Hi-C orisun Chromatin Interaction
Awọn ẹya ara ẹrọ Iṣẹ
● Sequencing lori Illumina NovaSeq pẹlu PE150.
● Iṣẹ nilo awọn ayẹwo tissu, dipo awọn acids nucleic ti a fa jade, lati ṣe agbelebu pẹlu formaldehyde ati lati tọju awọn ibaraẹnisọrọ DNA-amuaradagba.
● Idanwo Hi-C jẹ ihamọ ati atunṣe ipari ti awọn opin alalepo pẹlu biotin, atẹle nipa yiyipo ti awọn opin ti o ni iyọrisi lakoko ti o tọju awọn ibaraẹnisọrọ. DNA ti wa ni ki o si fa si isalẹ pẹlu streptavidin ilẹkẹ ati ki o wẹ fun tetele ìkàwé igbaradi.
Awọn anfani Iṣẹ
●Ti aipe Ihamọ Enzyme Design: lati rii daju a ga Hi-C ṣiṣe lori yatọ si eya pẹlu soke si 93% wulo ibaraenisepo orisii.
●Imọye nla ati Awọn igbasilẹ Atẹjade:BMKGene ni o ni tiwa ni iriri pẹlu> 2000 Hi-C ise agbese lesese lati 800 orisirisi eya ati orisirisi awọn iwe-. Ju awọn ọran 100 ti a tẹjade pẹlu ipin ipa ikojọpọ ti o ju 900 lọ.
●Ẹgbẹ Bioinformatics ti o ni oye giga:pẹlu awọn itọsi inu ile ati awọn aṣẹ lori ara sọfitiwia fun awọn idanwo Hi-C ati itupalẹ data ati sọfitiwia data iworan ti ara ẹni ti o dagbasoke.
●Atilẹyin Tita-lẹhin:Ifaramo wa kọja ipari iṣẹ akanṣe pẹlu oṣu mẹta lẹhin-tita akoko iṣẹ. Lakoko yii, a funni ni atẹle iṣẹ akanṣe, iranlọwọ laasigbotitusita, ati awọn akoko Q&A lati koju eyikeyi awọn ibeere ti o ni ibatan si awọn abajade.
●Okeerẹ Annotation: a lo awọn apoti isura infomesonu pupọ lati ṣe alaye iṣẹ ṣiṣe awọn Jiini pẹlu awọn iyatọ ti a mọ ati ṣe itupalẹ imudara imudara ti o baamu, pese awọn oye lori awọn iṣẹ akanṣe iwadi lọpọlọpọ.
Awọn pato Iṣẹ
| Ile-ikawe | Ilana titele | Ijade data ti a ṣe iṣeduro | Ipinnu Ifiranṣẹ Hi-C |
| Hi-C ìkàwé | Imọlẹ PE150 | Chromatin lupu: 150x TAD: 50x | Yipo Chromatin: 10Kb TAD: 40kb |
Awọn ibeere Iṣẹ
| Iru apẹẹrẹ | Iye ti a beere |
| Ẹranko àsopọ | ≥2g |
| Gbogbo Ẹjẹ | 2ml |
| Fungi | ≥1g |
| Ohun ọgbin- odo àsopọ | 1g/aliquot, 2-4 aliquotes niyanju |
| Awọn sẹẹli ti o gbin | 1x107 |
Pẹlu Itupalẹ atẹle yii:
● Aise data QC;
● Iyaworan ati ile-ikawe Hi-C QC: awọn orisii ibaraenisepo ti o wulo ati Ibaraẹnisọrọ Ibajẹ Exponents (IDEs);
● Ifilọlẹ Ibaraẹnisọrọ jakejado Genome: itupalẹ cis / trans ati maapu ibaraenisepo Hi-C;
● Onínọmbà ti pinpin A / B ipin;
● Idanimọ ti TADs ati chromatin losiwajulosehin;
● Onínọmbà iyatọ lori awọn eroja igbekalẹ 3D chromatin laarin awọn apẹẹrẹ ati asọye iṣẹ ṣiṣe ti o baamu ti awọn jiini ti o somọ.
Cis ati pinpin ipin
Ooru maapu ti awọn ibaraenisepo chromosomal laarin awọn ayẹwo
Jiini-jakejado pinpin A/B compartments
Jiini-jakejado pinpin ti chromatin yipo
Wiwo ti TADs
Ṣawakiri awọn ilọsiwaju iwadii ti o ni irọrun nipasẹ awọn iṣẹ itọsẹ Hi-C ti BMKGene nipasẹ akojọpọ awọn atẹjade ti a ti ṣoki.
Meng, T. et al. (2021) 'Itupalẹ iṣọpọ olona-omics afiwera ṣe idanimọ CA2 bi ibi-afẹde aramada fun chordoma’,Neuro-Onkoloji, 23 (10), oju ewe 1709–1722. doi: 10.1093 / NEUONC / NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) 'Iṣeto 3D ati atunto ti jiini n pese awọn oye si pathogenesis ti NAFLD nipasẹ iṣọpọ Hi-C, Nanopore, ati ilana RNA’,Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), oju ewe 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
