●Awọn iru ẹrọ:Illumina NovaSeq 6000 ati NovaSeq X Plus
●Awọn ọna ṣiṣe atẹle:PE150 ati PE250
●Iṣakoso didara ti awọn ile-ikawe ṣaaju ṣiṣe ilana
●Tito lẹsẹsẹ data QC ati ifijiṣẹ:ifijiṣẹ ti ijabọ QC ati data aise ni ọna kika fastq lẹhin demultiplexing ati sisẹ Q30 kika
●Iwapọ ti awọn iṣẹ ṣiṣe atẹle:alabara le yan lati tẹle-tẹle nipasẹ ọna, sẹẹli sisan, tabi nipa iye data ti a beere (ilana ipa ọna).
●Iriri ti o gbooro lori Syeed ilana ilana Illumina:pẹlu egbegberun titi ise agbese pẹlu orisirisi eya.
●Ifijiṣẹ ti ijabọ QC lẹsẹsẹ:pẹlu awọn metiriki didara, išedede data ati iṣẹ ṣiṣe gbogbogbo ti iṣẹ akanṣe.
●Ilana ti o dagba:pẹlu kukuru Tan-ni ayika akoko.
●Iṣakoso Didara lile: a ṣe awọn ibeere QC ti o muna lati ṣe iṣeduro ifijiṣẹ ti awọn abajade didara to gaju nigbagbogbo.
Platform | Cell sisan | Ipo titele | Ẹyọ | Iṣagbejade ifoju |
NovaSeq X | 10B (ọ̀nà 8) | PE150 | Nikan Lane Apakan Lane | 375Gb / Lane |
25B (ọ̀nà 8) | PE150 | Nikan Lane Apakan Lane | 1000 Gb/Lane | |
NovaSeq 6000 | SP Flow cell (awọn ọna meji) | PE250 | Cell sisan Nikan Lane Apakan Lane | 325-400 M kika / Lane |
S4 sẹẹli ṣiṣan (awọn ọna mẹrin) | PE150 | Cell sisan Nikan Lane Apakan Lane | ~ 800 Gb / Lane |
Iye Data (X) | Ifojusi (qPCR/nM) | Iwọn didun | |
Apakan Lane Sequencing
| X ≤ 10 Gb | ≥1 nM | ≥ 25 μl |
10 Gb <X ≤ 50 Gb | ≥2 nM | ≥ 25 μl | |
50 Gb <X ≤ 100 Gb | ≥3 nM | ≥ 25 μl | |
X> 100 Gb | ≥4 nM | ≥ 25 μl | |
Lenii Sequencing | Fun Lane | ≥ 1.5 nM / ibi-ikawe | ≥ 25 μl / Adagun ibi-ikawe |
Ni afikun si ifọkansi ati iye lapapọ, apẹrẹ tente oke ti o yẹ tun nilo.
Akiyesi: Ilana ti ọna ti awọn ile-ikawe oniruuru kekere nilo isunmi PhiX lati rii daju pe pipe ipilẹ to lagbara.
A ṣeduro ifisilẹ awọn ile-ikawe ti a ti ṣajọpọ tẹlẹ bi awọn ayẹwo. Ti o ba nilo BMKGENE lati ṣe akojọpọ ile-ikawe, jọwọ tọka si
awọn ibeere ile-ikawe fun ọna titọ apakan.
Oke akọkọ yẹ ki o wa laarin 300-450 bp.
Awọn ile-ikawe yẹ ki o ni tente oke akọkọ kan, ko si ibajẹ ohun ti nmu badọgba ko si si awọn dimer alakoko.
Ijabọ lori didara ile-ikawe ti pese ṣaaju ṣiṣe lẹsẹsẹ, ṣe ayẹwo iye ile-ikawe, ati pipin.
Table 1. Statistics on data lesese.
Apeere ID | BMKID | Aise kika | Data aise (bp) | Awọn kika mimọ (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
C_01 | BMK_01 | 22.870.120 | 6.861.036.000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
C_02 | BMK_02 | 14.717.867 | 4,415,360,100 | 96.00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
Ṣe nọmba 1. Didara pinpin pẹlu kika ni ayẹwo kọọkan
olusin 2. Ipilẹ akoonu pinpin
Ṣe nọmba 3. Pipin awọn akoonu kika ni data tito lẹsẹsẹ