BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome Technical Ero
Awọn ẹya ara ẹrọ
● Ipinnu: 5 µM
● Aami Iwọn: 2.5 µM
● Nọmba ti awọn aaye: to 2 Milionu
● Awọn ọna kika agbegbe 3 ṣee ṣe: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm tabi 15 mm * 20 mm
● Ilẹkẹ kọkan kọọkan jẹ ti kojọpọ pẹlu awọn alakoko ti o ni awọn apakan mẹrin:
poly(dT) iru fun priming mRNA ati cDNA kolaginni
Idanimọ Molecular Alailẹgbẹ (UMI) lati ṣe atunṣe abosi imudara
Aaye kooduopo
Asopọmọra ọkọọkan ti apa kan kika 1 sequencing alakoko
● H&E ati abawọn fluorescent ti awọn apakan
● O ṣeeṣe lati loimọ-ẹrọ ipin sẹẹli: Integration ti H&E idoti, Fuluorisenti idoti, ati RNA lesese lati mọ awọn aala ti kọọkan cell ati ki o ti tọ fi jiini ikosile si kọọkan cell.
Awọn anfani ti BMKMANU S1000
●Ipinnu iha-cellular: Agbegbe yiyaworan kọọkan wa ninu> Awọn aaye Barcoded aaye miliọnu 2 pẹlu iwọn ila opin kan ti 2.5 µm ati aye kan ti 5 µm laarin awọn ile-iṣẹ iranran, ṣiṣe itupalẹ aye transcriptome pẹlu ipinnu sub-cellular (5 µm).
●Itupalẹ Ipinnu Ipele pupọ:Itupalẹ ipele pupọ ti o rọ lati 100 μm si 5 μm lati yanju awọn ẹya ara ti o yatọ ni ipinnu to dara julọ.
●Ṣeṣe lati Lo “Mẹta ninu ifaworanhan kan” Imọ-ẹrọ Pipin sẹẹli:Apapọ abawọn fluorescence, abawọn H&E, ati ilana RNA lori ifaworanhan ẹyọkan, alugoridimu onínọmbà “mẹta-ni-ọkan” wa funni ni agbara idanimọ ti awọn aala sẹẹli fun awọn transcriptomic ti o da lori sẹẹli ti o tẹle.
●Ni ibamu pẹlu Awọn iru ẹrọ Atẹle Ọpọ: Mejeeji NGS ati ọna kika gigun ti o wa.
●Irọrun Oniru ti 1-8 Ti nṣiṣe lọwọ Yaworan Area: Iwọn agbegbe gbigba jẹ rọ, o ṣee ṣe lati lo awọn ọna kika 3 (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm ati 15 mm * 20 mm)
●Ọkan-Duro Service: O ṣepọ gbogbo iriri ati awọn igbesẹ ti o da lori ọgbọn, pẹlu apakan cryo, abawọn, iṣapeye ti ara, barcoding aaye, igbaradi ile-ikawe, ilana-iṣe, ati bioinformatics.
●Okeerẹ Bioinformatics ati Wiwo ore-olumulo ti Awọn abajade:package pẹlu awọn itupale 29 ati awọn isiro didara giga 100, ni idapo pẹlu lilo sọfitiwia inu ile ti a ṣe idagbasoke lati foju inu ati ṣe akanṣe pipin sẹẹli ati ikojọpọ iranran.
●Adani Data Analysis ati Visualization: wa fun orisirisi awọn ibeere iwadi
●Giga-ti oye Team: pẹlu iriri ni diẹ ẹ sii ju 250 awọn iru ara ati awọn ẹya 100+ pẹlu eniyan, Asin, mammal, eja ati eweko.
●Awọn imudojuiwọn akoko gidi lori Gbogbo Ise agbese: pẹlu iṣakoso kikun ti ilọsiwaju esiperimenta.
●Onínọmbà Isopọpọ Iyanfẹ pẹlu Sequencing mRNA-ẹyọkan
Awọn pato Iṣẹ
|
Apeere Awọn ibeere
| Ile-ikawe |
Ilana titele
| Data niyanju | Iṣakoso didara |
| Awọn ayẹwo cryo ti o wa ni OCT, awọn bulọọki 3 fun apẹẹrẹ | S1000 cDNA ìkàwé | Illumina PE150 (awọn iru ẹrọ miiran wa) | 100K PE kika fun 100 uM ( 60-150 Gb) | RIN>7 |
Fun awọn alaye diẹ sii lori itọsọna igbaradi ayẹwo ati ṣiṣan iṣẹ iṣẹ, jọwọ lero ọfẹ lati ba aBMKGENE iwé
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Ni ipele igbaradi ayẹwo, idanwo isediwon RNA olopobobo akọkọ ni a ṣe lati rii daju pe RNA ti o ni agbara giga le gba. Ninu ipele iṣapeye tissu awọn apakan ti ni abariwon ati wiwo ati pe awọn ipo aibikita fun itusilẹ mRNA lati ara ti wa ni iṣapeye. Ilana iṣapeye naa lẹhinna lo lakoko ikole ile-ikawe, atẹle nipasẹ ṣiṣe atẹle ati itupalẹ data.
Ṣiṣan iṣẹ iṣẹ pipe jẹ awọn imudojuiwọn akoko gidi ati awọn ijẹrisi alabara lati ṣetọju lupu esi idahun, ni idaniloju ipaniyan iṣẹ akanṣe.
Awọn data ti ipilẹṣẹ nipasẹ BMKMANU S1000 ni a ṣe atupale nipa lilo sọfitiwia “BSTMatrix”, eyiti o jẹ apẹrẹ ni ominira nipasẹ BMKGENE, ti n ṣe agbekalẹ Matrix Ikosile Gene kan. Lati ibẹ, ijabọ boṣewa ti wa ni ipilẹṣẹ ti o pẹlu iṣakoso didara data, itupalẹ-ayẹwo inu ati itupalẹ ẹgbẹ-ẹgbẹ.
● Iṣakoso Didara Data:
Ijade data ati pinpin Dimegilio didara
Iwari Gene fun iranran
Tissu agbegbe
● Ayẹwo inu-inu:
Gene ọlọrọ
Iṣupọ iranran, pẹlu itupalẹ iwọn ti o dinku
Iṣayẹwo ikosile iyatọ laarin awọn iṣupọ: idanimọ ti awọn Jiini asami
Itọkasi iṣẹ-ṣiṣe ati imudara ti awọn Jiini asami
● Ayẹwo laarin ẹgbẹ:
Tun-apapo awọn aaye lati awọn ayẹwo mejeeji (fun apẹẹrẹ. Arun ati iṣakoso) ati tun iṣupọ
Idanimọ awọn jiini asami fun iṣupọ kọọkan
Itọkasi iṣẹ-ṣiṣe ati imudara ti awọn Jiini asami
Ikosile Iyatọ ti iṣupọ kanna laarin awọn ẹgbẹ
Ni afikun, BMKGENE ti ni idagbasoke “BSTViewer” jẹ irinṣẹ ore-olumulo ti o jẹ ki olumulo le foju inu ikosile pupọ ati ikojọpọ iranran ni awọn ipinnu oriṣiriṣi.
BMKGene ni idagbasoke software fun olumulo ore iworan
Iṣupọ iranran BSTViewer ni ipinnu ipele pupọ
BSTCellViewer: aifọwọyi ati pipin sẹẹli afọwọṣe
Inu-ayẹwo Analysis
Ikojọpọ aaye:
Idanimọ awọn jiini asami ati pinpin aaye:
Inter-ẹgbẹ Analysis
Akopọ data lati awọn ẹgbẹ mejeeji ati tun iṣupọ:
Awọn jiini asami ti awọn iṣupọ tuntun:
Ṣawari awọn ilọsiwaju ti o rọrun nipasẹ awọn iṣẹ transcriptomics aaye BMKGene pẹlu imọ-ẹrọ BMKManu S1000 ninu atẹjade ifihan yii:
Orin, X. et al. (2023) 'Transcriptomics aaye ṣe afihan awọn sẹẹli chlorenchyma ti o ni ina ti o kopa ninu igbega isọdọtun titu ni callus tomati',Awọn ilana ti Ile-ẹkọ giga ti Orilẹ-ede ti Awọn sáyẹnsì ti Amẹrika ti Amẹrika, 120 (38), ojú ìwé. e2310163120. doi: 10.1073 / pnas.2310163120
Iwọ, Y. et al. (2023) 'Ifiwera eto ti awọn ọna transcriptomic ti o da lori ilana-tẹle’,bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
