גאַנץ גענאָמע ריסעקאַנינג
גענאָמיקס מאָניטאָרינג פון סאַרס-קאַוו -2 אַנקאַווערז אַן NSP1 דיליאַנט וואַריאַנט אַז מאַדזשאַלייץ טיפּ איך ינפעראָן ענטפער
Nanopore | Illumina | גאַנץ גענאָמע ריסייקאַנסינג | Metagenomics | RNA-SEQ | סאַנגער
ביאָמאַרקער טעקנאַלאַדזשיז צוגעשטעלט טעכניש שטיצן אויף מוסטער סיקוואַנסינג אין דעם לערנען.
כיילייץ
1. סאַרס-קאַאָוו-מאַראָמע סיקוואַנסינג און פילאַגעטיק אַנאַליסיס ידענטיפיצירן 35 ריקעראַנט מיוטיישאַנז אַרייַנגערעכנט 31 SNV און 4 ינדעלז.
2. פּאַראַססיאָן מיט 117 קליניש פענאָטיפּעס ריווילז פּאַטענטשאַלי
וויכטיק מיוטיישאַנז.
Δ500-532 אין NSP1 קאָדירונג געגנט קאָראַלייץ מיט נידעריקער וויראַל
3. פאַרוואָלקנלי און סערום יפטן β.
4. ווייראַל ייסאַלייץ מיט δ500-532 מיוטיישאַן פּוינט נידעריקער אויב איך
ענטפער אין די ינפעקטאַד סעלז.
יקספּערמענאַל פּלאַן
דערגרייכונגען
1. קאָוויד-19 עפּידעמיאַלאַדזשיקאַל און גענאָמיק סערוויילאַנס
קליניש דאַטן איז געזאמלט אין סיטשואַן פּראַווינס, טשיינאַ אַריבער די ויסברוך פון די ויסברוך פון 2220-238, 2020. א גאַנץ פון 538 קאָוויד -1 19 קאַסעס, 28.8% פון די פּראָווינץ הויפּטשטאָט. באשטעטיקט קאַסעס אין סיטשואַן געוואקסן עקספּאָונענשאַלי, שפּיציק אויף יאנואר 30. אויך דאַטן געשטיצט אַז געזעלשאַפטלעך דיסטאַנסינג קענען זיין אַ שליסל פאַקטאָר אין פּרעווענטינג ווירוס פאַרשפּרייטן.
פיגורע 1. עפּידעמיאָלאָגיקאַל לערנען פון קאָוויד 19 אין סיטשואַן פּראַווינס, טשיינאַ
2. סאַרס-קאָוו -2 גענענונג קאַנסטראַקשאַן און וועריאַנץ לעגיטימאַציע
מיט Multilex PCR פאַרברייונג איז נאכגעגאנגען דורך נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג, גאַנץ 310 לעבן אָדער פּאַרטיייש-גאַנץ גענאָמעס פון 248 פּאַטיענץ זענען געווען ריפּאָרטיד. 80% פון גענאָמעס באדעקט דורך 10 לייענט (מיינען טיפעניש: 0.39 עם לייענט פּער מוסטער).
פיגורע 2. אָפטקייַט פון יעדער וועריאַנץ אין די סיטשואַן קאָהאָרט
א גאַנץ פון 104 סנגס און 18 ינדעלס זענען יידענאַפייד פון סאַרס-קאָאָוו -2 דזשאָומז, אין וואָס 31 SNPS און 4 ינדעלז זענען יידענאַפייד ווי ריקעראַנט גענעטיק וועריאַנץ. דורך קאַמפּערינג זיי מיט 169 סאַמפּאַלז פון וווהאַן און מיט 81,391 הויך-קוואַליטעט פּרייז גענעם סיקוואַנסיז אין גיסאַיד, 29 פון די 35 וועריאַנץ געפֿונען דערלאנגט אין אנדערע קאַנטענט. ריסטראַבלי, פיר וועריאַנץ אַרייַנגערעכנט δ532, Acc18108at, δ729-737 און ט 13243 ק, זענען בלויז געפֿונען אין סיטשואַן און וווהאַן און וווהאַן און איר זענט נישט בייינג די אַרומפאָרן רעקאָרדס פון פּאַטיענץ.
עוואַלוניקאַרי אַנאַליסיס מיט מאַקסימום ליקעליהאָאָד (מל) אופֿן און Bayesian מאָלעקולאַר זייגער אַפּראָוטשיז איז געווען פּראַסעסט אויף 88 ניו ווירוס סטשואַן און 250 קוראַטעד גענוואַרג פון אנדערע מקומות פון אנדערע מקומות פון אנדערע מקומות פון אנדערע מקומות פון אנדערע מקומות פון אנדערע מקומות פון אנדערע מקומות. גענאָמעס מיט δ532 (דיליטיאָנס אין NSP1 קאָדירונג געגנט) זענען געפֿונען דיסטריביוטיד ספּאַרסלי אין די פילאָגענעטיק בוים. Haplotype אַנאַליסיס אויף NSP1 וועריאַנץ יידענאַפייד 5 פון זיי פון קייפל שטעט. די רעזולטאַטן סאַגדזשעסטיד אַז די δ500-532 פארגעקומען אין קייפל שטעט און קען זיין ימפּאָרטיד קייפל מאל פון וווהאַן.
פיגורע 2. ריקעראַנט גענעטיק וועריאַנץ און פילאָגענעטיק אַנאַליסיס אין די סאַרס-קאַוו -2 דזשומעס
3. פאַרבאַנד פון ריקעראַנט גענעטיק וועריאַנץ מיט קליניש ימפּלאַקיישאַנז
117 קליניש פענאָטיפּעס זענען פארבונדן מיט קאָוויד-19 שטרענגקייַט, ווו 19 שטרענגקייַט-פֿאַרבונדענע פענאָטיפּעס זענען קלאַסאַפייד אין שטרענג און ניט-שטרענג טרייץ. שייכות צווישן די טרייץ און 35 ריקעראַנט גענעטיק וועריאַנץ זענען וויואַלייזד אין די ביי-קנויל העאַטמאַפּ. א גסעאַ-ווי ראַנגקט ענריטשמענט אַנאַליסיס איז געוויזן אַז δ532 איז נעגאַטיוולי קאָראַלייטאַד מיט ESR, סערום יפט 3 + קד 8 + ה צעל קאַונץ אין די בלוט. דערצו, קפּקר טעסץ געוויזן אַז פּאַטיענץ ינפעקטאַד מיט ווירוס כאַרבערינג δ500-532 האט די העכסטן קאָרט ווערט, הייסט נידעריק נידעריק מאַסע.
פיגורע 3. אַסאָוסייישאַנז פון 35 ריקעראַנט גענעטיק וועריאַנץ מיט קליניש פענאָטיפּעס
4. וואַלאַדיישאַן אויף וויראַל מיוטיישאַן פֿאַרבונדן קליניש פענאָטיפּעס
צו פֿאַרשטיין די אַפעקץ די אַפעקץ פון δ532 אויף NSP1 פאַנגקשאַנז, העק 239 ט סעלז זענען טראַנספעקטעד מיט פּלאַסמוידס יקספּרעסינג פול-לענג, WT NSP1 און מוטאַנט פארמען מיט דילישאַנז. טראַנסקריפּטום פּראָופיילז פון יעדער באהאנדלט Hek239T סעלז זענען פּראַסעסט פֿאַר פּקאַ אַנאַליסיס, ווייַזונג די דילישאַן מיוטאַנץ קלאַסטערד לעפיערעך נעענטער און זענען באטייטיק אַנדערש פון WT NSP1. די גענעס וואָס זענען באטייטיק אַפּרעגיאַלייטיד אין די מיוטאַנץ געווען דער הויפּט ענריטשט אין "פּעפּטייד ביאָסיטעטיק / מעטאַבאַליק פּראָצעס", "ריבונוקלעאָפּראָוטין קאָמפּלעקס ביאָגענעסיס", עטק ", עטק", עטק ", עטק", עטק ", עטק.
פיגורע 4. טראַנסקריפּטאַרט אַנאַליסיס אויף העק 239 ט סעלז טראַנספעקטעד דורך WT NSP1 און אַז מיט דילישאַנז
די אַפעקץ פון דילישאַנז אויף IFN-1 ענטפער איז אויך טעסטעד אין אָוווערעקפּרעססעד לערנען. כל טעסטעד דילישאַנז זענען געוויזן צו רעדוצירן ifn-1 רעפּסעס אין טראַנספעקטעד העק 239 ט און A549 סעלז ביי ביידע טראַנסקריפּטיאָן מדרגה און פּראָטעין מדרגה. ינטערעסטינגלי, די באטייטיק אַראָפּ-רעגיאַלייטאַד גענעס אין דילישאַנז זענען ענריטשט אין "פאַרטיידיקונג ענטפער צו ווירוס", "רעגולירן פון טראַנסקריפּציע דורך רנאַ פּאָלימעראַסע וו" ענטפער צו טיפּ איך ינפעראָאָן ".
פיגורע 5. אַראָפּ רעגולירן פון ינטערפעראָן סיגנאַלינג פּאַטווייז אין δ500-532 מוטאַנט
אין דעם לערנען, די פּראַל פון די דילישאַנז אויף ווירוס זענען ווייַטער באשטעטיקט דורך וויראַל ינפעקציע שטודיום. ווירוסעס מיט געוויסע מיוטאַנץ געווען אפגעזונדערט פון קליניש סאַמפּאַלז און ינפעקטאַד צו קאַלו -3 סעלז. דיטיילד רעזולטאַטן פון וויראַל ינפעקציע לערנען קענען זיין לייענען אין די פּאַפּיר.
דאָי:10.1016 / J.Chom.2021.01.015
דערמאָנען
לין דזש, טאַנג C, וויי ה עט על. גענאָמיק מאָניטאָרינג פון סאַרס-קאָאָוו-2 אַנקאָווערס אַן NSP1 דיליאַנט וואַריאַנט אַז מאַדזשאַלייץ טיפּ איך ינפעראָן ענטפער [דזש]. קאַמער האָסט & מיקראָב, 2021.
נייַעס און כיילייץ יימז צו טיילן די לעצטע געראָטן קאַסעס מיט ביאָמאַרקער טעקנאַלאַדזשיז, קאַפּטשערינג ראָמאַנטיש דערגרייכונגען ווי געזונט ווי באַוווסט טעקניקס און די לערנען.
פּאָסטן צייט: Jan-06-2022