-
מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג -NGS
א מעטאַגענאָם איז אַ זאַמלונג פון די גאַנץ גענעטיק מאַטעריאַל פון אַ געמישט קהל פון אָרגאַניזאַמז, אַזאַ ווי ינווייראַנמענאַל און מענטש מעטאַגענאָמעס. עס כּולל גענאָמעס פון ביידע קאַלטיווייטיד און אַנקאַלטיוואַבאַל מייקראָואָרגאַניזאַמז. שאַטגאַן מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג מיט NGS ינייבאַלז די לערנען פון די ינטראַקאַט גענאָמיק לאַנדסקייפּס עמבעדיד אין ינווייראַנמענאַל סאַמפּאַלז דורך צושטעלן מער ווי טאַקסאָנאָמיק פּראָפילינג, געבן אויך גראַניאַלער ינסייץ אין מינים דייווערסיטי, זעט דינאַמיק און קאָמפּלעקס באַפעלקערונג סטראַקטשערז. ווייַטער פון טאַקסאָנאָמיק שטודיום, שאַטגאַן מעטאַגענאָמיקס אויך אָפפערס אַ פאַנגקשאַנאַל גענאָמיקס פּערספּעקטיוו, וואָס אַלאַוז די ויספאָרשונג פון ענקאָודיד גענעס און זייער פּאָטאַטיוו ראָלעס אין עקאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז. צום סוף, די פאַרלייגן פון קאָראַליישאַן נעטוואָרקס צווישן גענעטיק עלעמענטן און ינווייראַנמענאַל סיבות קאַנטריביוץ צו אַ האָליסטיק פארשטאנד פון די ינטראַקאַט ינטערפּליי צווישן מייקראָוביאַל קהילות און זייער עקאַלאַדזשיקאַל הינטערגרונט. אין מסקנא, מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג שטייט ווי אַ פּיוואַטאַל קיילע פֿאַר אַנראַוואַלינג די גענאָמיק ינטראַקאַסיז פון דייווערס מייקראָוביאַל קהילות, ילומאַנייטינג די מאַלטיפאַסאַטיד באציונגען צווישן דזשאַנעטיקס און יקאַלאַדזשי אין די קאָמפּלעקס יקאָוסיסטאַמז.
פּלאַטפאָרמס: Illumina NovaSeq און DNBSEQ-T7
-
מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג-TGS
א מעטאַגענאָם איז אַ זאַמלונג פון די גענעטיק מאַטעריאַל פון אַ געמישט קהל פון אָרגאַניזאַמז, אַזאַ ווי ינווייראַנמענאַל און מענטש מעטאַגענאָמעס. עס כּולל גענאָמעס פון ביידע קאַלטיווייטיד און אַנקאַלטיוואַבאַל מייקראָואָרגאַניזאַמז. מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג ינייבאַלז די לערנען פון די ינטראַקאַט גענאָמיק לאַנדסקייפּס עמבעדיד אין עקאַלאַדזשיקאַל סאַמפּאַלז דורך פּראַוויידינג מער ווי טאַקסאָנאָמיק פּראָפילינג. עס אויך אָפפערס אַ פאַנגקשאַנאַל גענאָמיקס פּערספּעקטיוו דורך ויספאָרשן די ענקאָודיד גענעס און זייער פּאַטאַטיוו ראָלעס אין ינווייראַנמענאַל פּראַסעסאַז. בשעת טראדיציאנעלן שאַטגאַן אַפּראָוטשיז מיט Illumina סיקוואַנסינג האָבן שוין וויידלי געניצט אין מעטאַגענאָמיק שטודיום, די אַדווענט פון נאַנאָפּאָרע און PacBio לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג האָבן געביטן דעם פעלד. נאַנאָפּאָרע און PacBio טעכנאָלאָגיע פאַרבעסערן דאַונסטרים ביאָינפאָרמאַטיק אַנאַליזעס, נאָוטאַבלי מעטאַגענאָמע פֿאַרזאַמלונג, ינשורינג מער קעסיידערדיק אַסעמבליז. ריפּאָרץ אָנווייַזן אַז Nanopore-באזירט און PacBio-באזירט מעטאַגענאָמיקס האָבן הצלחה דזשענערייטאַד גאַנץ און פארמאכט באַקטיריאַל גענאָמעס פֿון קאָמפּלעקס מיקראָביאָמעס (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). ינטאַגרייטינג נאַנאָפּאָרע לייענען מיט Illumina לייענט גיט אַ סטראַטידזשיק צוגאַנג פֿאַר טעות קערעקשאַן, מיטאַגייטינג די טאָכיק נידעריק אַקיעראַסי פון Nanopore. די סינערדזשיסטיק קאָמבינאַציע לעוועראַדזשאַז די סטרענגקטס פון יעדער סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמע, און אָפפערס אַ געזונט לייזונג צו באַקומען פּאָטענציעל לימיטיישאַנז און העכערן די פּינטלעכקייַט און רילייאַבילאַטי פון מעטאַגענאָמיק אַנאַליזעס.
פּלאַטפאָרמע: Nanopore PromethION 48, Illumia און PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
די 16S און 18S rRNA גענעס, צוזאַמען מיט די ינערלעך טראַנסקריבעד ספּייסער (ITS) געגנט, דינען ווי פּיוואַטאַל מאָלעקולאַר פינגגערפּרינט מאַרקערס רעכט צו זייער קאָמבינאַציע פון העכסט קאַנסערווד און כייפּער-בייַטעוודיק מקומות, מאכן זיי ינוואַליאַבאַל מכשירים פֿאַר קעראַקטערייזינג פּראָקאַריאָטיק און עוקאַריאָטיק אָרגאַניזאַמז. אַמפּלאַפאַקיישאַן און סיקוואַנסינג פון די מקומות פאָרשלאָגן אַן אפגעזונדערטקייט-פריי צוגאַנג צו ויספאָרשן די מייקראָוביאַל זאַץ און דייווערסיטי אין פאַרשידן יקאָוסיסטאַמז. כאָטש Illumina סיקוואַנסינג טיפּיקלי טאַרגאַץ קורץ כייפּערוואַריאַבלע מקומות ווי V3-V4 פון 16S און ITS1, עס איז דעמאַנסטרייטיד אַז העכער טאַקסאָנאָמיק אַנאָטיישאַן איז אַטשיוואַבאַל דורך סיקוואַנסינג די פול לענג פון 16S, 18S און ITS. דער פולשטענדיק צוגאַנג רעזולטאטן אין העכער פּערסענטידזשיז פון אַקיעראַטלי קלאַסאַפייד סיקוואַנסיז, אַטשיווינג אַ האַכלאָטע מדרגה וואָס יקסטענדז צו מינים לעגיטימאַציע. PacBio ס סינגלע-מאָלעקולע רעאַל-צייט (SMRT) סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמע שטייט אויס דורך פּראַוויידינג העכסט פּינטלעך לאַנג רידינגז (HiFi) וואָס דעקן די פול-לענג אַמפּליקאַנז, רייוואַלינג די פּינטלעכקייַט פון Illumina סיקוואַנסינג. די פיייקייט אַלאַוז ריסערטשערז צו דערגרייכן אַן גלייבן מייַלע - אַ פּאַנאָראַמיק מיינונג פון די גענעטיק לאַנדשאַפט. די עקסטענדעד קאַווערידזש ינקריסיז באטייטיק די האַכלאָטע אין מינים אַנאַטיישאַנז, ספּעציעל אין באַקטיריאַל אָדער פונגאַל קהילות, וואָס אַלאַוז אַ דיפּער פארשטאנד פון די ינטראַקאַסיז פון מייקראָוביאַל פּאַפּיאַליישאַנז.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
אַמפּליקאָן סיקוואַנסינג מיט Illumina טעכנאָלאָגיע, ספּאַסיפיקלי טאַרגאַטינג די 16S, 18S און ITS גענעטיק מאַרקערס, איז אַ שטאַרק אופֿן פֿאַר אַנראַוואַלינג די פילאָגעניי, טאַקסאָנאָמיע און מינים זעט אין מייקראָוביאַל קהילות. דעם צוגאַנג ינוואַלווז סיקוואַנסינג די כייפּערוואַריאַבלע מקומות פון כאַוסקיפּינג גענעטיק מאַרקערס. ערידזשנאַלי באַקענענ ווי אַ מאָלעקולאַר פינגערפּרינט דורךוואָעסעס עט עלאין 1977, דעם טעכניק האט רעוואַלושאַנייזד מיקראָביאָמע פּראָפילינג דורך געבן אפגעזונדערטקייט-פריי אַנאַליזעס. דורך די סיקוואַנסינג פון 16S (באַקטיריאַ), 18S (פונגי), און אינערלעכער טראַנסקריבעד ספּייסער (ITS, פאַנדזשיי), ריסערטשערז קענען ידענטיפיצירן ניט בלויז שעפעדיק מינים אָבער אויך זעלטן און אַניידענטאַפייד אָנעס. וויידלי אנגענומען ווי אַ פּיוואַטאַל געצייַג, אַמפּליקאָן סיקוואַנסינג איז געווארן ינסטרומענטאַל אין דיסערנינג דיפערענטשאַל מייקראָוביאַל חיבורים אין פאַרשידן ינווייראַנמאַנץ, אַרייַנגערעכנט די מענטש מויל, געדערעם, בענקל, און ווייַטער.
-
רי-סיקוואַנסינג פון באַקטיריאַל און פונגאַל גאַנץ גענאָמע
סיקוואַנסינג פּראַדזשעקס פון באַקטיריאַל און פונגאַל גאַנץ דזשינאָום זענען פּיוואַטאַל פֿאַר פּראַסעסינג מייקראָוביאַל גענאָמיקס דורך געבן די קאַמפּלישאַן און פאַרגלייַך פון מיקראָביאַל גענאָמעס. דאָס פאַסילאַטייץ פערמאַנטיישאַן ינזשעניעריע, די אַפּטאַמאַזיישאַן פון ינדאַסטריאַל פּראַסעסאַז און די ויספאָרשונג פון צווייטיק מאַטאַבאַליזאַם פּאַטווייז. דערצו, פונגאַל און באַקטיריאַל שייַעך-סיקוואַנסינג איז קריטיש פֿאַר פארשטאנד ינווייראַנמענאַל אַדאַפּטיישאַן, אָפּטימיזינג סטריינז און ריווילינג גענעטיק עוואָלוציע דינאַמיק, מיט ברייט ימפּלאַקיישאַנז אין מעדיצין, אַגריקולטורע און ינווייראַנמענאַל וויסנשאַפֿט.
-
פּראָקאַריאָטיק רנאַ סיקוואַנסינג
רנאַ סיקוואַנסינג ימפּאַוערז די פולשטענדיק פּראָפילינג פון אַלע רנאַ טראַנסקריפּץ אין סעלז אונטער ספּעציפיש טנאָים. די קאַטינג-ברעג טעכנאָלאָגיע סערוועס ווי אַ שטאַרק געצייַג, אַנוויילד ינטראַקאַט דזשין אויסדרוק פּראָופיילז, דזשין סטראַקטשערז און מאָלעקולאַר מעקאַניזאַמז פֿאַרבונדן מיט דייווערס בייאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז. וויידלי אנגענומען אין פונדאַמענטאַל פאָרשונג, קליניש דיאַגנאָסטיקס און מעדיצין אַנטוויקלונג, רנאַ סיקוואַנסינג אָפפערס ינסייץ אין די ינטראַקאַסיז פון סעליאַלער דינאַמיק און גענעטיק רעגולירן. אונדזער פּראָקאַריאָטיק רנאַ מוסטער פּראַסעסינג איז טיילערד פֿאַר פּראָקאַריאָטיק טראַנסקריפּטאָמעס, אַרייַנגערעכנט rRNA דיפּלישאַן און דירעקטעד ביבליאָטעק צוגרייטונג.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq
-
מעטאַטראַנסקריפּטאָם סיקוואַנסינג
BMKGENE ס מעטאַטראַנסקריפּטאָם סיקוואַנסינג דינסט, לעווערידזשינג Illumina סיקוואַנסינג טעכנאָלאָגיע, אַנוויילד די דינאַמיש דזשין אויסדרוק פון אַ דייווערס מענגע פון מייקראָובז, ספּאַנדינג עוקאַריאָטעס צו פּראָקאַריאָטעס און ווירוסעס, אין נאַטירלעך ינווייראַנמאַנץ אַזאַ ווי באָדן, וואַסער, ים, בענקל און די קישקע. אונדזער פולשטענדיק דינסט ימפּאַוערז ריסערטשערז צו דעלוו אין די פולשטענדיק דזשין אויסדרוק פּראָופיילז פון קאָמפּלעקס מייקראָוביאַל קהילות. ווייַטער פון טאַקסאָנאָמיק אַנאַליסיס, אונדזער מעטאַטראַנסקריפּטאָם סיקוואַנסינג דינסט פאַסילאַטייץ ויספאָרשונג אין פאַנגקשאַנאַל ענריטשמענט, אָפּדאַך ליכט אויף דיפערענטשאַלי אויסגעדריקט גענעס און זייער ראָלעס. ופדעקן אַ עשירות פון בייאַלאַדזשיקאַל ינסייץ ווען איר נאַוויגירן די קאָמפּלעקס לאַנדסקייפּס פון דזשין אויסדרוק, טאַקסאָנאָמיק דייווערסיטי און פאַנגקשאַנאַל דינאַמיק אין די דייווערס ינווייראַנמענאַל ניטשיז.
-
די נייַ פונגאַל גענאָמע אַסעמבלי
BMKGENE אָפפערס ווערסאַטאַל סאַלושאַנז פֿאַר פונגאַל גענאָמעס, קייטערינג צו דייווערס פאָרשונג באדערפענישן און דער געוואלט גענאָמע קאַמפּליטנאַס. ניצן קורץ-לייענען Illumina סיקוואַנסינג אַליין אַלאַוז די דור פון אַ פּלאַן גענאָמע. קורץ-לייענען און לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג מיט נאַנאָפּאָרע אָדער פּאַקביאָ זענען קאַמביינד פֿאַר אַ מער ראַפינירט פונגאַל גענאָמע מיט מער קאָנטיגס. דערצו, ינטאַגרייטינג Hi-C סיקוואַנסינג ווייַטער ימפּרוווז די קייפּאַבילאַטיז, אַלאַוינג די דערגרייה פון אַ גאַנץ כראָמאָסאָם-מדרגה גענאָמע.
-
די נייַ באַקטיריאַל גענאָמע אַסעמבלי
מיר צושטעלן אַ פולשטענדיק פֿאַרזאַמלונג דינסט פֿאַר באַקטיריאַל גענאָמע, געראַנטיד 0 גאַפּס. דאָס איז מעגלעך דורך ינטאַגרייטינג לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג טעקנאַלאַדזשיז, אַזאַ ווי Nanopore און PacBio פֿאַר פֿאַרזאַמלונג און קורץ-לייענען סיקוואַנסינג מיט Illumina פֿאַר פֿאַרזאַמלונג וואַלאַדיישאַן און טעות קערעקשאַן פון ONT לייענט. אונדזער סערוויס גיט די פולשטענדיק ביאָינפאָרמאַטיק וואָרקפלאָוו פון פֿאַרזאַמלונג, פאַנגקשאַנאַל אַנאַטיישאַן און אַוואַנסירטע ביאָינפאָרמאַטיק אַנאַליסיס, פולפילינג ספּעציפיש פאָרשונג גאָולז. דער דינסט ינייבאַלז די אַנטוויקלונג פון גענוי רעפֿערענץ גענאָמעס פֿאַר פאַרשידן גענעטיק און גענאָמיק שטודיום. אַדדיטיאָנאַללי, עס פארמען די יקער פֿאַר אַפּלאַקיישאַנז אַזאַ ווי שפּאַנונג אַפּטאַמאַזיישאַן, גענעטיק ינזשעניעריע און אַנטוויקלונג פון מייקראָוביאַל טעכנאָלאָגיע, ינשורינג פאַרלאָזלעך און ריס-פריי גענאָמיק דאַטן קריטיש פֿאַר פּראַסעסינג וויסנשאפטלעכע ינסייץ און ביאָטעטשנאָלאָגיקאַל כידעש.
