העאַטמאַפּ
די העאַטמאַפּ געצייַג אַקסעפּץ אַ מאַטריץ דאַטן טעקע ווי אַרייַנשרייַב און אַלאַוז ניצערס צו פילטער, נאָרמאַלייז און קנויל דאַטן. די ערשטיק נוצן פאַל פֿאַר העאַטמאַפּס איז קנויל אַנאַליסיס פון דזשין אויסדרוק מדרגה צווישן פאַרשידענע סאַמפּאַלז.
גענע אַנאָטאַטיאָן
די גענע אַנאָטאַטיאָן געצייַג פּערפאָרמז דזשין אַנאָטיישאַן באזירט אויף סיקוואַנס אַליינמאַנט פון אַרייַנשרייַב FASTA טעקעס קעגן פאַרשידן דאַטאַבייסיז.
Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)
די BLAST געצייַג איז אַן BMKCloud ינאַגרייטיד ווערסיע פון NCBI BLAST און קענען זיין געוויינט צו דורכפירן די זעלבע פאַנגקשאַנז ניצן דאַטן ופּלאָאַדעד צו די BMKCloud חשבון.
CDS_UTR פּראָגנאָז
די CDS_UTR פּרעדיקטיאָן געצייַג איז דיזיינד צו פאָרויסזאָגן קאָודינג מקומות (CDS) און ניט-קאָדינג מקומות (UTR) אין געגעבן טראַנסקריפּט סיקוואַנסיז באזירט אויף BLAST רעזולטאַטן קעגן באַוווסט פּראָטעין דאַטאַבייסיז און ORF פּראָגנאָז אַוטקאַמז.
מאַנהאַטטאַן פּלאַנעווען
די מאַנהאַטטאַן פּלאַנעווען געצייַג ינייבאַלז ווייַז פון הויך מוסטער יקספּעראַמאַנץ און איז קאַמאַנלי געניצט אין גענאָמע-ברייט פאַרבאַנד שטודיום (GWAS).
סירקאָס דיאַגראַמע
די CIRCOS Diagram געצייַג גיט עפעקטיוו וויזשוואַלאַזיישאַן פון ווי גענאָמיק פֿעיִקייטן זענען פונאנדערגעטיילט איבער די גענאָמע. פּראָסט פֿעיִקייטן אַרייַננעמען קוואַנטיטאַטיווע לאָקי, סנפּס, ינדעלס, סטראַקטשעראַל און קאָפּיע נומער וועריאַנץ.
גענע אָנטאָלאָגי (GO) ענריטשמענט
די GO ענריטשמענט געצייַג גיט פאַנגקשאַנאַל ענריטשמענט אַנאַליסיס. די ערשטיק ווייכווארג אין דעם געצייַג איז די TopGO-Bioconductor פּעקל, וואָס כולל דיפערענטשאַל אויסדרוק אַנאַליסיס, GO ענריטשמענט אַנאַליסיס און וויזשוואַלאַזיישאַן פון די רעזולטאַטן.
ווייטיד גענע קאָ-אויסדרוק נעטוואָרק אַנאַליסיס (WGCNA)
WGCNA איז אַ וויידלי געוויינט דאַטן מיינינג אופֿן פֿאַר דיסקאַווערד דזשין קאָ-אויסדרוק מאַדזשולז. עס איז אָנווענדלעך צו פאַרשידן אויסדרוק דאַטאַסעט אַרייַנגערעכנט מיקראָאַררייַ און NGS דזשין אויסדרוק דאַטן.
ינטערפּראָסקאַן
די ינטערפּראָסקאַן געצייַג גיט ינטערפּראָ פּראָטעין סיקוואַנס אַנאַליסיס און קלאַסאַפאַקיישאַן.
GO KEGG ענריטשמענט
די GO KEGG ענריטשמענט געצייַג איז דיזיינד צו דזשענערייט אַ GO ענריטשמענט כיסטאַגראַם, KEGG ענריטשמענט כיסטאַגראַם און KEGG ענריטשמענט פּאַטוויי באזירט אויף אַ צוגעשטעלט דזשין שטעלן און קאָראַספּאַנדינג אַנאַטיישאַן.