mRNA-seq (NGS) – De novo

Atẹle mRNA ngbanilaaye profaili gbogbo awọn iwe afọwọkọ mRNA ninu awọn sẹẹli labẹ awọn ipo kan pato ati pe o jẹ imọ-ẹrọ ti a lo lọpọlọpọ ni ọpọlọpọ awọn agbegbe iwadii. BMKCloud De novo mRNA-seq opo gigun ti epo jẹ apẹrẹ lati ṣe itupalẹ awọn ile-ikawe ilana imudara poly-A nigbati ko si jiini itọkasi. Pipeline bẹrẹ pẹlu iṣakoso didara, atẹle nipade novoapejọ tiransikiripiti ati yiyan ṣeto unigene. Itupalẹ eto unigene sọ asọtẹlẹ ilana ifaminsi (CDS) ati awọn atunwi ọkọọkan ti o rọrun (SSR). Lẹhinna, itupalẹ ikosile iyatọ ti o wa awọn jiini ti o ni iyatọ ti o yatọ (DEGs) laarin awọn ipo idanwo, ti o tẹle pẹlu akọsilẹ iṣẹ-ṣiṣe ati imudara ti DEGs lati yọkuro awọn imọ-imọ-aye.