פּלאַנט / כייַע די נאָוואָ גענאָמע סיקוואַנסינג
די נאָוואָסיקוואַנסינג רעפערס צו די קאַנסטראַקשאַן פון אַ גאַנץ גענאָמע פון אַ מינים ניצן סיקוואַנסינג טעקנאַלאַדזשיז אין דער אַוועק פון אַ רעפֿערענץ גענאָמע. די הקדמה און וויידספּרעד אַדאַפּשאַן פון דריט-דור סיקוואַנסינג, מיט מער רידינגז, האָבן באטייטיק ענכאַנסט גענאָמע פֿאַרזאַמלונג דורך ינקריסינג די אָוווערלאַפּ צווישן רידינגז. די ענכאַנסמאַנט איז דער הויפּט פּערטינאַנט ווען דילינג מיט טשאַלאַנדזשינג גענאָמעס, אַזאַ ווי די יגזיביטינג הויך העטעראָזיגאָסיטי, אַ הויך פאַרהעלטעניש פון ריפּעטיטיוו מקומות, פּאָליפּלאָידס און מקומות מיט ריפּעטיטיוו עלעמענטן, אַבנאָרמאַל גק אינהאַלט, אָדער הויך קאַמפּלעקסיטי וואָס זענען טיפּיקלי שוואַך פארזאמלט מיט קורץ-לייענען סיקוואַנסינג. אַליין.
אונדזער איין-האַלטן לייזונג גיט ינאַגרייטיד סיקוואַנסינג באַדינונגס און ביאָינפאָרמאַטיק אַנאַליסיס וואָס צושטעלן אַ הויך-קוואַליטעט דע נאָוואָ אַסעמבאַלד גענאָמע. אַן ערשט גענאָמע יבערבליק מיט Illumina גיט עסטאַמאַץ פון גענאָמע גרייס און קאַמפּלעקסיטי, און די אינפֿאָרמאַציע איז געניצט צו פירן די ווייַטער שריט פון לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג מיט PacBio HiFi, נאכגעגאנגען דורךde novoפֿאַרזאַמלונג פון קאָנטיגס. די סאַבסאַקוואַנט נוצן פון HiC פֿאַרזאַמלונג ינייבאַלז אַנגקערינג פון די קאָנטיגס צו די גענאָמע, באקומען אַ כראָמאָסאָם-מדרגה פֿאַרזאַמלונג. צום סוף, די גענאָמע איז אַנאַטייטיד דורך דזשין פאָרויסזאָגן און דורך סיקוואַנסינג אויסגעדריקט גענעס, ריזאָרטינג צו טראַנסקריפּטאָמעס מיט קורץ און לאַנג לייענען.
סערוויס פֿעיִקייטן
● ינטעגראַטיאָן פון קייפל סיקוואַנסינג און ביאָינפאָרמאַטיק באַדינונגס אין אַ איין-האַלטן לייזונג:
גענאָמע יבערבליק מיט Illumina צו אָפּשאַצן גענאָמע גרייס און פירן סאַבסאַקוואַנט סטעפּס;
לאַנג לייענען סיקוואַנסינג פֿאַרde novoפֿאַרזאַמלונג פון קאָנטיגס;
הי-C סיקוואַנסינג פֿאַר כראָמאָסאָם אַנגקערינג;
mRNA סיקוואַנסינג פֿאַר אַנאַטיישאַן פון גענעס;
וואַלאַדיישאַן פון די פֿאַרזאַמלונג.
● סערוויס פּאַסיק פֿאַר די קאַנסטראַקטינג ראָמאַן גענאָמעס אָדער פֿאַרבעסערונג פון יגזיסטינג רעפֿערענץ גענאָמעס פֿאַר מינים פון אינטערעס.
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
אַנטוויקלונג פון סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמס און ביאָינפאָרמאַטיקס איןde novoגענאָמע פֿאַרזאַמלונג
(Amarasinghe SL et al.,גענאָמע ביאָלאָגי, 2020)
●ברייט עקספּערטיז און ויסגאַבע רעקאָרד: BMKGene האט אַקיומיאַלייטיד מאַסיוו דערפאַרונג אין הויך-קוואַליטעט גענאָמע פֿאַרזאַמלונג פון דייווערס מינים, אַרייַנגערעכנט דיפּלאָיד גענאָמעס און העכסט קאָמפּלעקס גענאָמעס פון פּאָליפּלאָיד און אַללאָפּאָללאָיד מינים. זינט 2018, מיר האָבן קאַנטריביוטיד צו איבער300 אויסגאבעס מיט הויך פּראַל, און מער ווי 20 פון זיי זענען ארויס אין נאַטור גענעטיקס.
● איינער-האַלטן לייזונג: אונדזער ינאַגרייטיד צוגאַנג קאַמביינז קייפל סיקוואַנסינג טעקנאַלאַדזשיז און ביאָינפאָרמאַטיק אַנאַליזעס אין אַ קאָוכיסיוו וואָרקפלאָוו, דיליווערינג אַ הויך-קוואַליטעט אַסעמבאַלד גענאָמע.
●טיילערד צו דיין באדערפענישן: אונדזער סערוויס וואָרקפלאָוו איז קוסטאָמיזאַבלע, אַלאַוינג אַדאַפּטיישאַן פֿאַר גענאָמעס מיט דייווערס פֿעיִקייטן און ספּעציפיש פאָרשונג דאַרף. דאָס כולל אַקאַמאַדייטינג ריז גענאָמעס, פּאָליפּלאָיד גענאָמעס, העכסט העטעראָזיגאָוס גענאָמעס, און מער.
●העכסט באָקע ביאָינפאָרמאַטיקס און לאַבאָראַטאָריע מאַנשאַפֿט: מיט גרויס דערפאַרונג אין ביידע די יקספּערמענאַל און ביאָינפאָרמאַטיקס פראָנט פון קאָמפּלעקס גענאָמע אַסעמבליז און אַ סעריע פון פּאַטענץ און ווייכווארג קאַפּירייץ.
●פּאָסטן-סאַלעס שטיצן:אונדזער היסכייַוועס יקסטענדז ווייַטער פון פּרויעקט קאַמפּלישאַן מיט אַ 3-חודש נאָך-פאַרקויף דינסט צייַט. בעשאַס דעם צייט, מיר פאָרשלאָגן פּרויעקט נאָכגיין-אַרויף, טראָובלעשאָאָטינג הילף און ק & א סעשאַנז צו אַדרעס קיין פֿראגן שייַכות צו די רעזולטאַטן.
סערוויס ספּעסאַפאַקיישאַנז
| גענאָמע יבערבליק | גענאָמע פֿאַרזאַמלונג | טשראָמאָסאָם-מדרגה | גענאָמע אַנאַטיישאַן |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi לייענט | 100X Hi-C | רנאַ-סיק יללומינה פּע150 10 גיגאבייט + (אַפּשאַנאַל) גאַנץ לענג רנאַ-סיק PacBio 40 גב אָדער נאַנאָפּאָרע 12 גיגאבייט |
סערוויס רעקווירעמענץ
פֿאַר גענאָמע יבערבליק, גענאָמע אַסעמבלי און הי-C אַסעמבלי:
| געוועב אָדער יקסטראַקטיד נוקלעיק אַסאַדז | גענאָמע יבערבליק | גענאָמע אַסעמבלי מיט PacBio | הי-C אַסעמבלי |
| כייַע וויסעראַ | 0.5-1 ג
| ≥ 3.5 ג | ≥2 ג |
| כייַע מוסקל | ≥ 5 ג | ||
| מאַממאַליאַן בלוט | 1.5 מל
| ≥ 5 מל | ≥2 מל |
| אָף / פיש בלוט | ≥ 0.5 מל | ||
| פּלאַנט - פריש בלאַט | 1-2 ג | ≥ 5 ג | ≥ 4 ג |
| קולטור סעלז |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| ינסעקט | 0.5-1 ג | ≥ 3 ג | ≥ 2 ג |
| יקסטראַקטיד דנאַ | קאַנסאַנטריישאַן: ≥1 נג / μל סומע ≥ 30 נג לימיטעד אָדער קיין דערנידעריקונג אָדער קאַנטאַמאַניישאַן | קאַנסאַנטריישאַן: ≥ 50 נג / μל סומע: 10 μג / לויפן צעל / מוסטער OD260/280=1.7-2.2 אָד260/230=1.8-2.5 לימיטעד אָדער קיין דערנידעריקונג אָדער קאַנטאַמאַניישאַן |
-
|
פֿאַר גענאָמע אַנאַטיישאַן מיט טראַנסקריפּטאָמיקס:
| געוועב אָדער יקסטראַקטיד נוקלעיק אַסאַדז | Illumina טראַנסקריפּטאָמע | PacBio טראַנסקריפּטאָמע | נאַנאָפּאָרע טראַנסקריפּטאָמע |
| פּלאַנט - וואָרצל / סטעם / פּעטאַל | 450 מג | 600 מג | |
| פּלאַנט - בלאַט / זוימען | 300 מג | 300 מג | |
| פּלאַנט - פרוכט | 1.2 ג | 1.2 ג | |
| כייַע הארץ / קישקע | 300 מג | 300 מג | |
| כייַע וויסעראַ / מאַרך | 240 מג | 240 מג | |
| כייַע מוסקל | 450 מג | 450 מג | |
| כייַע ביינער / האָר / הויט | 1 ג | 1 ג | |
| אַרטראָפּאָד - ינסעקט | 6 | 6 | |
| אַרטהראָפּאָד - קראַסטאַסיאַ | 300 מג | 300 מג | |
| גאַנץ בלוט | 1 רער | 1 רער | |
| עקסטראַקטעד רנאַ | קאַנסאַנטריישאַן: ≥ 20 נג / μל סומע ≥ 0.3 μג OD260/280=1.7-2.5 אָד260/230=0.5-2.5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | קאַנסאַנטריישאַן: ≥ 100 נג / μל סומע ≥ 0.75 μג OD260/280=1.7-2.5 אָד260/230=0.5-2.5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | קאַנסאַנטריישאַן: ≥ 100 נג / μל סומע ≥ 0.75 μג OD260/280=1.7-2.5 אָד260/230=0.5-2.5 RIN≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
רעקאַמענדיד מוסטער עקספּרעס
קאַנטיינער: 2 מל סענטריפודזש רער (צין שטער איז נישט רעקאַמענדיד)
(פֿאַר רובֿ פון די סאַמפּאַלז, מיר רעקאָמענדירן נישט צו ופהיטן אין עטאַנאָל.)
מוסטער לייבלינג: סאַמפּאַלז מוזן זיין קלאר לייבאַלד און יידעניקאַל צו די דערלאנגט מוסטער אינפֿאָרמאַציע פאָרעם.
טראַנספּאָרט: טרוקן-אייז: סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין פּאַקט אין באַגס ערשטער און בעריד אין טרוקן-אייז.
וואָרקפלאָוו
סערוויס אַרבעט לויפן
עקספּערימענט פּלאַן
מוסטער עקספּרעס
דנאַ יקסטראַקשאַן
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
נאָך-פאַרקויף באַדינונגען
גאַנץ ביאָינפאָרמאַטיק אַנאַליסיס, אפגעשיידט אין 4 סטעפּס:
1) גענאָמע יבערבליק, באזירט אויף ק-מער אַנאַליסיס מיט NGS לייענט:
אָפּשאַצונג פון גענאָמע גרייס
אָפּשאַצונג פון העטעראָזיגאָסיטי
אָפּשאַצונג פון ריפּעטיטיוו מקומות
2) גענאָמע אַסעמבלי מיט PacBio HiFi:
De novoפֿאַרזאַמלונג
אַססעססמענט אַסעסמאַנט: אַרייַנגערעכנט BUSCO אַנאַליסיס פֿאַר גענאָמע קאַמפּליטנאַס און מאַפּינג צוריק פון NGS און PacBio HiFi לייענט
3) הי-C פֿאַרזאַמלונג:
Hi-C ביבליאָטעק QC: אָפּשאַצונג פון גילטיק הי-C ינטעראַקשאַנז
הי-C פֿאַרזאַמלונג: קלאַסטערינג פון קאָנטיגס אין גרופּעס, נאכגעגאנגען דורך קאַנטיג אָרדערינג אין יעדער גרופּע און אַסיינינג קאָנטיג אָריענטירונג
הי-C אפשאצונג
4) גענאָמע אַנאַטיישאַן:
פּראָגנאָז פון ניט-קאָדינג רנאַ
לעגיטימאַציע פון ריפּעטיטיוו סיקוואַנסיז (טראַנספּאָסאָנס און טאַנדאַם ריפּיץ)
גענע פּראָגנאָז
§De novo: אַב ינטיאָ אַלגערידאַמז
§ באַזירט אויף האָמאָלאָגי
§ באַזירט אויף טראַנסקריפּטאָמע, מיט לאַנג און קורץ לייענען: לייענט זענעןde novoפארזאמלט אָדער מאַפּט צו די פּלאַן גענאָמע
§ אַנאַטיישאַן פון פּרעדיקטעד גענעס מיט קייפל דאַטאַבייסיז
1 ) גענום־איבערבליק־ ק־מער אנאליז
2 ) גענאם פארזאמלונג
2) גענאָמע אַסעמבלי - PacBio HiFi לייענט מאַפּינג צו פּלאַן פֿאַרזאַמלונג
2) הי-C אַסעמבלי - אָפּשאַצונג פון הי-C גילטיק ינטעראַקשאַן פּערז
3) הי-C פּאָסט-פֿאַרזאַמלונג אפשאצונג
4) גענאָמע אַנאַטיישאַן - ינטאַגריישאַן פון פּרעדיקטעד גענעס
4) גענאָמע אַנאַטיישאַן - פּרעדיקטעד גענעס אַנאָטיישאַן
ויספאָרשן די אַדוואַנטידזשיז פאַסילאַטייטיד דורך BMKGene ס דע novo גענאָמע פֿאַרזאַמלונג באַדינונגס דורך אַ קוראַטעד זאַמלונג פון אויסגאבעס:
לי, סי עט על. (2021) "גענאָמע סיקוואַנסיז אַנטדעקן גלאבאלע דיספּערסאַל רוץ און פֿאָרשלאָגן קאַנווערדזשאַנט גענעטיק אַדאַפּטיישאַנז אין סעאַהאָרסע עוואָלוציע", נאַטור קאָממוניקאַטיאָנס, 12 (1). דאָי: 10.1038/S41467-021-21379-X.
לי, י עט על. (2023) 'גרויס-סקאַלע טשראָמאָסאָמאַל ענדערונגען פירן צו גענאָמע-מדרגה עקספּרעססיאָן אָלטערניישאַנז, ינווייראַנמענאַל אַדאַפּטיישאַן און ספּעסיאַטיאָן אין די גייַאַל (באָס פראָנטאַליס)', מאָלעקולאַר ביאָלאָגי און עוואַלושאַן, 40 (1). דאָי: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
טיאַן, טי עט על. (2023) 'גענאָמע פֿאַרזאַמלונג און גענעטיק דייסעקשאַן פון אַ באַוווסט טריקעניש-קעגנשטעליק מייז דזשערמפּלאַסם', נאַטור גענעטיקס 2023 55: 3, 55 (3), פּפּ. 496-506. דאָי: 10.1038/s41588-023-01297-י.
זשאַנג, עף עט על. (2023) 'גילוי עוואָלוציע פון טראָפּאַנע אַלקאַלויד ביאָסינטעז דורך אַנאַלייזינג צוויי גענאָמעס אין די סאָלאַנאַסעאַע משפּחה', נאַטור קאָממוניקאַטיאָנס 2023 14: 1, 14 (1), פּפּ. 1-18. דאָי: 10.1038/s41467-023-37133-4.
טשאַלאַנדזשינג פאַל שטודיום:
טעלאָמערע-צו-טעלאָמערע פֿאַרזאַמלונג:פו, יי עט על. (2023) 'טעלאָמערע-צו-טעלאָמערע גענאָמע פֿאַרזאַמלונג פון ביטער מעלאָן (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) ריווילז פרוכט אַנטוויקלונג, זאַץ און רייפּאַנינג גענעטיק קעראַקטעריסטיקס', האָרטיקולטורע פאָרשונג, 10 (1). דאָי: 10.1093/HR/UHAC228.
האַפּלאָטיפּע פֿאַרזאַמלונג:הו, וו עט על. (2021) 'אַלעל-דיפיינד גענאָמע ריווילז בייאַלעלליק דיפערענשייישאַן בעשאַס קאַססאַוואַ עוואָלוציע', מאָלעקולאַר פּלאַנט, 14 (6), פּפּ. 851-854. דאָי: 10.1016/דזש.מאָלפּ.2021.04.009.
ריז גענאָמע פֿאַרזאַמלונג:יואַן, י עט על. (2022) 'גענאָמיק יקער פון די גיגאַ-טשראָמאָסאָומז און גיגאַ-גענאָמע פון בוים פּיאַני פּאַעאָניאַ אָסטיי', נאַטור קאָממוניקאַטיאָנס 2022 13:1, 13(1), זז. 1-16. דאָי: 10.1038/s41467-022-35063-1.
פּאָליפּלאָיד גענאָמע פֿאַרזאַמלונג:זשאַנג, קי עט על. (2022) 'גענאָמיק ינסייץ אין די לעצטע כראָמאָסאָם רעדוקציע פון אַוטאָפּאָללאָיד שוגערקיין Saccharum spontaneum', נאַטור גענעטיקס 2022 54:6, 54 (6), פּפּ. 885-896. דאָי: 10.1038/s41588-022-01084-1.
