פּלאַנט / כייַע גאַנץ גענאָמע סיקוואַנסינג
סערוויס פֿעיִקייטן
● ביבליאָטעק צוגרייטונג קענען זיין נאָרמאַל אָדער פּקר-פֿרייַ
● בנימצא אין 4 סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמס: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, אָדער PacBio Revio.
● ביאָינפאָרמאַטיק אַנאַליסיס פאָוקיסט אויף די דיטעקשאַן פון וועריאַנץ: SNP, InDel, SV און CNV
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
●ברייט עקספּערטיז און ויסגאַבע רעקאָרדס: אַקיומיאַלייטיד דערפאַרונג אין גענאָמע סיקוואַנסינג פֿאַר איבער 1000 מינים האט ריזאַלטיד אין איבער 1000 ארויס קאַסעס מיט אַ קיומיאַלאַטיוו פּראַל פאַקטאָר פון איבער 5000.
●פולשטענדיק ביאָינפאָרמאַטיקס אַנאַליסיס: אַרייַנגערעכנט ווערייישאַן פאַך און פאַנגקשאַנז אַנאָטאַציע.
● פּאָסטן-סאַלעס שטיצן:אונדזער היסכייַוועס יקסטענדז ווייַטער פון פּרויעקט קאַמפּלישאַן מיט אַ 3-חודש נאָך-פאַרקויף דינסט צייַט. בעשאַס דעם צייט, מיר פאָרשלאָגן פּרויעקט נאָכגיין-אַרויף, טראָובלעשאָאָטינג הילף און ק & א סעשאַנז צו אַדרעס קיין פֿראגן שייַכות צו די רעזולטאַטן.
●פולשטענדיק אַנאָטאַציע: מיר נוצן קייפל דאַטאַבייסיז צו פאַנגקשאַנאַלי אַנאַטייט די גענעס מיט יידענאַפייד ווערייישאַנז און דורכפירן די קאָראַספּאַנדינג ענריטשמענט אַנאַליסיס, פּראַוויידינג ינסייץ אויף קייפל פאָרשונג פּראַדזשעקס.
סערוויס ספּעסאַפאַקיישאַנז
| וועריאַנץ צו זיין יידענאַפייד | סיקוואַנסינג סטראַטעגיע | רעקאַמענדיד טיפקייַט |
| SNP און InDel | Illumina NovaSeq PE150 אָדער MGI T7 | 10x |
| SV און CNV (ווייניקער פּינטלעך) | 30x | |
| SV און CNV (מער פּינטלעך) | נאַנאָפּאָרע פּראָם P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV און CNV | PacBio Revio | 10x |
מוסטער רעקווירעמענץ
| געוועב אָדער יקסטראַקטיד נוקלעיק אַסאַדז | Illumina/MGI | נאַנאָפּאָרע | PacBio
| ||
| כייַע וויסעראַ | 0.5-1 ג | ≥ 3.5 ג
| ≥ 3.5 ג
| ||
| כייַע מוסקל | ≥ 5 ג
| ≥ 5 ג
| |||
| מאַממאַליאַן בלוט | 1.5 מל | ≥ 0.5 מל
| ≥ 5 מל
| ||
| אָף / פיש בלוט | ≥ 0.1 מל
| ≥ 0.5 מל
| |||
| פּלאַנט - פריש בלאַט | 1-2 ג | ≥ 2 ג
| ≥ 5 ג
| ||
| קולטור סעלז |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| ינסעקט ווייך געוועב / יחיד | 0.5-1 ג | ≥ קסנומקס ג
| ≥ 3 ג
| ||
| יקסטראַקטיד דנאַ
| קאַנסאַנטריישאַן: ≥ 1 נג / μל סומע: ≥ 30 נג לימיטעד אָדער קיין דערנידעריקונג אָדער קאַנטאַמאַניישאַן
| קאַנסאַנטריישאַן סומע
OD260/280
OD260/230
לימיטעד אָדער קיין דערנידעריקונג אָדער קאַנטאַמאַניישאַן
| ≥ 40 נג / μ ל 4 μג / לויפן צעל / מוסטער
1.7-2.2
≥1.5 | קאַנסאַנטריישאַן סומע
OD260/280
OD260/230
לימיטעד אָדער קיין דערנידעריקונג אָדער קאַנטאַמאַניישאַן | ≥ 50 נג / μ ל 10 μג / לויפן צעל / מוסטער
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| פּריפּערינג פֿאַר PCR-פריי ביבליאָטעק: קאַנסאַנטריישאַן≥ 40 נג/ μל סומע≥ 500 נג | |||||
סערוויס אַרבעט לויפן
מוסטער עקספּרעס
דנאַ יקסטראַקשאַן
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
דאַטאַ עקספּרעס
כולל די פאלגענדע אַנאַליסיס:
- רוי דאַטאַ קוואַליטי קאָנטראָל
- סטאַטיסטיק פון אַליינמאַנט צו דערמאָנען גענאָמע
- וועריאַנט לעגיטימאַציע: SNP, InDel, SV און CNV
- פאַנגקשאַנאַל אַנאָטאַציע פון וועריאַנץ
סטאַטיסטיק פון אַליינמאַנט צו דערמאָנען גענאָמע - סיקוואַנסינג טיפקייַט פאַרשפּרייטונג
SNP פאַך צווישן קייפל סאַמפּאַלז
InDel לעגיטימאַציע - סטאַטיסטיק פון די InDel לענג אין די CDS געגנט און די גענאָמע-ברייט געגנט
וועריאַנט פאַרשפּרייטונג אַריבער די גענאָמע - Circos פּלאַנעווען
פאַנגקשאַנאַל אַנאַטיישאַן פון גענעס מיט יידענאַפייד וועריאַנץ - גענע אָנטאָלאָגי
טשי, ק. עט על. (2023) 'א גלוטאַטהיאָנע S-טראַנספעראַסע GhTT19 דיטערמאַנז פּיגמאַנטיישאַן פון בלום פּעטאַל דורך רעגיאַלייטינג אַנטהאָסיאַנין אַקיומיאַליישאַן אין וואַטע', פּלאַנט ביאָטעטשנאָלאָגי דזשאָורנאַל, 21(2), פּ. 433. דאָי: 10.1111/PBI.13965.
טשענג, ה עט על. (2023) 'כראָמאָסאָם-מדרגה ווילד Hevea brasiliensis גענאָמע גיט נייַע מכשירים פֿאַר גענאָמיק-אַססיסטעד ברידינג און ווערטפול לאָקי צו העכערן גומע טראָגן', פּלאַנט ביאָטעטשנאָלאָגי דזשאָורנאַל, 21 (5), פּפּ. 1058-1072. דאָי: 10.1111/PBI.14018.
לי, יי עט על. (2021) 'דזשינאָום פון די עסטואַרינע ויסטער גיט ינסייץ אין קלימאַט פּראַל און אַדאַפּטיוו פּלאַסטיסיטי', קאָממוניקאַטיאָנס ביאָלאָגי 2021 4:1, 4(1), זז 1-12. דאָי: 10.1038/s42003-021-02823-6.
זענג, טי עט על. (2022) 'אַנאַליסיס פון גענאָמע און מעטהילאַטיאָן ענדערונגען אין כינעזיש ינדיגענאָוס טשיקאַנז איבער צייַט גיט ינסייט אין מינים קאַנסערוויישאַן', קאָממוניקאַטיאָנס ביאָלאָגי, 5 (1), פּפּ. 1-12. דאָי: 10.1038/s42003-022-03907-7.
