PacBio 2+3 גאַנץ-לענג מרנאַ לייזונג
פֿעיִקייטן
● לערנען פּלאַן:
פּאָאָלעד מוסטער סיקוואַנסעד מיט PacBio צו ידענטיפיצירן טראַנסקריפּט יסאָפאָרמס
באַזונדער סאַמפּאַלז (רעפּליקאַטן און טנאָים צו זיין טעסטעד) סיקוואַנסעד מיטNGS צו קוואַנטיפיצירן טראַנסקריפּט אויסדרוק
● PacBio סיקוואַנסינג אין CCS מאָדע, דזשענערייטינג HiFi לייענען
● סיקוואַנסינג פון די פול-לענג טראַנסקריפּץ
● אַנאַליסיס טוט נישט דאַרפן אַ רעפֿערענץ גענאָמע; אָבער, עס קען זיין געוויינט
● ביאָינפאָרמאַטיק אַנאַליסיס כולל ניט בלויז אויסדרוק אין דזשין און יסאָפאָרם מדרגה אָבער אויך אַנאַליסיס פון לנקרנאַ, דזשין פיוזשאַנז, פּאָלי-אַדענילאַטיאָן און דזשין סטרוקטור
אַדוואַנטאַגעס
● הויך אַקיעראַסי: HiFi לייענט מיט אַקיעראַסי >99.9% (Q30), פאַרגלייַכלעך צו NGS
● אַלטערנאַטיווע ספּליסינג אַנאַליסיס: סיקוואַנסינג אַלע טראַנסקריפּץ ינייבאַלז יסאָפאָרם לעגיטימאַציע און כאַראַקטעריזיישאַן.
● קאָמבינאַציע פון PacBio און NGS סטרענגטהס: ענייבאַלינג קוואַנטאַפאַקיישאַן פון אויסדרוק אויף די יסאָפאָרם מדרגה, אַנוויילינג ענדערונג וואָס קען זיין מאַסקט ווען אַנאַלייזינג די גאנצע דזשין אויסדרוק
● ברייט עקספּערטיז: מיט אַ שפּור רעקאָרד פון קאַמפּליטינג איבער 1100 PacBio פול-לענג טראַנסקריפּטאָמע פּראַדזשעקס און פּראַסעסינג איבער 2300 סאַמפּאַלז, אונדזער מאַנשאַפֿט ברענגט אַ עשירות פון דערפאַרונג צו יעדער פּרויעקט.
● פּאָסטן-סאַלעס שטיצן: אונדזער היסכייַוועס יקסטענדז ווייַטער פון פּרויעקט קאַמפּלישאַן מיט אַ 3-חודש נאָך-פאַרקויף דינסט צייַט. בעשאַס דעם צייט, מיר פאָרשלאָגן פּרויעקט נאָכגיין-אַרויף, טראָובלעשאָאָטינג הילף און ק&א סעשאַנז צו אַדרעס קיין פֿראגן שייַכות צו די רעזולטאַטן.
מוסטער רעקווירעמענץ און עקספּרעס
| ביבליאָטעק | סיקוואַנסינג סטראַטעגיע | דאַטן רעקאַמענדיד | קוואַליטי קאָנטראָל |
| פּאָליאַ ענריטשט mRNA CCS ביבליאָטעק | PacBio סיקוואַל וו PacBio Revio | 20/40 גיגאבייט 5/10 ב קקס | Q30≥85% |
| פּאָלי א ענריטשט | Illumina PE150 | 6-10 גיגאבייט | Q30≥85% |
נוקלעאָטידעס
|
| קאָנס. (נג/μל) | סומע (μg) | ריינקייַט | אָרנטלעכקייַט |
| Illumina Library | ≥ 10 | ≥ 0.2 | אָד260/280=1.7-2.5 אָד260/230=0.5-2.5 לימיטעד אָדער קיין פּראָטעין אָדער דנאַ קאַנטאַמאַניישאַן געוויזן אויף געל. | פֿאַר געוויקסן: RIN≥4.0; פֿאַר אַנימאַלס: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; לימיטעד אָדער קיין באַסעלינע הייך |
| PacBio ביבליאָטעק | ≥ 100 | ≥ 1.0 | אָד260/280=1.7-2.5 אָד260/230=0.5-2.5 לימיטעד אָדער קיין פּראָטעין אָדער דנאַ קאַנטאַמאַניישאַן געוויזן אויף געל. | געוויקסן: RIN≥7.5 אַנימאַלס: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; לימיטעד אָדער קיין באַסעלינע הייך |
רעקאַמענדיד מוסטער עקספּרעס
קאַנטיינער: 2 מל סענטריפודזש רער (צין שטער איז נישט רעקאַמענדיד)
מוסטער לייבלינג: גרופע + רעפּלאַקייט למשל A1, A2, A3; ב 1, ב 2, ב 3.
טראַנספּאָרט:
1. טרוקן-אייז:סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין פּאַקט אין באַגס און באַגראָבן אין טרוקן-אייז.
2. רנאַסטאַבלע טובז: רנאַ סאַמפּאַלז קענען זיין דאַר אין רנאַ סטייבאַלאַזיישאַן רער (למשל רנאַסטאַבלע®) און שיפּט אין צימער טעמפּעראַטור.
כולל די פאלגענדע אַנאַליסיס:
רוי דאַטן קוואַליטעט קאָנטראָל
אַלטערנאַטיווע פּאָליאַדענילאַטיאָן אַנאַליסיס (APA)
פוסיאָן טראַנסקריפּט אַנאַליסיס
אַלטערנאַטיווע ספּליסינג אַנאַליסיס
בענטשמאַרקינג וניווערסאַל איין-קאָפּי אָרטהאָלאָגיס (BUSCO) אַנאַליסיס
ראָמאַן טראַנסקריפּט אַנאַליסיס: פּראָגנאָז פון קאָודינג סיקוואַנסיז (CDS) און פאַנגקשאַנאַל אַנאַטיישאַן
lncRNA אַנאַליסיס: פּראָגנאָז פון lncRNA און טאַרגאַץ
מיקראָסאַטעליטע לעגיטימאַציע (SSR)
אַנאַליסיס פון דיפערענטשאַלי עקספּרעססעד טראַנסקריפּץ (DETs).
אַנאַליסיס פון דיפערענטשאַלי אויסגעדריקט גענעס (DEG).
פאַנגקשאַנאַל אַנאַטיישאַן פון DEGs און DETs
BUSCO אַנאַליסיס
אַלטערנאַטיווע ספּליסינג אַנאַליסיס
אַלטערנאַטיווע פּאָליאַדענילאַטיאָן אַנאַליסיס (APA)
דיפערענטשאַלי אויסגעדריקט גענעס (DEG) און טראַנסקריפּץ (DETs9 אַנאַליסיס
פּראָטעין-פּראָטעין ינטעראַקשאַן נעטוואָרקס פון דעט און דעגס
ויספאָרשן די אַדוואַנטידזשיז פאַסילאַטייטיד דורך BMKGene ס PacBio 2 + 3 פול-לענג מרנאַ סיקוואַנסינג דורך אַ קוראַטעד זאַמלונג פון אויסגאבעס.
Chao, Q. עט על. (2019) 'די אַנטוויקלונג דינאַמיק פון די פּאָפּולוס סטעם טראַנסקריפּטאָמע', פּלאַנט ביאָטעטשנאָלאָגי דזשאָורנאַל, 17 (1), זז 206-219. דאָי: 10.1111/PBI.12958.
דענג, ה עט על. (2022) 'דינאַמיש ענדערונגען אין אַסקאָרביק זויער אינהאַלט בעשאַס פרוכט אַנטוויקלונג און רייפּאַנינג פון אַקטינידיאַ לאַטיפאָליאַ (אַן אַסקאָרבאַטע-רייַך פרוכט קראָפּ) און די אַססאָסיאַטעד מאָלעקולאַר מעקאַניזאַמז', ינטערנאַטיאָנאַל דזשאָורנאַל פון מאָלעקולאַר ססיענסעס, 23(10), ז. 5808. דאָי: 10.3390/IJMS23105808/S1.
הואַ, X. עט על. (2022) 'עפעקטיוו פּראָגנאָז פון בייאָוסינטעטיק פּאַטוויי גענעס ינוואַלווד אין ביאָאַקטיווע פּאָליפילינס אין פּאַריז פּאָליפיללאַ', קאָמוניקאַציע ביאָלאָגי 2022 5: 1, 5 (1), פּפּ. 1-10. דאָי: 10.1038/s42003-022-03000-ז.
ליו, עם עט על. (2023) 'קאַמביינד PacBio Iso-Seq און Illumina RNA-Seq אַנאַליסיס פון די Tuta absoluta (Meyrick) טראַנסקריפּטאָמע און סיטאָקראָם פּ450 גענעס', ינסעקץ, 14 (4), פּ. 363. דאָי: 10.3390/ינסעקץ14040363/S1.
וואַנג, לידזשון עט על. (2019) 'א יבערבליק פון טראַנסקריפּטאָם קאַמפּלעקסיטי ניצן PacBio איין-מאָלעקולאַר פאַקטיש-צייט אַנאַליסיס קאַמביינד מיט Illumina RNA סיקוואַנסינג פֿאַר אַ בעסער פארשטאנד פון ריסינאָלעיק זויער בייאָוסינטעז אין Ricinus communis', BMC Genomics, 20 (1), פּפּ. 1-17. דאָי: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
