רידוסט פאַרטרעטונג ביסולפיטע סיקוואַנסינג (RRBS)
רידוסט רעפּרעסענטאַטיאָן ביסולפיטע סיקוואַנסינג (RRBS) איז ימערדזשד ווי אַ פּרייַז-עפעקטיוו און עפעקטיוו אנדער ברירה צו גאַנץ גענאָמע ביסולפיטע סיקוואַנסינג (WGBS) אין דנאַ מעטהילאַטיאָן פאָרשונג. בשעת WGBS גיט פולשטענדיק ינסייץ דורך ונטערזוכן די גאנצע גענאָמע אין איין באַזע האַכלאָטע, די הויך פּרייַז קענען זיין אַ לימאַטינג פאַקטאָר. RRBS סטראַטידזשיקלי מיטאַגייץ דעם אַרויסרופן דורך סאַלעקטיוולי אַנאַלייזינג אַ רעפּריזענאַטיוו טייל פון די גענאָמע. די מעטאַדאַלאַדזשי רילייז אויף די ענריטשמענט פון קפּג אינזל-רייַך מקומות דורך MspI קלעאַוואַגע נאכגעגאנגען דורך גרייס סעלעקציע פון 200-500/600 בפּס פראַגמאַנץ. דעריבער, בלויז מקומות פּראַקסימאַל צו קפּג אינזלען זענען סיקוואַנס, בשעת יענע מיט ווייַט קפּג אינזלען זענען יקסקלודיד פון די אַנאַליסיס. דער פּראָצעס, קאַמביינד מיט ביסולפיטע סיקוואַנסינג, אַלאַוז דיטעקשאַן פון דנאַ מעטהילאַטיאָן מיט הויך האַכלאָטע, און די סיקוואַנסינג צוגאַנג, PE150, פאָוקיסיז ספּאַסיפיקלי אויף די ענדס פון די ינסערץ אלא ווי די מיטל, ינקריסינג די עפעקטיווקייַט פון מעטהילאַטיאָן פּראָפילינג. די RRBS איז אַן ינוואַליאַבאַל געצייַג וואָס ינייבאַלז קאָס-עפעקטיוו דנאַ מעטהילאַטיאָן פאָרשונג און אַדוואַנסאַז וויסן פון עפּיגענעטיק מעקאַניזאַמז.
סערוויס פֿעיִקייטן
● ריקוויירז אַ רעפֿערענץ גענאָמע.
● Lambda DNA איז געניצט צו מאָניטאָר ביסולפיטע קאַנווערזשאַן עפעקטיווקייַט.
● MspI דיידזשעסטשאַן עפעקטיווקייַט איז אויך מאָניטאָרעד.
● טאָפּל ענזיים דיידזשעסטשאַן פֿאַר פאַבריק סאַמפּאַלז.
● סיקוואַנסינג אויף Illumina NovaSeq.
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
●פּרייַז-עפעקטיוו און עפעקטיוו אַלטערנאַטיווע צו WGBS: אַלאַוינג די אַנאַליסיס צו זיין דורכגעקאָכט מיט אַ נידעריקער פּרייַז און מיט נידעריקער מוסטער רעקווירעמענץ.
●גאַנץ פּלאַטפאָרמע:צושטעלן איין-האַלטן ויסגעצייכנט דינסט פון מוסטער פּראַסעסינג, ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן און סיקוואַנסינג צו ביאָינפאָרמאַטיקס אַנאַליסיס.
●ברייט עקספּערטיז: מיט RRBS סיקוואַנסינג פּראַדזשעקס הצלחה דורכגעקאָכט איבער אַ פאַרשיידנקייַט פון מינים, BMKGENE ברענגט איבער אַ יאָרצענדלינג פון דערפאַרונג, אַ העכסט באָקע אַנאַליסיס מאַנשאַפֿט, פולשטענדיק אינהאַלט און ויסגעצייכנט שטיצן פֿאַר נאָך פארקויפונג.
סערוויס ספּעסאַפאַקיישאַנז
| ביבליאָטעק | סיקוואַנסינג סטראַטעגיע | רעקאָממענדעד דאַטן רעזולטאַט | קוואַליטעט קאָנטראָל |
| MspI דיידזשעסטיד און ביסולפיטע באהאנדלט ביבליאָטעק | Illumina PE150 | 8 גיגאבייט | ק30 ≥ 85% ביסולפיטע קאַנווערזשאַן> 99% MspI קאַטינג עפעקטיווקייַט> 95% |
מוסטער רעקווירעמענץ
| קאַנסאַנטריישאַן (נג / μ ל) | גאַנץ סומע (µg) |
| |
| גענאָמיק דנאַ | ≥ 30 | ≥ 1 | לימיטעד דערנידעריקונג אָדער קאַנטאַמאַניישאַן |
סערוויס אַרבעט לויפן
מוסטער עקספּרעס
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
נאָך-פאַרקויף באַדינונגען
כולל די פאלגענדע אַנאַליסיס:
● רוי סיקוואַנסינג קוואַליטעט קאָנטראָל;
● מאַפּינג צו דערמאָנען גענאָמע;
● דיטעקשאַן פון 5מק מעטהילאַטעד באַסעס און מאָטיוו לעגיטימאַציע;
● אַנאַליסיס פון מעטהילאַטיאָן פאַרשפּרייטונג און מוסטער פאַרגלייַך;
● אַנאַליסיס פון דיפערענטשאַלי מעטהילאַטעד רעגיאָנס (דמרס);
● פאַנגקשאַנאַל אַנאָטאַציע פון גענעס פֿאַרבונדן צו DMRs.
קוואַליטעט קאָנטראָל: דיידזשעסטשאַן עפעקטיווקייַט (אין גענאָמע מאַפּינג)
קוואַליטעט קאָנטראָל: ביסולפיטע קאַנווערזשאַן (אין מעטהילאַטיאָן אינפֿאָרמאַציע יקסטראַקשאַן)
מעטהילאַטיאָן מאַפּע: 5mC מעטהילאַטיאָן גענאָמע-ברייט פאַרשפּרייטונג
מוסטער פאַרגלייַך: פּרינסיפּאַל קאָמפּאָנענט אַנאַליסיס
אַנאַליסיס פון דיפערענטשאַלי מעטהילאַטעד רעגיאָנס (DMRs): העאַטמאַפּ
ויספאָרשן די פאָרשונג אַדוואַנטידזשיז פאַסילאַטייטיד דורך BMKGene ס גאַנץ גענאָמע ביסולפיטע סיקוואַנסינג באַדינונגס דורך אַ קוראַטעד זאַמלונג פון אויסגאבעס.
לי, ז עט על. (2022) 'ריפּראָגראַממינג מיט הויך פאַדעלאַטי אין Leydig-ווי סעלז דורך CRISPR אַקטאַוויישאַן און פּאַראַקרין סיבות',PNAS נעקסוס, קסנומקס (קסנומקס). דאָי: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
טיאַן, ה. עט על. (2023) 'גענאָמע-ברייט דנאַ מעטהילאַטיאָן אַנאַליסיס פון גוף זאַץ אין כינעזיש מאָנאָזיגאָטיק צווילינג',אייראפעישער זשורנאַל פון קליניש ויספאָרשונג, 53(11), פּ. e14055. דאָי: 10.1111/ECI.14055.
ווו, י. עט על. (2022) 'דנאַ מעטהילאַטיאָן און טאַליע-צו-לענד פאַרהעלטעניש: אַן עפּיגענאָמע-ברייט פאַרבאַנד לערנען אין כינעזיש מאָנאָזיגאָטיק צווילינג',זשורנאַל פון ענדאָוקרינאַלאַדזשיקאַל ויספאָרשונג, 45 (12), זז 2365-2376. דאָי: 10.1007/S40618-022-01878-4.
