PacBio 2+3 Ipari mRNA Solusan
Awọn ẹya ara ẹrọ
● Apẹrẹ ikẹkọ:
Apeere ti a ti pa pọ pẹlu PacBio lati ṣe idanimọ awọn isoforms tiransikiripiti
Awọn ayẹwo lọtọ (awọn atunwi ati awọn ipo lati ṣe idanwo) ti a tẹle pẹluNGS lati ṣe iwọn ikosile iwe-kikọ
● PacBio titele ni ipo CCS, ti o npese awọn kika HiFi
● Tito lẹsẹsẹ ti awọn iwe afọwọkọ ipari ipari
● Onínọmbà kò fi dandan jẹ́ kí apilẹ̀ àbùdá ìtọ́kasí; sibẹsibẹ, o le wa ni oojọ ti
● Ayẹwo bioinformatic pẹlu kii ṣe ikosile nikan ni apilẹṣẹ ati ipele isoform ṣugbọn tun ṣe itupalẹ lncRNA, awọn idapọ ti jiini, poly-adenylation, ati igbekalẹ apilẹṣẹ
Awọn anfani
● Ga Yiye: HiFi ka pẹlu deede> 99.9% (Q30), afiwera si NGS
● Itupalẹ Pipin Yiyan: tito lẹsẹsẹ gbogbo awọn iwe afọwọkọ jẹ ki idanimọ isoform ati isọdi.
● Apapo PacBio ati Awọn Agbara NGS: muu iwọn ikosile ṣiṣẹ ni ipele isoform, ṣiṣafihan iyipada ti o le jẹ boju-boju nigbati o ṣe itupalẹ gbogbo ikosile jiini
● Ògbólógbòó: pẹlu igbasilẹ orin ti ipari lori 1100 PacBio ni kikun-ipari awọn iṣẹ-ṣiṣe transscriptome ati ṣiṣe lori awọn apẹẹrẹ 2300, ẹgbẹ wa mu iriri iriri lọpọlọpọ si gbogbo iṣẹ akanṣe.
● Atilẹyin Tita-lẹhin: ifaramo wa kọja ipari ipari iṣẹ akanṣe pẹlu akoko iṣẹ-oṣu 3 lẹhin-tita. Lakoko yii, a funni ni atẹle iṣẹ akanṣe, iranlọwọ laasigbotitusita, ati awọn akoko Q&A lati koju eyikeyi awọn ibeere ti o ni ibatan si awọn abajade.
Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ
| Ile-ikawe | Ilana titele | Data niyanju | Iṣakoso didara |
| PolyA imudara mRNA CCS ìkàwé | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A idarato | Imọlẹ PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nucleotides
|
| Konc.(ng/μl) | Iye (μg) | Mimo | Òtítọ́ |
| Illumina Library | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Lopin tabi ko si amuaradagba tabi idoti DNA ti o han lori jeli. | Fun awọn ohun ọgbin: RIN≥4.0; Fun eranko: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ni opin tabi ko si igbega ipilẹ |
| PacBio ìkàwé | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Lopin tabi ko si amuaradagba tabi idoti DNA ti o han lori jeli. | Awọn ohun ọgbin: RIN≥7.5 Ẹranko: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; ni opin tabi ko si igbega ipilẹ |
Niyanju Ifijiṣẹ Apeere
Apoti: tube centifuge 2 milimita (a ko ṣeduro bankanje Tin)
Ifamisi apẹẹrẹ: Ẹgbẹ+ ṣe ẹda fun apẹẹrẹ A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Gbigbe:
1. Din-yinyin:Awọn ayẹwo nilo lati wa ni aba ti ni awọn apo ati ki o sin ni gbẹ-yinyin.
2. Awọn tubes RNAstable: Awọn ayẹwo RNA le gbẹ ni tube imuduro RNA (fun apẹẹrẹ RNAstable®) ati gbigbe ni iwọn otutu yara.
Pẹlu itupale wọnyi:
Aise data didara iṣakoso
Itupalẹ Polyadenylation Yiyan (APA)
Iṣiro iwe afọwọkọ Fusion
Yiyan splicing Analysis
Benchmarking Universal Nikan-Daakọ Orthologs (BUSCO) onínọmbà
Itupalẹ iwe afọwọkọ aramada: asọtẹlẹ ti awọn ilana ifaminsi (CDS) ati asọye iṣẹ
Itupalẹ lncRNA: asọtẹlẹ ti lncRNA ati awọn ibi-afẹde
Idanimọ MicroSatelite (SSR)
Itupalẹ Awọn iwe afọwọkọ Iyatọ Ti Afihan (DETs).
Onínọmbà Awọn Jiini Iyatọ Ti Afihan (DEGs).
Alaye iṣẹ-ṣiṣe ti DEGs ati DETs
BUSCO onínọmbà
Yiyan splicing Analysis
Itupalẹ Polyadenylation Yiyan (APA)
Awọn Jiini Ti Afihan Iyatọ (DEGs) ati Awọn iwe afọwọkọ (DETs9 anlays
Awọn nẹtiwọki ibaraenisepo Amuaradagba-Amuaradagba ti DETs ati DEGs
Ṣawakiri awọn ilọsiwaju ti o ni irọrun nipasẹ BMKGene's PacBio 2+3 ipari-ipari mRNA ti o ni kikun nipasẹ ikojọpọ ti awọn atẹjade.
Chao, Q. et al. (2019) 'Awọn iyipada idagbasoke ti Populus stem transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17(1), oju ewe 206-219. doi: 10.1111 / PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Awọn iyipada Yiyi ni Akoonu Ascorbic Acid lakoko Idagbasoke Eso ati Ripening ti Actinidia latifolia (Irugbin Eso Ascorbate-Rich) ati Awọn ọna ẹrọ Molecular ti o ni ibatan', Iwe akọọlẹ International ti Imọ-jinlẹ Molecular, 23 (10), p. 5808. doi: 10.3390 / IJMS23105808 / S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Asọtẹlẹ ti o munadoko ti awọn Jiini ipa ọna biosynthetic ti o ni ipa ninu polyphyllins bioactive ni Paris polyphylla', Isedale Ibaraẹnisọrọ 2022 5: 1, 5(1), oju-iwe 1–10. doi: 10.1038 / s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Ni idapo PacBio Iso-Seq ati Illumina RNA-Seq Analysis of Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome ati Cytochrome P450 Genes', Kokoro, 14 (4), p. 363. doi: 10.3390 / INSECTS14040363 / S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Iwadi ti idiju transcriptome ti lilo PacBio nikan-molecule gidi-akoko onínọmbà ni idapo pelu Illumina RNA sequencing fun a ni oye ti ricinoleic acid biosynthesis ni Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1-17. doi: 10.1186 / S12864-019-5832-9 / awọn olusin / 7.
