-
הי-C באזירט טשראָמאַטין ינטעראַקשאַן
Hi-C איז אַ מעטאָד דיזיינד צו כאַפּן גענאָמיק קאַנפיגיעריישאַן דורך קאַמביינינג פּראָובינג פּראַקסימאַטי-באזירט ינטעראַקשאַנז און הויך-טראַפּוט סיקוואַנסינג. דער אופֿן איז באזירט אויף טשראָמאַטין קראָססלינקינג מיט פאָרמאַלדאַכייד, נאכגעגאנגען דורך דיידזשעסטשאַן און ריליגיישאַן אין אַ וועג אַז בלויז פראַגמאַנץ וואָס זענען קאָוואַלענטלי לינגקט וועט פאָרעם ליגיישאַן פּראָדוקטן. דורך סיקוואַנסינג די ליגיישאַן פּראָדוקטן, עס איז מעגלעך צו לערנען די 3 ד אָרגאַניזאַציע פון די גענאָמע. Hi-C ינייבאַלז לערנען די פאַרשפּרייטונג פון די פּאַרץ פון די גענאָמע וואָס זענען לייטלי פּאַקט (א קאַמפּאַרטמאַנץ, עוטשראָמאַטין) און מער מסתּמא צו זיין טראַנסקריפּשאַנאַל אַקטיוו, און די מקומות וואָס זענען מער טייטלי פּאַקט (ב קאַמפּאַרטמאַנץ, העטעראָטשראָמאַטין). Hi-C קענען אויך זיין גענוצט צו פּינפּוינט טאָפּאָלאָגיקאַללי אַססאָסיאַטעד דאָמאַינס (TADs), רעגיאָנס פון די גענאָמע וואָס האָבן פאָולדיד סטראַקטשערז און זענען מסתּמא צו האָבן ענלעך אויסדרוק פּאַטערנז, און צו ידענטיפיצירן טשראָמאַטין לופּס, דנאַ מקומות וואָס זענען אַנגקערד צוזאַמען דורך פּראָטעינס און וואָס זענען אָפט ענריטשט אין רעגולאַטאָרי עלעמענטן. BMKGene ס Hi-C סיקוואַנסינג דינסט ימפּאַוערז ריסערטשערז צו ויספאָרשן די ספּיישאַל דימענשאַנז פון גענאָמיקס, עפן נייַע אַוואַנוז פֿאַר פארשטאנד גענאָמע רעגולירן און די ימפּלאַקיישאַנז אין געזונט און קרענק.
-
טשראָמאַטין יממונאָפּרעסיפּיטאַטיאָן סיקוואַנסינג (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) איז אַ טעכניק וואָס לעוועראַדזשאַז אַנטיבאָדיעס צו סאַלעקטיוולי באַרייַכערן דנאַ-ביינדינג פּראָטעינס און זייער קאָראַספּאַנדינג גענאָמיקס טאַרגאַץ. זיין ינאַגריישאַן מיט NGS ינייבאַלז די גענאָמע-ברייט פּראָפילינג פון דנאַ טאַרגאַץ פֿאַרבונדן מיט היסטאָנע מאָדיפיקאַטיאָן, טראַנסקריפּציע סיבות און אנדערע דנאַ-ביינדינג פּראָטעינס. דעם דינאַמיש צוגאַנג ינייבאַלז קאַמפּעראַסאַנז פון ביינדינג זייטלעך צווישן דייווערס צעל טייפּס, געוועבן אָדער טנאָים. די אַפּלאַקיישאַנז פון ChIP-Seq שפּאַן פֿון לערנען טראַנסקריפּציע רעגולירן און אַנטוויקלונג פּאַטווייז צו ילוסאַדייטינג קרענק מעקאַניזאַמז, מאכן עס אַ ינדיספּענסאַבאַל געצייַג פֿאַר פארשטאנד פון גענאָמיק רעגולירן לאַנדסקייפּס און אַדוואַנסינג טעראַפּיוטיק ינסייץ.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq
-
גאַנץ גענאָמע ביסולפיטע סיקוואַנסינג (WGBS)
גאַנץ גענאָמע ביסולפיטע סיקוואַנסינג (WGBS) איז די גאָלד-נאָרמאַל מעטאַדאַלאַדזשי פֿאַר טיף עקספּלעריישאַן פון דנאַ מעטהילאַטיאָן, ספּאַסיפיקלי די פינפט שטעלע אין סיטאָסין (5-MC), אַ פּיוואַטאַל רעגולאַטאָר פון דזשין אויסדרוק און סעליאַלער טעטיקייט. דער פּרינציפּ אַנדערלייינג WGBS ינוואַלווז ביסולפיטע באַהאַנדלונג, ינדוסינג די קאַנווערזשאַן פון ונמעטהילאַטעד סיטאָסינעס צו וראַסיל (C צו ו), און לאָזן מעטהילאַטעד סיטאָסינעס אַנטשיינדזשד. די טעכניק אָפפערס איין-באַזע האַכלאָטע, אַלאַוינג ריסערטשערז צו פולשטענדיק ויספאָרשן די מעטהילאָמע און ופדעקן אַבנאָרמאַל מעטהילאַטיאָן פּאַטערנז פֿאַרבונדן מיט פאַרשידן טנאָים, דער הויפּט ראַק. דורך ניצן WGBS, סייאַנטיס קענען באַקומען אַנפּעראַלעלד ינסייץ אין גענאָמע-ברייט מעטהילאַטיאָן לאַנדסקייפּס, פּראַוויידינג אַ נואַנסט פארשטאנד פון די עפּיגענעטיק מעקאַניזאַמז וואָס אַנדערלייינג דייווערס בייאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז און חולאתן.
-
אַססייַ פֿאַר טראַנספּאָסאַסע-אַקסעסאַבאַל טשראָמאַטין מיט הויך טרופּוט סיקוואַנסינג (ATAC-seq)
ATAC-seq איז אַ הויך-טראַפּוט סיקוואַנסינג טעכניק געניצט פֿאַר גענאָמע-ברייט טשראָמאַטין אַקסעסאַביליטי אַנאַליסיס. די נוצן גיט דיפּער פארשטאנד פון די קאָמפּלעקס מעקאַניזאַמז פון גלאבאלע עפּיגענעטיק קאָנטראָל איבער דזשין אויסדרוק. דער אופֿן ניצט אַ כייפּעראַקטיוו Tn5 טראַנספּאָסאַסע צו סיימאַלטייניאַסלי פראַגמענט און פאַרבינדן עפענען טשראָמאַטין מקומות דורך ינסערטינג סיקוואַנסינג אַדאַפּטערז. סאַבסאַקוואַנט פּקר אַמפּלאַפאַקיישאַן רעזולטאטן אין דער שאַפונג פון אַ סיקוואַנסינג ביבליאָטעק, וואָס אַלאַוז די פולשטענדיק לעגיטימאַציע פון עפענען טשראָמאַטין מקומות אונטער ספּעציפיש פּלאַץ-צייט טנאָים. ATAC-seq גיט אַ האָליסטיק מיינונג פון צוטריטלעך טשראָמאַטין לאַנדסקייפּס, ניט ענלעך מעטהאָדס וואָס בלויז פאָקוס אויף טראַנסקריפּציע פאַקטאָר ביינדינג זייטלעך אָדער ספּעציפיש היסטאָנע-מאַדאַפייד מקומות. דורך סיקוואַנסינג די עפענען טשראָמאַטין מקומות, ATAC-seq ריווילז מקומות מער מסתּמא צו אַקטיוו רעגולאַטאָרי סיקוואַנסיז און פּאָטענציעל טראַנסקריפּציע פאַקטאָר ביינדינג זייטלעך, וואָס אָפפערס ווערטפול ינסייץ אין די דינאַמיש מאַדזשאַליישאַן פון דזשין אויסדרוק אַריבער די גענאָמע.
-
רידוסט פאַרטרעטונג ביסולפיטע סיקוואַנסינג (RRBS)
רידוסט רעפּרעסענטאַטיאָן ביסולפיטע סיקוואַנסינג (RRBS) איז ימערדזשד ווי אַ פּרייַז-עפעקטיוו און עפעקטיוו אנדער ברירה צו גאַנץ גענאָמע ביסולפיטע סיקוואַנסינג (WGBS) אין דנאַ מעטהילאַטיאָן פאָרשונג. בשעת WGBS גיט פולשטענדיק ינסייץ דורך ונטערזוכן די גאנצע גענאָמע אין איין באַזע האַכלאָטע, די הויך פּרייַז קענען זיין אַ לימאַטינג פאַקטאָר. RRBS סטראַטידזשיקלי מיטאַגייץ דעם אַרויסרופן דורך סאַלעקטיוולי אַנאַלייזינג אַ רעפּריזענאַטיוו טייל פון די גענאָמע. די מעטאַדאַלאַדזשי רילייז אויף די ענריטשמענט פון קפּג אינזל-רייַך מקומות דורך MspI קלעאַוואַגע נאכגעגאנגען דורך גרייס סעלעקציע פון 200-500/600 בפּס פראַגמאַנץ. דעריבער, בלויז מקומות פּראַקסימאַל צו קפּג אינזלען זענען סיקוואַנס, בשעת יענע מיט ווייַט קפּג אינזלען זענען יקסקלודיד פון די אַנאַליסיס. דער פּראָצעס, קאַמביינד מיט ביסולפיטע סיקוואַנסינג, אַלאַוז דיטעקשאַן פון דנאַ מעטהילאַטיאָן מיט הויך האַכלאָטע, און די סיקוואַנסינג צוגאַנג, PE150, פאָוקיסיז ספּאַסיפיקלי אויף די ענדס פון די ינסערץ אלא ווי די מיטל, ינקריסינג די עפעקטיווקייַט פון מעטהילאַטיאָן פּראָפילינג. די RRBS איז אַן ינוואַליאַבאַל געצייַג וואָס ינייבאַלז קאָס-עפעקטיוו דנאַ מעטהילאַטיאָן פאָרשונג און אַדוואַנסאַז וויסן פון עפּיגענעטיק מעקאַניזאַמז.
