-
סינגלע-נוקליי רנאַ סיקוואַנסינג
די אַנטוויקלונג פון איין-צעל כאַפּן און מנהג ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן טעקניקס, קאַמביינד מיט הויך-טראַפּוט סיקוואַנסינג, האט רעוואַלושאַנייזד דזשין אויסדרוק שטודיום אויף די צעל מדרגה. דער ברייקטרו אַלאַוז דיפּער און מער פולשטענדיק אַנאַליסיס פון קאָמפּלעקס צעל פּאַפּיאַליישאַנז, אָוווערקאַמינג די לימיטיישאַנז פֿאַרבונדן מיט אַוורידזשינג דזשין אויסדרוק איבער אַלע סעלז און פּראַזערווינג די אמת העטעראַדזשיניאַטי אין די פּאַפּיאַליישאַנז. בשעת איין-צעל רנאַ סיקוואַנסינג (scRNA-seq) האט ומלייקנדלעך אַדוואַנטידזשיז, עס ינקאַונטערז טשאַלאַנדזשיז אין זיכער געוועבן ווו די שאַפונג פון אַ איין-צעל סאַספּענשאַן פּראָוועס שווער און ריקווייערז פריש סאַמפּאַלז. ביי BMKGene, מיר אַדרעס דעם כערדאַל דורך פאָרשלאָגן איין-קערן רנאַ סיקוואַנסינג (snRNA-seq) ניצן די מאָדערן 10X Genomics Chromium טעכנאָלאָגיע. דער צוגאַנג בראָדאַנז די ספּעקטרום פון סאַמפּאַלז אַמינאַבאַל צו טראַנסקריפּטאָמע אַנאַליסיס אויף די איין-צעל מדרגה.
די אפגעזונדערטקייט פון נוקליי איז דורכגעקאָכט דורך די ינאַווייטיוו 10X Genomics Chromium שפּאָן, מיט אַן אַכט-קאַנאַל מיקראָפלוידיקס סיסטעם מיט טאָפּל קראָסינגז. אין דעם סיסטעם, געל קרעלן ינקאָרפּערייטינג באַרקאָדעס, אָנפאַנגערס, ענזימעס און אַ איין קערן זענען ענקאַפּסאַלייטיד אין נאַנאָליטער-סייזד ייל טראפנס, פאָרמינג געל קרעלן-אין-עמולסיאָן (געם). נאָך יידלשטיין פאָרמירונג, צעל ליסיס און באַרקאָדע מעלדונג פאַלן אין יעדער יידלשטיין. דערנאָך, mRNA מאַלאַקיולז אַנדערגאָו פאַרקערט טראַנסקריפּציע אין cDNAs, ינקאָרפּערייטינג 10X באַרקאָדעס און יינציק מאָלעקולאַר ידענטיפיערס (UMIS). די cDNAs זענען דערנאָך אונטערטעניק צו סטאַנדאַרט סיקוואַנסינג ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן, פאַסילאַטייטינג אַ געזונט און פולשטענדיק עקספּלעריישאַן פון דזשין אויסדרוק פּראָופיילז אויף די איין-צעל מדרגה.
פּלאַטפאָרמע: 10× Genomics Chromium און Illumina NovaSeq פּלאַטפאָרם
-
10x Genomics Visium ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמע
ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמיקס איז אַ קאַטינג-ברעג טעכנאָלאָגיע וואָס אַלאַוז ריסערטשערז צו פאָרשן דזשין אויסדרוק פּאַטערנז אין געוועבן בשעת פּראַזערווינג זייער ספּיישאַל קאָנטעקסט. איין שטאַרק פּלאַטפאָרמע אין דעם פעלד איז 10 קס Genomics Visium קאַפּאַלד מיט Illumina סיקוואַנסינג. דער פּרינציפּ פון 10X Visium ליגט אויף אַ ספּעשאַלייזד שפּאָן מיט אַ דעזיגנייטיד כאַפּן געגנט ווו געוועב סעקשאַנז זענען געשטעלט. דעם כאַפּן געגנט כּולל באַרקאָדעד ספּאַץ, יעדער קאָראַספּאַנדינג צו אַ יינציק ספּיישאַל אָרט אין די געוועב. די קאַפּטשערד רנאַ מאַלאַקיולז פון די געוועב זענען דעריבער לייבאַלד מיט יינציק מאָלעקולאַר ידענטיפיערס (UMIS) בעשאַס די פאַרקערט טראַנסקריפּציע פּראָצעס. די באַרקאָדעד ספּאַץ און UMIs געבן גענוי ספּיישאַל מאַפּינג און קוואַנטאַפאַקיישאַן פון דזשין אויסדרוק אין אַ איין-צעל האַכלאָטע. די קאָמבינאַציע פון ספּיישאַל באַרקאָדעד סאַמפּאַלז און UMIs ינשורז די אַקיעראַסי און ספּעסיפיסיטי פון די דזשענערייטאַד דאַטן. דורך ניצן די ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמיקס טעכנאָלאָגיע, ריסערטשערז קענען באַקומען אַ דיפּער פארשטאנד פון די ספּיישאַל אָרגאַניזאַציע פון סעלז און די קאָמפּלעקס מאָלעקולאַר ינטעראַקשאַנז וואָס פאַלן אין געוועבן, און פאָרשלאָגן ינוואַליאַבאַל ינסייץ אין די מעקאַניזאַמז אַנדערלייינג בייאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז אין קייפל פעלדער, אַרייַנגערעכנט אָנקאָלאָגי, נעוראָססיענסע, אַנטוויקלונג ביאָלאָגי, ימיונאַלאַדזשי. , און באַטאַניקאַל שטודיום.
פּלאַטפאָרמע: 10X Genomics Visium און Illumina NovaSeq
-
גאַנץ-לענג מרנאַ סיקוואַנסינג-נאַנאָפּאָרע
בשעת NGS-באזירט mRNA סיקוואַנסינג איז אַ ווערסאַטאַל געצייַג פֿאַר קוואַנטיפייינג דזשין אויסדרוק, זיין צוטרוי אויף קורץ לייענען ריסטריקץ זייַן עפיקאַסי אין קאָמפּלעקס טראַנסקריפּטאָמיק אַנאַליזעס. אויף די אנדערע האַנט, נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג ימפּלויז לאַנג-לייענען טעכנאָלאָגיע, וואָס אַלאַוז די סיקוואַנסינג פון פול-לענג מרנאַ טראַנסקריפּץ. דער צוגאַנג פאַסילאַטייץ אַ פולשטענדיק ויספאָרשונג פון אָלטערנאַטיוו ספּלייינג, דזשין פיוזשאַנז, פּאָלי-אַדענילאַטיאָן און די קוואַנטאַפאַקיישאַן פון מרנאַ יסאָפאָרמס.
נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג, אַ מעטאָד וואָס רילייז אויף פאַקטיש-צייט עלעקטריקאַל סיגנאַלז פון נאַנאָפּאָרע איין מאָלעקולאַר, גיט רעזולטאַטן אין פאַקטיש צייט. גיידיד דורך מאָטאָר פּראָטעינס, טאָפּל-סטראַנדיד דנאַ ביינדז צו נאַנאָפּאָרע פּראָטעינס עמבעדיד אין אַ ביאָפילם, אַנוויינדינג ווען עס פּאַסיז דורך די נאַנאָפּאָרע קאַנאַל אונטער אַ וואָולטידזש חילוק. די אָפּשיידנדיק עלעקטריקאַל סיגנאַלז דזשענערייטאַד דורך פאַרשידענע באַסעס אויף די דנאַ שנירל זענען דיטעקטאַד און קלאַסאַפייד אין פאַקטיש-צייט, פאַסילאַטייטינג פּינטלעך און קעסיידערדיק נוקלעאָטידע סיקוואַנסינג. דער ינאַווייטיוו צוגאַנג מנצח לימיטיישאַנז פון קורץ-לייענען און גיט אַ דינאַמיש פּלאַטפאָרמע פֿאַר ינטראַקאַט גענאָמיק אַנאַליסיס, אַרייַנגערעכנט קאָמפּלעקס טראַנסקריפּטאָמיק שטודיום, מיט באַלדיק רעזולטאַטן.
פּלאַטפאָרמע: Nanopore PromethION 48
-
פול-לענג מרנאַ סיקוואַנסינג -PacBio
בשעת NGS-באזירט mRNA סיקוואַנסינג איז אַ ווערסאַטאַל געצייַג פֿאַר קוואַנטיפייינג דזשין אויסדרוק, זיין צוטרוי אויף קורץ לייענען ריסטריקץ די נוצן אין קאָמפּלעקס טראַנסקריפּטאָמיק אַנאַליזעס. אויף די אנדערע האַנט, PacBio סיקוואַנסינג (Iso-Seq) ימפּלויז לאַנג-לייענען טעכנאָלאָגיע, וואָס אַלאַוז די סיקוואַנסינג פון פול-לענג מרנאַ טראַנסקריפּץ. דער צוגאַנג פאַסילאַטייץ אַ פולשטענדיק ויספאָרשונג פון אָלטערנאַטיוו ספּלייינג, דזשין פיוזשאַנז און פּאָלי-אַדענילאַטיאָן. אָבער, עס זענען אנדערע ברירות פֿאַר דזשין אויסדרוק קוואַנטאַפאַקיישאַן רעכט צו דער הויך סומע פון דאַטן פארלאנגט. PacBio סיקוואַנסינג טעכנאָלאָגיע רילייז אויף איין-מאָלעקול, פאַקטיש-צייט (SMRT) סיקוואַנסינג, פּראַוויידינג אַ בוילעט מייַלע אין קאַפּטשערינג פול-לענג מרנאַ טראַנסקריפּץ. דעם ינאַווייטיוו צוגאַנג ינוואַלווז ניצן נול-מאָדע וואַוועגוידס (ZMWs) און מיקראָפאַבריקייטיד וועלז וואָס געבן די פאַקטיש-צייט אָבסערוואַציע פון DNA פּאָלימעראַסע טעטיקייט בעשאַס סיקוואַנסינג. אין די ZMWs, PacBio ס דנאַ פּאָלימעראַסע סינטאַסייזיז אַ קאַמפּלאַמענטשי שנירל פון דנאַ, דזשענערייטינג לאַנג לייענען וואָס שפּאַן די גאנצע פון מרנאַ טראַנסקריפּץ. PacBio אָפּעראַציע אין סירקולאַר קאָנסענסוס סיקוואַנסינג (CCS) מאָדע ימפּרוווז אַקיעראַסי דורך ריפּיטידלי סיקוואַנסינג דער זעלביקער מאַלאַקיול. די דזשענערייטאַד HiFi לייענען האָבן אַ אַקיעראַסי פאַרגלייַכלעך צו NGS, וואָס קאַנטריביוץ צו אַ פולשטענדיק און פאַרלאָזלעך אַנאַליסיס פון קאָמפּלעקס טראַנסקריפּטאָמיק פֿעיִקייטן.
פּלאַטפאָרמע: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
עוקאַריאָטיק מרנאַ סיקוואַנסינג-NGS
mRNA סיקוואַנסינג, אַ ווערסאַטאַל טעכנאָלאָגיע, ימפּאַוערז די פולשטענדיק פּראָפילינג פון אַלע מרנאַ טראַנסקריפּץ אין סעלז אונטער ספּעציפיש טנאָים. מיט זיין ברייט-ריינדזשינג אַפּלאַקיישאַנז, דעם קאַטינג-ברעג געצייַג אַנוויילד ינטראַקאַט דזשין אויסדרוק פּראָופיילז, דזשין סטראַקטשערז און מאָלעקולאַר מעקאַניזאַמז פֿאַרבונדן מיט דייווערס בייאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז. וויידלי אנגענומען אין פונדאַמענטאַל פאָרשונג, קליניש דיאַגנאָסטיקס און מעדיצין אַנטוויקלונג, mRNA סיקוואַנסינג אָפפערס ינסייץ אין די ינטראַקאַסיז פון סעליאַלער דינאַמיק און גענעטיק רעגולירן, ספּאַרקינג נייַגעריקייַט וועגן זייַן פּאָטענציעל אין פאַרשידן פעלדער.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
ניט-רעפערענץ באזירט mRNA סיקוואַנסינג-NGS
mRNA סיקוואַנסינג ימפּאַוערז די פולשטענדיק פּראָפילינג פון אַלע מרנאַ טראַנסקריפּץ אין סעלז אונטער ספּעציפיש טנאָים. די קאַטינג-ברעג טעכנאָלאָגיע סערוועס ווי אַ שטאַרק געצייַג, אַנוויילד ינטראַקאַט דזשין אויסדרוק פּראָופיילז, דזשין סטראַקטשערז און מאָלעקולאַר מעקאַניזאַמז פֿאַרבונדן מיט דייווערס בייאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז. וויידלי אנגענומען אין פונדאַמענטאַל פאָרשונג, קליניש דיאַגנאָסטיקס און מעדיצין אַנטוויקלונג, mRNA סיקוואַנסינג אָפפערס ינסייץ אין די ינטראַקאַסיז פון סעליאַלער דינאַמיק און גענעטיק רעגולירן.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
לאנג נאָן-קאָדינג סיקוואַנסינג-יללומינאַ
לאנג ניט-קאָדינג רנאַ (לנקרנאַ) זענען מער ווי 200 נוקלעאָטידעס וואָס פאַרמאָגן מינימאַל קאָודינג פּאָטענציעל און זענען פּיוואַטאַל עלעמענטן אין ניט-קאָדינג רנאַ. געפֿונען אין די קערן און סיטאָפּלאַסם, די רנאַ שפּילן קריטיש ראָלעס אין עפּיגענעטיק, טראַנסקריפּטיאָנאַל און פּאָסט-טראַנסקריפּשאַנאַל רעגולירן, וואָס אַנדערקאָרינג זייער באַטייַט אין די פאָרעם פון סעליאַלער און מאָלעקולאַר פּראַסעסאַז. LncRNA סיקוואַנסינג איז אַ שטאַרק געצייַג אין צעל דיפערענשייישאַן, אָנטאָגענעסיס און מענטשלעך חולאתן.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq
-
קליין רנאַ סיקוואַנסינג-ילומינאַ
קליין רנאַ (סרנאַ) מאַלאַקיולז, אַרייַננעמען מיקראָרנאַס (מירנאַס), קליין ינטערפירינג רנאַ (סירנאַס), און פּיווי-ינטעראַקטינג רנאַ (פּירנאַס). צווישן די, מירנאַס, אַרום 18-25 נוקלעאָטידעס לאַנג, זענען דער הויפּט נאָוטווערדי פֿאַר זייער פּיוואַטאַל רעגולאַטאָרי ראָלעס אין פאַרשידן סעליאַלער פּראַסעסאַז. מיט געוועב-ספּעציפיש און בינע-ספּעציפיש אויסדרוק פּאַטערנז, מירנאַס ויסשטעלונג הויך קאַנסערוויישאַן צווישן פאַרשידענע מינים.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq
-
סירקרנאַ סיקוואַנסינג-ילומינאַ
סירקולאַר רנאַ סיקוואַנסינג (סירקרנאַ-סעק) איז צו פּראָפיל און אַנאַלייז קייַלעכיק רנאַ, אַ קלאַס פון רנאַ מאַלאַקיולז וואָס פאָרעם פֿאַרמאַכט לופּס רעכט צו ניט-קאַנאַנאַקאַל ספּלייינג געשעענישן, פּראַוויידינג דעם רנאַ מיט געוואקסן פעסטקייַט. בשעת עטלעכע סיררנאַס האָבן שוין געוויזן צו שפּילן ווי מיקראָרנאַ ספּאַנדזשאַז, סיקוועסטערינג מיקראָרנאַס און פּרעווענטינג זיי פון רעגיאַלייטינג זייער ציל מרנאַס, אנדערע סיררנאַס קען ינטעראַקט מיט פּראָטעינס, מאָדולירן דזשין אויסדרוק אָדער האָבן ראָלעס אין סעליאַלער פּראַסעסאַז. circRNA אויסדרוק אַנאַליסיס גיט ינסייץ אין די רעגולאַטאָרי ראָלעס פון די מאַלאַקיולז און זייער באַטייַט אין פאַרשידן סעליאַלער פּראַסעסאַז, אַנטוויקלונג סטאַגעס און קרענק טנאָים, קאַנטריביוטינג צו אַ דיפּער פארשטאנד פון די קאַמפּלעקסיטי פון רנאַ רעגולירן אין דעם קאָנטעקסט פון דזשין אויסדרוק.
-
גאַנץ טראַנסקריפּטאָמע סיקוואַנסינג - Illumina
גאַנץ טראַנסקריפּטאָמע סיקוואַנסינג אָפפערס אַ פולשטענדיק צוגאַנג צו פּראָפילינג דייווערס רנאַ מאַלאַקיולז, ענקאַמפּאַסינג קאָודינג (מרנאַ) און ניט-קאָדינג רנאַ (לנקרנאַ, סירקנאַ און מירנאַ). די טעכניק קאַפּטשערז די גאנצע טראַנסקריפּטאָמע פון ספּעציפיש סעלז אין אַ געגעבן מאָמענט, אַלאַוינג אַ האָליסטיק פארשטאנד פון סעליאַלער פּראַסעסאַז. אויך באקאנט ווי "גאַנץ רנאַ סיקוואַנסינג," עס יימז צו אַנוויילד ינטראַקאַט רעגולאַטאָרי נעטוואָרקס אויף די טראַנסקריפּטאָמע מדרגה, וואָס ינייבאַלז טיף אַנאַליסיס אַזאַ ווי קאַמפּיטינג ענדאָגענאָוס רנאַ (סערנאַ) און שלאָס רנאַ אַנאַליסיס. דאָס איז דער ערשט שריט צו פאַנגקשאַנאַל קעראַקטעריסטיקס, ספּעציעל אין אַנראַוואַלינג די רעגולאַטאָרי נעטוואָרקס ינוואַלווינג סערנאַ-מירנאַ-מרנאַ-באזירט סערנאַ ינטעראַקשאַנז.
