ניט-רעפערענץ באזירט מרנאַ סיקוואַנסינג-NGS
פֿעיִקייטן
● כאַפּן פון פּאָלי מרנאַ איידער ביבליאָטעק צוגרייטונג
● ינדעפּענדענט פון קיין רעפֿערענץ גענאָמע: באזירט אויף די נייַ פֿאַרזאַמלונג פון טראַנסקריפּץ, דזשענערייטינג אַ רשימה פון ונידזשינעס וואָס זענען אַנאַטייטיד מיט קייפל דאַטאַבייסיז (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● פולשטענדיק ביאָינפאָרמאַטיק אַנאַליסיס פון דזשין אויסדרוק און טראַנסקריפּט סטרוקטור
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
●ברייט עקספּערטיז: מיט אַ שפּור רעקאָרד פון פּראַסעסינג איבער 600,000 סאַמפּאַלז אין BMKGENE, ספּאַנינג דייווערס מוסטער טייפּס אַזאַ ווי צעל קאַלטשערז, געוועבן און גוף פלוידס, אונדזער מאַנשאַפֿט ברענגט אַ עשירות פון דערפאַרונג צו יעדער פּרויעקט. מיר האָבן הצלחה פֿאַרמאַכט איבער 100,000 mRNA-Seq פּראַדזשעקס אין פאַרשידן פאָרשונג דאָומיינז.
●שטרענג קוואַליטי קאָנטראָל: מיר ינסטרומענט האַרץ קאָנטראָל פונקטן אין אַלע סטאַגעס, פֿון מוסטער און ביבליאָטעק צוגרייטונג צו סיקוואַנסינג און ביאָינפאָרמאַטיקס. דעם מאַטיקיאַלאַס מאָניטאָרינג ינשורז די עקספּרעס פון קאַנסיסטאַנטלי הויך-קוואַליטעט רעזולטאַטן.
● פולשטענדיק אַנאָטאַטיאָן: מיר נוצן קייפל דאַטאַבייסיז צו פאַנגקשאַנאַלי אַנאַטייט די דיפערענטשאַלי עקספּרעססעד גענעס (DEGs) און דורכפירן די קאָראַספּאַנדינג ענריטשמענט אַנאַליסיס, פּראַוויידינג ינסייץ אויף די סעליאַלער און מאָלעקולאַר פּראַסעסאַז אַנדערלייינג די טראַנסקריפּטאָם ענטפער.
●פּאָסטן-סאַלעס שטיצן: אונדזער היסכייַוועס יקסטענדז ווייַטער פון פּרויעקט קאַמפּלישאַן מיט אַ 3-חודש נאָך-פאַרקויף דינסט צייַט. בעשאַס דעם צייט, מיר פאָרשלאָגן פּרויעקט נאָכגיין-אַרויף, טראָובלעשאָאָטינג הילף און ק & א סעשאַנז צו אַדרעס קיין פֿראגן שייַכות צו די רעזולטאַטן.
מוסטער רעקווירעמענץ און עקספּרעס
| ביבליאָטעק | סיקוואַנסינג סטראַטעגיע | דאַטן רעקאַמענדיד | קוואַליטי קאָנטראָל |
| פּאָלי א ענריטשט | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 גיגאבייט | Q30≥85% |
מוסטער רעקווירעמענץ:
נוקלעאָטידע:
| קאָנס. (נג/μל) | סומע (μg) | ריינקייַט | אָרנטלעכקייַט |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 אָד260/230=0.5-2.5 לימיטעד אָדער קיין פּראָטעין אָדער דנאַ קאַנטאַמאַניישאַן געוויזן אויף געל. | פֿאַר געוויקסן: RIN≥4.0; פֿאַר אַנימאַלס: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; לימיטעד אָדער קיין באַסעלינע הייך |
● געוויקסן:
וואָרצל, סטעם אָדער פּעטאַל: 450 מג
בלאַט אָדער זוימען: 300 מג
פרוכט: 1.2 ג
● כייַע:
האַרץ אָדער קישקע: 300 מג
וויסעראַ אָדער מאַרך: 240 מג
מוסקל: 450 מג
ביינער, האָר אָדער הויט: 1 ג
● אַרטראַפּאָדס:
ינסעקץ: 6ג
קראַסטאַסיאַ: 300 מג
● גאַנץ בלוט: 1 רער
● צעלן: 106 סעלז
רעקאַמענדיד מוסטער עקספּרעס
קאַנטיינער: 2 מל סענטריפודזש רער (צין שטער איז נישט רעקאַמענדיד)
מוסטער לייבלינג: גרופע + רעפּלאַקייט למשל A1, A2, A3; ב 1, ב 2, ב 3.
טראַנספּאָרט:
1. טרוקן-אייז: סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין פּאַקט אין באַגס און בעריד אין טרוקן-אייז.
2. רנאַסטאַבלע טובז: רנאַ סאַמפּאַלז קענען זיין דאַר אין רנאַ סטייבאַלאַזיישאַן רער (למשל רנאַסטאַבלע®) און שיפּט אין צימער טעמפּעראַטור.
סערוויס אַרבעט לויפן
עקספּערימענט פּלאַן
מוסטער עקספּרעס
רנאַ יקסטראַקשאַן
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
נאָך-פאַרקויף באַדינונגען
ביאָינפאָרמאַטיקס
טראַנסקריפּטאָמע פֿאַרזאַמלונג און ונידזשינע סעלעקציע
וניגענע אַנאָטאַציע
מוסטער קאָראַליישאַן און אַסעסמאַנט פון בייאַלאַדזשיקאַל רעפּלאַקייטן
דיפערענטשאַלי אויסגעדריקט גענעס (DEG)
פאַנגקשאַנאַל אַנאַטיישאַן פון דעגס
פאַנגקשאַנאַל ענריטשמענט פון דעגס
ויספאָרשן די אַדוואַנטידזשיז פאַסילאַטייטיד דורך BMKGene ס עוקאַריאָטיק NGS mRNA סיקוואַנסינג באַדינונגס דורך אַ קוראַטעד זאַמלונג פון אויסגאבעס.
שען, עף עט על. (2020) 'דע נייַ טראַנסקריפּטאָמע פֿאַרזאַמלונג און געשלעכט-בייאַסט דזשין אויסדרוק אין די גאָנאַדס פון אַמור סאָם (Silurus asotus)', Genomics, 112 (3), פּפּ. 2603-2614. דאָי: 10.1016/דזש.יגענ.2020.01.026.
זשאַנג, סי עט על. (2016) 'טראַנסקריפּטאָם אַנאַליסיס פון סוקראָוס מאַטאַבאַליזאַם בעשאַס ציבעלע געשווילעכץ און אַנטוויקלונג אין ציבעלע (Allium cepa L.)', פראָנטיערס אין פּלאַנט וויסנשאַפֿט, 7 (סעפטעמבער), פּ. 212763. דאָי: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
זו, סי עט על. (2017) 'דע נייַ פֿאַרזאַמלונג, כאַראַקטעריזיישאַן און אַנאַטיישאַן פֿאַר די טראַנסקריפּטאָמע פון Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12 (2). דאָי: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
זו, ל עט על. (2021) 'דע נייַ טראַנסקריפּטאָמע אַנאַליסיס גיט ינסייץ אין די זאַלץ טאָלעראַנץ פון Podocarpus macrophyllus אונטער סאַלינאַטי דרוק', BMC Plant Biology, 21 (1), פּפּ. 1-17. דאָי: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
