סינגלע-נוקליי רנאַ סיקוואַנסינג
טעכנישע סכעמע
די אפגעזונדערטקייט פון נוקליי איז אַטשיווד דורך 10 × Genomics Chromium ™, וואָס באשטייט אַכט-קאַנאַל מיקראָפלוידיקס סיסטעם מיט טאָפּל קראָסינגז. אין דעם סיסטעם, אַ געל קרעלן מיט באַרקאָדעס און אָנפאַנגער, ענזימעס און אַ איין קערן זענען ענקאַפּסאַלייטיד אין נאַנאָליטער-סייזד ייל קאַפּ, דזשענערייטינג געל קרעלן-אין-עמולסיאָן (געם). אַמאָל יידלשטיין זענען געשאפן, צעל ליסיס און מעלדונג פון באַרקאָדעס זענען דורכגעקאָכט אין יעדער יידלשטיין. mRNA זענען פאַרקערט טראַנסקריבעד אין cDNA מאַלאַקיולז מיט 10 × באַרקאָדעס און UMI, וואָס זענען ווייטער אונטערטעניק צו נאָרמאַל סיקוואַנסינג ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן.
פֿעיִקייטן
● צוגרייטונג פון איין-נוקליי סאַספּענשאַן פון פאַרפרוירן געוועבן
● פאָרמירונג פון געל קרעל-אין-עמולסיאָן (געם) נאכגעגאנגען דורך קדנאַ סינטעז
● יעדער קרעל אין אַ יידלשטיין איז לאָודיד מיט אָנפאַנגער קאַמפּאָוזד פון 4 סעקשאַנז:
פּאָלי (דט) עק פֿאַר mRNA פּריימינג און cDNA סינטעז,
יינציק מאָלעקולאַר לעגיטימאַציע (UMI) צו ריכטיק אַמפּלאַפאַקיישאַן פאָרורטייל
10x באַרקאָדע
ביינדינג סיקוואַנס פון פּאַרטיייש לייענען 1 סיקוואַנסינג אָנפאַנגער
אַדוואַנטאַגעס
איין-קערן רנאַ סיקוואַנסינג סערקאַמווענט די לימיטיישאַנז פון איין-צעל רנאַ סיקוואַנסינג, וואָס אַלאַוז:
● די נוצן פון פאַרפרוירן סאַמפּאַלז און ניט בלויז לימיטעד צו פריש סאַמפּאַלז
● נידעריק דרוק פון פאַרפרוירן סעלז ווען קאַמפּערד מיט ענזימאַטיק באַהאַנדלונג פון פריש סעלז, שפיגלט אין די טראַנסקריפּטאָמע דאַטן אין די פאָרעם פון ווייניקער דרוק-ינדוסט גענעס
● ניט דאַרפֿן פֿאַר פריערדיק באַזייַטיקונג פון רויט בלוט סעלז
● ונלימיטעד צעל דיאַמעטער
● גרויס קייט פון סאַמפּאַלז וואָס זענען בארעכטיגט פֿאַר אַנאַליסיס, אַרייַנגערעכנט קאָמפּלעקס און שוואַך געוועב טייפּס וואָס זענען פּראָנע צו צעל קלאַמפּינג אָדער צעשטערונג בעשאַס געוועב דיססאָסיאַטיאָן
סאַמפּאַלז וואָס קענען ניט זיין אַנאַלייזד דורך איין-צעל רנאַ סיקוואַנסינג און זענען בארעכטיגט פֿאַר איין נוקלייי רנאַ סיקוואַנסינג:
| צעל / געוועב | סיבה |
| ונפרעש פאַרפרוירן געוועב | ניט געקענט באַקומען פריש אָדער לאַנג-געראטעוועט אָרגאַנאַזיישאַנז |
| מוסקל צעל, מעגאַקאַריאָסיטע, פעט ... | צעל דיאַמעטער איז צו גרויס צו אַרייַן די קיילע |
| לעבער... | צו שוואַך צו ברעכן, ניט געקענט צו ויסטיילן איין סעלז |
| נעוראָן צעל, מאַרך ... | מער שפּירעוודיק, גרינג צו דרוק, וועט טוישן די סיקוואַנסינג רעזולטאַטן |
| פּאַנקרעאַס, טיירויד ... | רייַך אין ענדאָגענאָוס ענזימעס, אַפעקטינג די פּראָדוקציע פון איין צעל סאַספּענשאַן |
איין-קערן ווס איין-צעל
| איין-קערן | איין-צעל |
| ונלימיטעד צעל דיאַמעטער | צעל דיאַמעטער: 10-40 μם |
| דער מאַטעריאַל קענען זיין פאַרפרוירן געוועב | דער מאַטעריאַל מוזן זיין פריש געוועב |
| נידעריק דרוק פון פאַרפרוירן סעלז | ענזיים באַהאַנדלונג קען פאַרשאַפן צעל דרוק אָפּרוף |
| קיין רויט בלוט סעלז דאַרפֿן צו זיין אַוועקגענומען | רויט בלוט סעלז דאַרפֿן צו זיין אַוועקגענומען |
| יאָדער יקספּרעסז ביאָאינפֿאָרמאַציע | די גאנצע צעל יקספּרעסאַז ביאָאינפֿאָרמאַציע |
ספּעסאַפאַקיישאַנז
| מוסטער רעקווירעמענץ | ביבליאָטעק | סיקוואַנסינג סטראַטעגיע | דאַטן רעקאַמענדיד | קוואַליטי קאָנטראָל |
| כייַע געוועב ≥ 200 מג פּלאַנט געוועב ≥ 400 מג | 10x Genomics sn cDNA ביבליאָטעק | Illumina PE150 | 100K PE לייענט פּער צעל (100-200 גיגאבייט) | 700-1200 נוקליי / μל און נוקליי אָרנטלעכקייַט באמערקט אונטער מיקראָסקאָפּ |
פֿאַר מער דעטאַילס וועגן מוסטער צוגרייטונג גיידאַנס און סערוויס וואָרקפלאָוו, ביטע פילן פריי צו רעדן צו אַBMKGENE מומחה
סערוויס אַרבעט לויפן
כולל די פאלגענדע אַנאַליסיס:
● קוואַליטי קאָנטראָל: נומער פון סעלז, דזשין דיטעקשאַן, פּינטלעך לעגיטימאַציע פון סעלז, רנאַ מאַלאַקיולז און אויסדרוק קוואַנטאַפאַקיישאַן
● ינער מוסטער אַנאַליסיס:
צעל קלאַסטערינג און קנויל אַנאַטיישאַן
אַנאַליסיס פון דיפערענטשאַל עקספּרעססיאָן: לעגיטימאַציע פון דעגס אין קלאַסטערז
פאַנגקשאַנאַל אַנאָטאַציע און ענריטשמענט פון קנויל דעגס
● ינטער-גרופּע אַנאַליסיס:
קאָמבינאַציע פון דאַטן
אַנאַליסיס פון דיפערענטשאַל עקספּרעססיאָן: לעגיטימאַציע פון דעגס אין גרופּעס
פאַנגקשאַנאַל אַנאָטאַציע און ענריטשמענט פון גרופּע דעגס
● אַוואַנסירטע אַנאַליסיס:
צעל ציקל אַנאַליסיס
פּסעודאָטיים אַנאַליסיס
צעל קאָמוניקאַציע אַנאַליסיס (CellPhoneDB)
גענע סעט ענריטשמענט אַנאַליסיס (GSEA)
ינער-מוסטער אַנאַליסיס
צעל קלאַסטערינג:
דיפערענטשאַל עקספּרעססיאָן אַנאַליסיס: קנויל דעגס
ינטער-גרופּע אַנאַליסיס
דיפפערענטשאַל עקספּרעססיאָן אַנאַליסיס: גרופע דעגס
אַוואַנסירטע אַנאַליסיס:
פּסעודאָטיים אַנאַליסיס:
צעל ציקל אַנאַליסיס:
ויספאָרשן די אַדוואַנטידזשיז פאַסילאַטייטיד דורך BMKGene ס איין-קערן רנאַ סיקוואַנסינג באַדינונגס דורך 10X Chromium אין די פיטשערד אויסגאבעס:
וואַנג, ל עט על. (2021) "איין-צעל טראַנסקריפּטאָמיק אַנאַליסיס ריווילז די ימיון לאַנדשאַפט פון לונג אין סטערויד-קעגנשטעליק אַזמאַ יגזאַסערביישאַן",פאַרהאַנדלונג פון די נאַשאַנאַל אַקאַדעמי פון ססיענסעס פון די פאַרייניקטע שטאַטן פון אַמעריקע, 118 (2), פּ. e2005590118. דאָי: 10.1073/פּנאַס.2005590118
זשענג, ה. עט על. (2022) 'א גלאבאלע רעגולאַטאָרי נעטוואָרק פֿאַר דיסרעגיאַלייטיד דזשין עקספּרעססיאָן און אַבנאָרמאַל מעטאַבאַליק סיגנאַלינג אין ימיון סעלז אין די מיקראָענוויראָנמענט פון גראַוועס' קרענק און האַשימאָטאָ ס טיירוידיטיס,פראַנטירס אין יממונאָלאָגי, 13 , ז . 879824. דאָי: 10.3389/פיממו.2022.879824/ביבטעקס.
טיאַן, ה. עט על. (2023) "איין-צעל טראַנסקריפּטאָמע אַנטדעקן העטעראַדזשיניאַטי און ימיון רעספּאָנסעס פון לעוקאָסיטעס נאָך וואַקסאַניישאַן מיט ינאַקטיווייטיד עדוואַרדסיעללאַ טאַרדאַ אין פלאַנדז (Paralichthys olivaceus)",אַקוואַקאַלטשער, 566 , ז . 739238. דאָי: 10.1016/דזש.אַקוואַקולטורע.2023.739238.
יו, י. עט על. (2023) 'פאָטאָדינאַמיק טעראַפּיע ימפּרוווז די אַוטקאַם פון ימיון טשעקפּוינט ינכיבאַטערז דורך רימאַדלינג אַנטי-טומאָר ימיונאַטי אין פּאַטיענץ מיט גאַסטריק ראַק',גאַסטריק ראַק, 26 (5), זז 798-813. דאָי: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.
