Hi-C orisun Apejọ Genome
Hi-C jẹ ọna ti a ṣe apẹrẹ lati mu iṣeto chromosome mu nipa apapọ awọn ibaraẹnisọrọ orisun-isunmọ probing ati ilana ṣiṣe-giga. Kikan ti awọn ibaraenisepo wọnyi ni a gbagbọ pe o ni ibatan ni odi pẹlu ijinna ti ara lori awọn chromosomes. Nitoribẹẹ, data Hi-C ni a lo lati ṣe itọsọna iṣakojọpọ, pipaṣẹ, ati iṣalaye awọn ilana ti o pejọ ninu jiomeji osere ati didari awọn wọnyẹn sori nọmba kan ti awọn chromosomes. Imọ-ẹrọ yii n fun apejọ jiini ipele-chromosome ni agbara ni aini ti maapu jiini ti o da lori olugbe. Gbogbo ẹyọ-ara kan nilo Hi-C.
Awọn ẹya ara ẹrọ Iṣẹ
● Sequencing lori Illumina NovaSeq pẹlu PE150.
● Iṣẹ nilo awọn ayẹwo tissu, dipo awọn acids nucleic ti a fa jade, lati ṣe agbelebu pẹlu formaldehyde ati lati tọju awọn ibaraẹnisọrọ DNA-amuaradagba.
● Idanwo Hi-C jẹ ihamọ ati atunṣe ipari ti awọn opin alalepo pẹlu biotin, atẹle nipa yiyipo ti awọn opin ti o ni iyọrisi lakoko ti o tọju awọn ibaraẹnisọrọ. DNA ti wa ni ki o si fa si isalẹ pẹlu streptavidin ilẹkẹ ati ki o wẹ fun tetele ìkàwé igbaradi.
Awọn anfani Iṣẹ
Akopọ ti Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,ImọỌdun 2009)
●Yiyokuro iwulo fun Data Olugbe Jiini:Hi-C paarọ awọn alaye pataki ti o nilo fun anchoring.
●iwuwo asami giga:ti o yori si ipin idaduro contig giga ju 90%.
●Imọye nla ati awọn igbasilẹ atẹjade:BMKGene ni iriri nla pẹlu diẹ sii ju awọn ọran 2000 ti Apejọ Hi-C Genome lati awọn oriṣiriṣi oriṣiriṣi 1000 ati awọn iwe-ẹri oriṣiriṣi. Ju awọn ọran 200 ti a tẹjade ni ipin ipa ikojọpọ ti o ju 2000 lọ.
●Ẹgbẹ bioinformatics ti oye giga:pẹlu awọn itọsi inu ile ati awọn aṣẹ lori ara sọfitiwia fun awọn adanwo Hi-C ati itupalẹ data, sọfitiwia data iworan ti ara ẹni ti o dagbasoke jẹ ki iṣipopada dina afọwọṣe, yiyipada, fifagilee, ati atunṣe.
●Atilẹyin Tita-lẹhin:Ifaramo wa kọja ipari iṣẹ akanṣe pẹlu oṣu mẹta lẹhin-tita akoko iṣẹ. Lakoko yii, a funni ni atẹle iṣẹ akanṣe, iranlọwọ laasigbotitusita, ati awọn akoko Q&A lati koju eyikeyi awọn ibeere ti o ni ibatan si awọn abajade.
●Okeerẹ Annotation: a lo awọn apoti isura infomesonu pupọ lati ṣe alaye iṣẹ ṣiṣe awọn Jiini pẹlu awọn iyatọ ti a mọ ati ṣe itupalẹ imudara imudara ti o baamu, pese awọn oye lori awọn iṣẹ akanṣe iwadi lọpọlọpọ.
Awọn pato Iṣẹ
| Igbaradi Library | Ilana titele | Ijade data ti a ṣe iṣeduro | Iṣakoso didara |
| Hi-C ìkàwé | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Awọn ibeere apẹẹrẹ
| Tissu | Iye ti a beere |
| Animal Viscera | ≥2 g |
| Isan Eranko | |
| Ẹjẹ Mammalian | ≥2 milimita |
| Adie / Ẹjẹ Ẹja | |
| Ohun ọgbin- Ewe tuntun | ≥3 g |
| Awọn sẹẹli ti o gbin | 1x107 |
| Kokoro | ≥2 g |
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Apẹrẹ adanwo
Ifijiṣẹ apẹẹrẹ
Ikole ìkàwé
Titele
Itupalẹ data
Lẹhin-tita awọn iṣẹ
1) Aise data QC
2) Hi-C ìkàwé QC: ifoju ti wulo Hi-C ibaraenisepo
3) Apejọ Hi-C: ikojọpọ awọn contigs ni awọn ẹgbẹ, atẹle nipa pipaṣẹ contig laarin ẹgbẹ kọọkan ati yiyan iṣalaye contig
4) Hi-C igbelewọn
Hi-C Library QC - ifoju Hi-C wulo ibaraenisepo orisii
Hi-C Apejọ - statistiki
Igbelewọn apejọ lẹhin-apejọ – maapu ooru ti kikankikan ifihan agbara laarin awọn apoti
Ṣawakiri awọn ilọsiwaju ti o ni irọrun nipasẹ awọn iṣẹ apejọ Hi-C BMKGene nipasẹ akojọpọ awọn atẹjade ti a ti yan.
Tian, T. et al. (2023) 'Apejọ Genome ati pipinka jiini ti agbado germplasm ti o gbajumọ ti ko ni aabo’, Iseda Genetics 2023 55:3, 55(3), oju-iwe 496–506. doi: 10.1038 / s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Apejọ-iwọn Chromosome kan ti Asia Honeybee Apis cerana Genome', Awọn iwaju ni Awọn Jiini, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Ifihan itankalẹ ti tropane alkaloid biosynthesis nipa ṣiṣe ayẹwo awọn genomes meji ninu idile Solanaceae', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), oju-iwe 1-18. doi: 10.1038 / s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Awọn Jiini ti Igi Banyan ati Pollinator Wasp Pese Awọn Imọye sinu Ọpọtọ-Wasp Coevolution', Cell, 183 (4), oju-iwe 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
