גענאָמע עוואָלוציע
Pnas
די עוואָלוטיאָנאַרי אָנהייב און דאָמעסטיקיישאַן געשיכטע פון גאָלדפיש (קאַראַססיוס אַוראַטוס)
Pacbio | Illumina | Bionano genome Map | הי-C גענאָמע פֿאַרזאַמלונג | גענעטיק מאַפּע | Gwas | RNA-SQ
כיילייץ
1. גאלדפיש גענעם איז דערהייַנטיקט מיט אַ הויך-קוואַליטעט פֿאַרזאַמלונג ווערסיע, אַנגקערינג 95.75% פון קאַנטיגז אין 50 פּסעוודאָטשראָמסאָאָמעס (סקאַפאַלד נ 50.84 מב). צוויי סובגענאָמעס זענען דיסענטאַנגלעד.
2. דענאָמיק געגנטן פון סעלעקטיוו סוויפּס בעשאַס דאָמעסטיקאַטיאָן זענען יידענאַפייד פון ריסייקאַנסינג דאַטן פון יחידים, אַנוויילינג איבער 390 קאַנדידאַט גענעס וואָס זענען מסתּמא פארבונדן מיט דאָמעסטיקאַטיאָן טרייץ.
3. גוואַס אויף דאָרסאַל פלוספעדער אין דאָמעסטיקאַטעד גאָלדפיש אנטפלעקט 378 קאַנדידאַט גענעס וואָס פּאַטענטשאַלי פארבונדן. א טיראָסינע-פּראָטעין דזשינאַסע רעפּאָרטער איז געווען יידענאַפייד ווי אַ קאַנדידאַט קאַוסאַל דזשין פארבונדן מיט דורכזעיקייַט
הינטערגרונט
גאָלדפיש (קאַראַססיוס אַוראַטוס) איז איינער פון די מערסט וויכטיק פאַרמעד פיש, וואָס זענען דאָמעסטיקעד פון קרוסיאַן קאַרפּ אין אלטע טשיינאַ. זיי זענען קאַמענטאַד דורך Charles Darwin ווען "גייט פארביי איבער אַ כּמעט ינפאַנאַט דייווערסיטי פון קאָליר, מיר טרעפן די מערסט ויסערגעוויינלעך מאַדאַפאַקיישאַנז פון סטרוקטור". גאָר דייווערס פֿעיִקייטן און לאַנג געשיכטע פון דאָמעסטיאַטיאָן און ברידערד מאַכן גאָלדפיש אַ ויסגעצייכנט גענעטיק מאָדעל פֿאַר פיש פיזיאַלאַדזשי און עוואָלוציע.
דערגרייכונגען
גאָלדפיש גענאָמע
Jאָינט אַנאַליסיס פון פּאַקביאָ און ילומאַ פּאָר-סוף סיקוואַנסינג דאַטן ייעלדס אַן ערשט 1.657 ג פּלאַן אַסעמבלי (קאָנטיג נ 50 = 474 קב). Bionano Optical Map איז דזשענערייטאַד און קערעקטאַד די פֿאַרזאַמלונג אין 1.73 גיגאבייט אין גרייס (עסטימאַטעד גענענונג גרייס: 1.8 גיגאבייט). הי-C באזירט פֿאַרזאַמלונג ווייַטער ימפּרוווד סקאַפאַלד נ 506 קב צו 31.84 מעגאבייטן און אַטשיווד 95.75% (1.65 גיגאבייט) אָריענטיד און באפוילן אַנגקערינג טעמפּאָ. די גענאָמע קאַמפּרייזיז 56,251 קאָדירונג גענעס און 10,098 לאַנג ניט-קאָדירונג טראַנסקריפּט. דערצו, 38 פּאָטענציעל סענטראָאָמעריק מקומות זענען פּרעדיקטעד פון 50 קראָונאָסאָומז.
פיג. גאָלד פיש גענאָמע
Tאויב איר ויסמעקן סובגענאָמעס זענען יידענאַפייד אין די 50 גאָלדפיש כראָמאָסאָומז וואָס ריזאַלטיד פון אַן אלטע הידרידאַזיישאַן געשעעניש. די סכום פון כראָמאָסאָומז מיט העכער פּראָפּאָרציע פון לייענט אַליינד צווישן גאָלדפיש און באַרבאַי אַ (טשראַ 1,, הייסט סובגענאָם, און די רוינגז ווי סובגענאָמע.
דאָמעסטיקאַטיאָן און סעלעקטיוו סוויפּס
Aגאַנץ פון 16 ווילד טיפּ קרוסאַן קאַרפּס און 185 רעפּרעסענטאַטיוו גאָלדפיש וועריאַנץ זענען ריסייקוואַנס מיט אַ דורכשניטלעך סיקוואַנסינג טיף פון בעערעך 12.5 קס, דזשענערייטינג 4.3 טעראַבייסיז פון דאַטן. פאַלאָגענעטיק ריקאַנסטראַקשאַן און פּקאַ אַנאַליסיס באשטעטיקט אַ נעענטער באַציונג צווישן פּראָסט גאָלדפיש און קרוסיאַן קאַרפּ ווי אנדערע גאָלדפיש, וואָס יענער צעטיילט אין צוויי לינעאַגע.
Lדי פאַרפוילן אַנאַליסיס אויף אויבן פיר סאַבפּאַפּאַליישאַנז געשטיצט די עקזיסטענץ פון אַ באַפעלקערונג פון אַ באַפעלקערונג גענעטיק באַטאַלנעק בעשאַס די דאנעריש און שטאַרק קינסטלעך סעלעקציע אין גאָלדפיש. ינקרעאַסינג גענעטיק דייווערסיטי (π) פון קרוסיאַן קאַרפּ צו פּראָסט גאָלדפיש ווייַטער צו ווען גאָלד קלאָוז און יי גאָלדפיש איז אנגעוויזן אַ באַטייטיק אַקיומיאַליישאַן פון גענעטיק ווערייישאַנז בעשאַס זייער דאָמעסטיקאַציע. 50 סעלעקטיוו ויסקערן גענאָמיק רעגיאָנס קאַווערינג 25.2 מעגאבייטן און 946 גענעס זענען יידענאַפייד פון רעפּריזענאַטיוו דאַטן (33 גאָלדפיש און 16 הייַזקע קראַפּ). יקספּאַנדיז אַנאַליסיס צו 201 מענטשן, 393 גענעס אנגעוויזן מקומות פון געענדיקט סעלעקטיוו ויסקערן. די גענעס זענען געפֿונען פון נידעריק דייווערסיטי, וואָס זענען מסתּמא קאַנטריביוטיד צו די פענאָטיפּעס פֿאַרבונדן מיט הויפּט דאָמעסטיקיישאַן טרייץ אין גאָלדפיש.
Fig.3 גענאָמע-ברייט דאָמעסטיקאַטיאָן-פארבונדן אַנאַליסיס
גוואַס אויף דאָמעסטיקעד גאָלדפיש
Dאָרסאַל פלוספעדער איז אַ שליסל שטריך דיסטינגגווישיז ווען גאָלדפיש פון יי גאָלדפיש. גוואַס פון דאָרסאַל פלוספעדער אויף 96 ווען גאָלדפיש און 87 יי גאָלדפיש גילוי 378 קאַנדידאַט גענעס פאַרשפּרייטן אַריבער 13 טשראָמאָסאָומז און אַ אַניוואַן פאַרשפּרייטונג פון די גענעס צווישן סובגענאָמעס איז באמערקט. פאַנגקשאַנאַל אַנאַליסיס אויף די קאַנדידאַט גענעס כיילייטיד בייאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז אַרייַנגערעכנט "צעל ייבערפלאַך ריסעפּטאָר סיגנאַלינג", "Tenmermabanane transation", "סקעלעטאַל סיסטעם אנטוויקלונג", עטק.
פיגורעס פון קאָראַס פון דאָרסאַל פלוספעדער אויף דאָמעסטיקעד גאָלדפיש
IN Gwas פון טראַנספּעראַנט וואָג-פֿאַרבונדענע טרייץ, אַ איין שטאַרק אַססאָסיאַטיאָן שפּיץ איז געווען דיטעקטאַד. א דזשין קאָדירונג אַ טיראָסינע-פּראָטעין קינאַסע רעסעטאָר איז געווען יידענאַפייד אין איינער פון קאַנדידאַט מקומות.
Fig.5 Gwas פון טראַנספּעראַנט וואָג-פֿאַרבונדענע טרייץ
דערמאָנען
Cהון ד עט על. די עוואָלוטיאָנאַרי אָנהייב און דאָמעסטיקיישאַן געשיכטע פון גאָלדפיש (קאַראַססיוס אַוראַטוס). PNAS (2020)
נייַעס יימז צו טיילן די לעצטע געראָטן קאַסעס מיט ביאָמאַרקער טעקנאַלאַדזשיז, קאַפּטשערינג ראָמאַנטיש דערגרייכונגען ווי געזונט ווי באַוווסט טעקניקס און די לערנען.
פּאָסטן צייט: Jan-04-2022