-
BMKMANU S3000_ספּיטאַל טראַנסקריפּטאָמע
ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמיקס שטייט אין די פאָרפראַנט פון וויסנשאפטלעכע כידעש, ימפּאַוערינג ריסערטשערז צו דעלוו אין ינטראַקאַט דזשין אויסדרוק פּאַטערנז אין געוועבן בשעת פּראַזערווינג זייער ספּיישאַל קאָנטעקסט. צווישן פאַרשידן פּלאַטפאָרמס, BMKGene האט דעוועלאָפּעד די BMKManu S3000 ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמע טשיפּ, מיט אַ ענכאַנסט האַכלאָטע פון 3.5 μm, ריטשינג די סובסעללולאַר קייט, און געבן מאַלטי-מדרגה האַכלאָטע סעטטינגס. די S3000 שפּאָן, מיט בעערעך 4 מיליאָן ספּאַץ, ניצט מיקראָוועללס לייערד מיט קרעלן לאָודיד מיט ספּיישאַלי באַרקאָדעד כאַפּן פּראָבעס. א cDNA ביבליאָטעק, ענריטשט מיט ספּיישאַל באַרקאָדעס, איז צוגעגרייט פון די S3000 שפּאָן און דערנאָך סיקוואַנסעד אויף די Illumina NovaSeq פּלאַטפאָרמע. די קאָמבינאַציע פון ספּיישאַל באַרקאָדעד סאַמפּאַלז און UMIs ינשורז די אַקיעראַסי און ספּעסיפיסיטי פון די דזשענערייטאַד דאַטן. די BMKManu S3000 שפּאָן איז גאָר ווערסאַטאַל, און אָפפערס מאַלטי-מדרגה האַכלאָטע סעטטינגס וואָס קענען זיין פיינלי טונד צו פאַרשידענע געוועבן און די געוואלט דעטאַל לעוועלס. די אַדאַפּטאַבילאַטי פּאָזיז די שפּאָן ווי אַ בוילעט ברירה פֿאַר דייווערס ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמיקס שטודיום, ינשורינג גענוי ספּיישאַל קלאַסטערינג מיט מינימאַל ראַש. די נוצן פון צעל סעגמענטאַטיאָן טעכנאָלאָגיע מיט BMKManu S3000 ינייבאַלז די דעלימיטיישאַן פון טראַנסקריפּציע דאַטן צו די באַונדריז פון סעלז, ריזאַלטינג אין אַן אַנאַליסיס וואָס האט אַ דירעקט בייאַלאַדזשיקאַל טייַטש. דערצו, די ימפּרוווד האַכלאָטע פון S3000 רעזולטאַטן אין אַ העכער נומער פון גענעס און UMIs דיטעקטאַד פּער צעל, וואָס אַלאַוז אַ פיל מער פּינטלעך אַנאַליסיס פון ספּיישאַל טראַנסקריפּציע פּאַטערנז און קלאַסטערינג פון סעלז.
-
סינגלע-נוקליי רנאַ סיקוואַנסינג
די אַנטוויקלונג פון איין-צעל כאַפּן און מנהג ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן טעקניקס, קאַמביינד מיט הויך-טראַפּוט סיקוואַנסינג, האט רעוואַלושאַנייזד דזשין אויסדרוק שטודיום אויף די צעל מדרגה. דער ברייקטרו אַלאַוז דיפּער און מער פולשטענדיק אַנאַליסיס פון קאָמפּלעקס צעל פּאַפּיאַליישאַנז, אָוווערקאַמינג די לימיטיישאַנז פֿאַרבונדן מיט אַוורידזשינג דזשין אויסדרוק איבער אַלע סעלז און פּראַזערווינג די אמת העטעראַדזשיניאַטי אין די פּאַפּיאַליישאַנז. בשעת איין-צעל רנאַ סיקוואַנסינג (scRNA-seq) האט ומלייקנדלעך אַדוואַנטידזשיז, עס ינקאַונטערז טשאַלאַנדזשיז אין זיכער געוועבן ווו די שאַפונג פון אַ איין-צעל סאַספּענשאַן פּראָוועס שווער און ריקווייערז פריש סאַמפּאַלז. ביי BMKGene, מיר אַדרעס דעם כערדאַל דורך פאָרשלאָגן איין-קערן רנאַ סיקוואַנסינג (snRNA-seq) ניצן די מאָדערן 10X Genomics Chromium טעכנאָלאָגיע. דער צוגאַנג בראָדאַנז די ספּעקטרום פון סאַמפּאַלז אַמינאַבאַל צו טראַנסקריפּטאָמע אַנאַליסיס אויף די איין-צעל מדרגה.
די אפגעזונדערטקייט פון נוקליי איז דורכגעקאָכט דורך די ינאַווייטיוו 10X Genomics Chromium שפּאָן, מיט אַן אַכט-קאַנאַל מיקראָפלוידיקס סיסטעם מיט טאָפּל קראָסינגז. אין דעם סיסטעם, געל קרעלן ינקאָרפּערייטינג באַרקאָדעס, אָנפאַנגערס, ענזימעס און אַ איין קערן זענען ענקאַפּסאַלייטיד אין נאַנאָליטער-סייזד ייל טראפנס, פאָרמינג געל קרעלן-אין-עמולסיאָן (געם). נאָך יידלשטיין פאָרמירונג, צעל ליסיס און באַרקאָדע מעלדונג פאַלן אין יעדער יידלשטיין. דערנאָך, mRNA מאַלאַקיולז אַנדערגאָו פאַרקערט טראַנסקריפּציע אין cDNAs, ינקאָרפּערייטינג 10X באַרקאָדעס און יינציק מאָלעקולאַר ידענטיפיערס (UMIS). די cDNAs זענען דערנאָך אונטערטעניק צו סטאַנדאַרט סיקוואַנסינג ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן, פאַסילאַטייטינג אַ געזונט און פולשטענדיק עקספּלעריישאַן פון דזשין אויסדרוק פּראָופיילז אויף די איין-צעל מדרגה.
פּלאַטפאָרמע: 10× Genomics Chromium און Illumina NovaSeq פּלאַטפאָרם
-
10x Genomics Visium ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמע
ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמיקס איז אַ קאַטינג-ברעג טעכנאָלאָגיע וואָס אַלאַוז ריסערטשערז צו פאָרשן דזשין אויסדרוק פּאַטערנז אין געוועבן בשעת פּראַזערווינג זייער ספּיישאַל קאָנטעקסט. איין שטאַרק פּלאַטפאָרמע אין דעם פעלד איז 10 קס Genomics Visium קאַפּאַלד מיט Illumina סיקוואַנסינג. דער פּרינציפּ פון 10X Visium ליגט אויף אַ ספּעשאַלייזד שפּאָן מיט אַ דעזיגנייטיד כאַפּן געגנט ווו געוועב סעקשאַנז זענען געשטעלט. דעם כאַפּן געגנט כּולל באַרקאָדעד ספּאַץ, יעדער קאָראַספּאַנדינג צו אַ יינציק ספּיישאַל אָרט אין די געוועב. די קאַפּטשערד רנאַ מאַלאַקיולז פון די געוועב זענען דעריבער לייבאַלד מיט יינציק מאָלעקולאַר ידענטיפיערס (UMIS) בעשאַס די פאַרקערט טראַנסקריפּציע פּראָצעס. די באַרקאָדעד ספּאַץ און UMIs געבן גענוי ספּיישאַל מאַפּינג און קוואַנטאַפאַקיישאַן פון דזשין אויסדרוק אין אַ איין-צעל האַכלאָטע. די קאָמבינאַציע פון ספּיישאַל באַרקאָדעד סאַמפּאַלז און UMIs ינשורז די אַקיעראַסי און ספּעסיפיסיטי פון די דזשענערייטאַד דאַטן. דורך ניצן די ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמיקס טעכנאָלאָגיע, ריסערטשערז קענען באַקומען אַ דיפּער פארשטאנד פון די ספּיישאַל אָרגאַניזאַציע פון סעלז און די קאָמפּלעקס מאָלעקולאַר ינטעראַקשאַנז וואָס פאַלן אין געוועבן, און פאָרשלאָגן ינוואַליאַבאַל ינסייץ אין די מעקאַניזאַמז אַנדערלייינג בייאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז אין קייפל פעלדער, אַרייַנגערעכנט אָנקאָלאָגי, נעוראָססיענסע, אַנטוויקלונג ביאָלאָגי, ימיונאַלאַדזשי. , און באַטאַניקאַל שטודיום.
פּלאַטפאָרמע: 10X Genomics Visium און Illumina NovaSeq
