ספּעציפיש-לאָקוס אַמפּלאַפייד פראַגמענט סיקוואַנסינג (Slaf-Seq)
וואָרקפלאָוו
טעכניש סכעמע
סערוויס פֿעיִקייטן
● סיקוואַנסינג אויף נאָוואַסאַס מיט פּע 150.
● ביבליאָטעק צוגרייטונג מיט טאָפּל באַרקאָדינג, ענייבאַלינג פּאָאָלס פון איבער 1000 סאַמפּאַלז.
● דעם טעכניק קענען זיין געוויינט מיט אָדער אָן אַ דערמאָנען גענאָמע, מיט פאַרשידענע ביאָינפאָרמאַטיק פּייפּליינז פֿאַר יעדער פאַל:
מיט דערמאָנען גענעם: סנס און ינדעל ופדעקונג
אָן דערמאָנען גענענונג: מוסטער קלאַסטערינג און ספּ ופדעקונג
● אין דיאין סיליציאפאַר-פּלאַן בינע קייפל ריסטריקשאַן ענזעמע קאַמבאַניישאַנז זענען סקרינדעד צו געפֿינען די אָנעס וואָס דזשענערייט אַ מונדיר פאַרשפּרייטונג פון סלאַפד טאַגס צוזאמען די גענאָמע.
● בעשאַס די פאַר-עקספּערימענט, דריי ענזיים קאַמבאַניישאַנז זענען טעסטעד אין 3 סאַמפּאַלז צו דזשענערייט 9 סלאַפ לייברעריז, און די אינפֿאָרמאַציע איז ניצן צו קלייַבן די אָפּטימאַל ריסטריקשאַן ענזעמע קאָמבינאַציע פֿאַר די פּרויעקט.
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
●הויך גענעטיק מאַרקער ופדעקונג: ינטאַגרייטינג אַ הויך-טרופּוט טאָפּל באַרקאָדע סיסטעם אַלאַוז די סיימאַלטייניאַס סיקוואַנסינג פון גרויס פּאַפּיאַליישאַנז, און לאָקוס-ספּעציפיש אַמפּלאַפאַקיישאַן ימפּרוווד עפעקטיווקייַט, און ענשור די דייווערס באדערפענישן פון פאַרשידן באדערפענישן פון פאַרשידן פאָרשונג פֿראגן.
● נידעריק אָפענגיקייַט אויף דעם גענאָמע: עס קענען זיין געווענדט צו מינים מיט אָדער אָן אַ דערמאָנען גענאָמע.
●פלעקסאַבאַל סכעמע פּלאַן: איין-ענזיים, צווייענדיק-ענזיים, מאַלטי-ענזיים דיידזשעסטשאַן, און פאַרשידן טייפּס פון ענזימעס קענען אַלע ווערן אויסגעקליבן צו באַזאָרגן צו פאַרשידענע פאָרשונג גאָולז אָדער מינים. דיאין סיליציאפאַר-פּלאַן איז געפירט אויס צו ענשור אַ אָפּטימאַל ענזיים פּלאַן.
● הויך עפעקטיווקייַט אין ענזייטיק דיידזשעסטשאַן: די קאַנדאַקשאַן פון אַןאין סיליציאפאַר-פּלאַן און אַ פאַר-עקספּערימענט אַשורד אָפּטימאַל פּלאַן מיט אפילו פאַרשפּרייטונג פון סלאַף טאַגס אויף די כראָמאָסאָם (1 סלאַף קוויטל / 4 קב) און רידוסט ריפּעטיטיוו סיקוואַנס (<5%).
●עקסטענסיווע עקספּערטיז: אונדזער מאַנשאַפֿט ברענגט אַ עשירות פון דערפאַרונג צו יעדער פּרויעקט, מיט אַ שפּור רעקאָרד פון קלאָוזינג איבער 5000 Slof-seq פּראַדזשעקס אויף הונדערטער פון מינים, אַרייַנגערעכנט געוויקסן, מאַמאַלז, פייגל, ינסעקץ, ינסיסטינג און וואַסער אָרגאַניזאַמז.
● זעלבסט-דעוועלאָפּעד ביאָינפאָרמאַטיק וואָרקפלאָוו: במקגענע דעוועלאָפּעד אַן ינאַגרייטיד ביאָינפאָרמאַטיק וואָרקפלאָוו פֿאַר סלאַף-סעעק צו ענשור די רילייאַבילאַטי און אַקיעראַסי פון די לעצט רעזולטאַט.
סערוויס ספּעסאַפאַקיישאַנז
| טיפּ פון אַנאַליסיס | רעקאַמענדיד באַפעלקערונג וואָג | סיקוואַנסינג סטראַטעגיע | |
| טיפעניש פון קוויטל סיקוואַנסינג | קוויטל נומער | ||
| גענעטיק מאַפּס | 2 עלטערן און> 150 אָנספּרינג | עלטערן: 20 קס ווגס אָפפסינג: 10 קס | גענעם גרייס: <400 מעגאבייטן: ווגס איז רעקאַמענדיד <1 גב: 100 ק טאַגס 1-2 גב :: 200 ק טאַגס > 2 גב: 300 ק טאַגס מאַקסימום טאַגס |
| גענאָמע-ברייט אַססאָסיאַטיאָן שטודיום (גוואַס) | ≥200 סאַמפּאַלז | 10 קס | |
| גענעטיק עוואָלוציע | ≥30 סאַמפּאַלז, מיט> 10 סאַמפּאַלז פון יעדער סאַבגרופּ | 10 קס | |
סערוויס באדערפענישן
קאַנסאַנטריישאַן ≥ 5 נג / μ אָ
גאַנץ סומע ≥ 80 נג
Nanodrop od260 / 280 = 1.6-2.5
אַגאַראָסע געל: קיין אָדער לימיטעד דערנידעריקונג אָדער קאַנטאַמאַניישאַן
רעקאַמענדיד מוסטער עקספּרעס
קאַנטיינער: 2 מל סענטריפוג רער
(פֿאַר רובֿ פון די סאַמפּאַלז, מיר רעקאָמענדירן נישט צו ופהיטן אין עטאַנאָל)
מוסטער לייבאַלינג: סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין קלאר לייבאַלד און יידעניקאַל צו דערלאנגט מוסטער אינפֿאָרמאַציע פאָרעם.
טראַנספּאָרט: טרוקן-ייַז: סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין פּאַקט אין באַגס ערשטער און בעריד אין טרוקן ייַז.
סערוויס וואָרקפלאָוו
מוסטער קק
פּילאָט עקספּערימענט
פרעם-עקספּערימענט
ביבליאָטעק צוגרייטונג
סיקוואַנסינג
דאַטן אַנאַליסיס
נאָך-פאַרקויף באַדינונגס
כולל די פאלגענדע אַנאַליסיס:
- סיקוואַנסינג דאַטן קק
- סלאַף קוויטל אַנטוויקלונג
מאַפּינג צו דערמאָנען דזשאָון
אָן אַ דערמאָנען גענעם: קלאַסטערינג
- אַנאַליסיס פון סלאַף טאַגס.: סטאַטיסטיקס, פאַרשפּרייטונג אַריבער די גענאָמע
- מאַרקער ופדעקונג: סנפּ, ינדעל, סנוו, קוו פאַך און אַנאָטאַציע
פאַרשפּרייטונג פון סלאַף טאַגס אויף טשראָמאָסאָמעס:
פאַרשפּרייטונג פון SNPS אויף טשראָמאָסאָמעס:
SNP אַנאָטאַציע
| יאָר | זשורנאַל | IF | טיטל | אַפּלאַקיישאַנז |
| 2022 | נאַטור קאָמוניקאַציע | 17.694 | גענאָמיק יקער פון די גיגאַ-כראָמאָסאָומז און גיגאַ-גענאָמע פון בוים פּיאַני פּאַוסיאַ אָסידיי | Slaf-gwas |
| 2015 | נייַ פיטאָלאָגיסט | 7.433 | דאָמעסטיקס פאָאָטפּרינץ אַנקער גענאָמיק רעגיאָנס פון אַגראַמיק וויכטיקייט אין סויבינז | Slaf-gwas |
| 2022 | זשורנאַל פון אַוואַנסירטע פאָרשונג | 12.822 | גענאָמע-ברייט קינסטלעך ינטראַדזשאַנז פון גאָסיפּיום באַרבאַדענסי באַרבאַדענסי באַרבאַדענסי באַרבאַדענסי באַרבאַדענשאַן אין די דזשי הירסוטום אַנטדעקן העכער לאָוקי פֿאַר סיימאַלטייניאַס פֿאַרבעסערונג פון וואַטע פיברע קוואַליטעט און טראָגן טרייץ | Slaf-Evolutionary דזשאַנעטיקס |
| 2019 | מאָלעקולאַר פאַבריק | 10.81 | באַפעלקערונג גענאָמיק אַנאַליסיס און דע נאָוואָ פֿאַרזאַמלונג אַנטדעקן די אָנהייב פון ווילי רייַז ווי אַן עוואָלוטיאָנאַרי שפּיל | Slaf-Evolutionary דזשאַנעטיקס |
| 2019 | נאַטור גענעטיקס | 31.616 | גענאָמע סיקוואַנס און גענעטיק דייווערסיטי פון די געוויינטלעך קאַרפּ, סיפּרינוס קאַרפּיאָ | סלאַף-פֿאַרבינדונג מאַפּע |
| 2014 | נאַטור גענעטיקס | 25.455 | די גענאָמע פון קאַלטיווייטיד פיסטוט פּראָוויד אין לעגאָום קאַריאָטיפּעס, פּאָליפּלאָיד עוואַלושאַן און גערעטעניש דאָמעסטיקאַטיאָן. | סלאַף-פֿאַרבינדונג מאַפּע |
| 2022 | פאַבריק ביאָטעטשנאָלאָגי זשורנאַל | 9.803 | לעגיטימאַציע פון סט 1 ריווילז אַ סעלעקציע ינוואַלווינג כיטשהיקינג פון זוימען מאָרפאָלאָגי און בוימל אינהאַלט בעשאַס סויבעראַן דאָמעסטיקאַטיאָן | סלאַף-מאַרקער אַנטוויקלונג |
| 2022 | אינטערנאַציאָנאַלע דזשאָורנאַל פון מאָלעקולאַר ססיענסעס | 6.208 | לעגיטימאַציע און דנאַ מאַרקער אַנטוויקלונג פֿאַר אַ ווייץ-לעבמוס Mollis 2ns (2d) די דיסאָמיק טשראָמאָסאָם סאַבסטיטושאַן | סלאַף-מאַרקער אַנטוויקלונג |
| יאָר | זשורנאַל | IF | טיטל | אַפּלאַקיישאַנז |
| 2023 | פראָנטירז אין פאַבריק וויסנשאַפֿט | 6.735 | QTL מאַפּינג און טראַנסקריפּטאַרט אַנאַליסיס פון צוקער אינהאַלט בעשאַס פרוכט רייפּאַנינג פון פּירוס פּיריפאָליאַ | גענעטיק מאַפּע |
| 2022 | פאַבריק ביאָטעטשנאָלאָגי זשורנאַל | 8.154 | לעגיטימאַציע פון סט 1 ריווילז אַ סעלעקציע ינוואַלווינג כיטשינג פון זוימען מאָרפאָלאָגי און בוימל אינהאַלט בעשאַס סויבין דאָמעסטיקאַטיאָן
| סנפּ פאַך |
| 2022 | פראָנטירז אין פאַבריק וויסנשאַפֿט | 6.623 | גענאָמע-ברייט אַססאָסיאַטיאָן מאַפּינג פון כאַלעסס קוים פענאָטיפּעס אין טריקעניש סוויווע.
| גוואַז |
