גאַנץ גענאָמע ביסולפיטע סיקוואַנסינג (WGBS)
גאַנץ גענאָמע ביסולפיטע סיקוואַנסינג (WGBS) איז די גאָלד-נאָרמאַל מעטאַדאַלאַדזשי פֿאַר טיף עקספּלעריישאַן פון דנאַ מעטהילאַטיאָן, ספּאַסיפיקלי די פינפט שטעלע אין סיטאָסין (5-MC), אַ פּיוואַטאַל רעגולאַטאָר פון דזשין אויסדרוק און סעליאַלער טעטיקייט. דער פּרינציפּ אַנדערלייינג WGBS ינוואַלווז ביסולפיטע באַהאַנדלונג, ינדוסינג די קאַנווערזשאַן פון ונמעטהילאַטעד סיטאָסינעס צו וראַסיל (C צו ו), און לאָזן מעטהילאַטעד סיטאָסינעס אַנטשיינדזשד. די טעכניק אָפפערס איין-באַזע האַכלאָטע, אַלאַוינג ריסערטשערז צו פולשטענדיק ויספאָרשן די מעטהילאָמע און ופדעקן אַבנאָרמאַל מעטהילאַטיאָן פּאַטערנז פֿאַרבונדן מיט פאַרשידן טנאָים, דער הויפּט ראַק. דורך ניצן WGBS, סייאַנטיס קענען באַקומען אַנפּעראַלעלד ינסייץ אין גענאָמע-ברייט מעטהילאַטיאָן לאַנדסקייפּס, פּראַוויידינג אַ נואַנסט פארשטאנד פון די עפּיגענעטיק מעקאַניזאַמז וואָס אַנדערלייינג דייווערס בייאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז און חולאתן.
סערוויס פֿעיִקייטן
● ריקוויירז אַ רעפֿערענץ גענאָמע.
● Lambda DNA איז מוסיף צו מאָניטאָר ביסולפיטע קאַנווערזשאַן עפעקטיווקייַט.
● סיקוואַנסינג אויף Illumina NovaSeq.
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
●גאָלד סטאַנדאַרד פֿאַר דנאַ מעטהילאַטיאָן פאָרשונג: די דערוואַקסן מעטהילאַטיאָן קאַנווערזשאַן טעכנאָלאָגיע האט הויך אַקיעראַסי און גוט רעפּראָדוסיביליטי.
●ברייט קאַווערידזש און איין-באַזע האַכלאָטע:דיטעקשאַן פון מעטהילאַטיאָן זייטלעך אויף די גענאָמע-ברייט מדרגה.
●גאַנץ פּלאַטפאָרמע:צושטעלן איין-האַלטן ויסגעצייכנט דינסט פון מוסטער פּראַסעסינג, ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן, סיקוואַנסינג צו ביאָינפאָרמאַטיקס אַנאַליסיס.
●ברייט עקספּערטיז: מיט WGBS סיקוואַנסינג פּראַדזשעקס הצלחה געענדיקט אין אַ פאַרשיידנקייַט פון מינים, BMKGENE ברענגט איבער אַ יאָרצענדלינג פון דערפאַרונג, אַ העכסט באָקע אַנאַליסיס מאַנשאַפֿט, פולשטענדיק אינהאַלט און ויסגעצייכנט שטיצן פֿאַר נאָך פארקויפונג.
●מעגלעכקייט צו פאַרבינדן מיט טראַנסקריפּטאָמיקס אַנאַליסיס: אַלאַוינג די ינאַגרייטיד אַנאַליסיס פון WGBS מיט אנדערע אָמיקס דאַטן אַזאַ ווי RNA-seq.
מוסטער ספּעסאַפאַקיישאַנז
| ביבליאָטעק | סיקוואַנסינג סטראַטעגיע | רעקאָממענדעד דאַטן רעזולטאַט | קוואַליטעט קאָנטראָל |
| ביסולפיטע באהאנדלט | Illumina PE150 | 30x טיפקייַט | ק30 ≥ 85% ביסולפיטע קאַנווערזשאַן> 99% |
מוסטער רעקווירעמענץ
| קאַנסאַנטריישאַן (נג / μ ל) | גאַנץ סומע (µg) | נאָך באדערפענישן | |
| גענאָמיק דנאַ | ≥ 5 | ≥ 400 נג | לימיטעד דערנידעריקונג אָדער קאַנטאַמאַניישאַן |
סערוויס אַרבעט לויפן
מוסטער עקספּרעס
דנאַ יקסטראַקשאַן
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
דאַטאַ עקספּרעס
כולל די פאלגענדע אַנאַליסיס:
● רוי סיקוואַנסינג קוואַליטעט קאָנטראָל;
● מאַפּינג צו דערמאָנען גענאָמע;
● דיטעקשאַן פון 5מק מעטהילאַטעד באַסעס;
● אַנאַליסיס פון מעטהילאַטיאָן פאַרשפּרייטונג און אַנאַטיישאַן;
● אַנאַליסיס פון דיפערענטשאַלי מעטהילאַטעד רעגיאָנס (דמרס);
● פאַנגקשאַנאַל אַנאָטאַציע פון גענעס פֿאַרבונדן צו DMRs.
5mC מעטהילאַטיאָן דיטעקשאַן: טייפּס פון מעטהילאַטעד זייטלעך
מעטהילאַטיאָן מאַפּע. 5mC מעטהילאַטיאָן גענאָמע-ברייט פאַרשפּרייטונג
אַנאַטיישאַן פון העכסט מעטהילאַטעד מקומות
דיפערענטשאַלי מעטהילאַטעד רעגיאָנס: פֿאַרבונדן גענעס
דיפערענטשאַלי מעטהילאַטעד רעגיאָנס: אַנאַטיישאַן פון פֿאַרבונדן גענעס (גענע אָנטאָלאָגי)
ויספאָרשן די פאָרשונג אַדוואַנטידזשיז פאַסילאַטייטיד דורך BMKGene ס גאַנץ גענאָמע ביסולפיטע סיקוואַנסינג באַדינונגס דורך אַ קוראַטעד זאַמלונג פון אויסגאבעס.
פאן, י עט על. (2020) 'אַנאַליסיס פון דנאַ מעטהילאַטיאָן פּראָופיילז בעשאַס שעפּס סקעלעטאַל מוסקל אַנטוויקלונג ניצן גאַנץ דזשינאָום ביסולפיטע סיקוואַנסינג',BMC Genomics, 21 (1), זז 1-15. דאָי: 10.1186/S12864-020-6751-5.
דזשאַו, X. עט על. (2022) 'ראָמאַן דעאָקסיריבאָנוקלעיק זויער מעטהילאַטיאָן פּערטערביישאַנז אין טוערס יקספּאָוזד צו וויינאַל קלאָרייד',טאָקסיקאָלאָגי און ינדאַסטריאַל געזונט, 38 (7), זז 377-388. דוי: 10.1177/07482337221098600
זואָ, י עט על. (2020) 'באַציונגען צווישן גענאָמע מעטהילאַטיאָן, לעוועלס פון ניט-קאָדינג רנאַס, מרנאַס און מעטאַבאָליטעס אין רייפּאַנינג פּאָמידאָר פרוכט',די פּלאַנט זשורנאַל, 103 (3), זז 980-994. דאָי: 10.1111/TPJ.14778.
