbe ikore rọba ga', Iwe akọọlẹ Plant Biotechnology, 21(5), oju-iwe 1058-1072. doi: 10.1111 / PBI.14018.
Li, A. et al. (2021) 'Genome of the estuarine oyster n pese awọn oye si ipa oju-ọjọ ati ṣiṣu adaṣe', Isedale ibaraẹnisọrọ 2021 4: 1, 4 (1), oju-iwe 1-12. doi: 10.1038 / s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Onínọmbà ti genome ati methylation ayipada ninu Chinese abinibi adie lori akoko pese enia sinu itoju eya', Communications Biology, 5(1), pp. 1-12. doi: 10.1038 / s42003-022-03907-7.
