דע נאָוואָ פונגאַל גענאָמע פֿאַרזאַמלונג
במקגענע אָפפערס וועראַטאַל סאַלושאַנז פֿאַר פונגאַל דזשאַנאַמז, קייטערינג צו דייווערס פאָרשונג דאַרף און געוואלט גענעם קאַמפּליטנאַס. ניצן קורץ-לייענען ילומאַ סיקוואַנסינג אַליין אַלאַוז די דור פון אַ פּלאַן גענאָמע. קורץ-לייענט און לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג ניצן Nanopore אָדער Pacbio זענען קאַמביינד פֿאַר אַ מער ראַפינירט פונגאַל גענאָמע מיט מער קאַנאַרדס. דערצו, ינטאַגרייטינג הי סע סעקווענסינג ווייַטער ימפּרוווז די קייפּאַבילאַטיז, אַלאַוינג די דערגרייה פון אַ גאַנץ כראָמאָסאָם-מדרגה גענאָמע.
סערוויס פֿעיִקייטן
מיט דריי מעגלעך אָפּציעס צו קלייַבן פון דיפּענדינג אויף די געבעטן גראַד פון גענעם קאַמפּליטנאַס:
● פּלאַן גענאָמע אָפּציע: קורץ-לייענען סיקוואַנסינג מיט יללומאַ נאָוואַסעק פּע 150.
● פונגאַל פייַן גענאָמע אָפּציע:
גענאָמע יבערבליק: Illumina Novaseq PE150.
גענאָמע פֿאַרזאַמלונג: פּאַקביאָ רעוואָאָ (היפי לייענט) אָדער נאַנאָפּאָרע פּראָמעטהיאָן 48.
● טשראָמאָסאָם-מדרגה פונגאַל גענאָמע:
גענאָמע יבערבליק: Illumina Novaseq PE150.
גענאָמע פֿאַרזאַמלונג: פּאַקביאָ רעוואָאָ (היפי לייענט) אָדער נאַנאָפּאָרע פּראָמעטהיאָן 48.
Contig אַנקערינג מיט הי-C פֿאַרזאַמלונג.
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
●קייפל סיקוואַנסינג סטראַטעגיעס: פֿאַר פאַרשידענע פאָרשונג גאָולז און רעקווירעמענץ פון גענעם קאַמפּליטנאַס
●גאַנץ ביאָינפאָרמאַטיקס וואָרקפלאָוו:דאָס כולל גענאָמע פֿאַרזאַמלונג און די פּראָגנאָז פון קייפל גענאָמיק עלעמענטן, פאַנגקשאַנאַל דזשין פּרעדיק אַנאָטאַציע, און קאַנטיג אַנקערינג.
●עקסטענסיווע עקספּערטיז: מיט איבער 12,000 מייקראָוביאַל גענאָמעס אַסעמבאַלד, מיר ברענגען איבער אַ יאָרצענדלינג פון דערפאַרונג, אַ העכסט באָקע אַנאַליסיס מאַנשאַפֿט, פולשטענדיק אינהאַלט, און ויסגעצייכנט סערוויסעס שטיצן.
●שטיצן פֿאַר פּאָסטן-פארקויפונג:אונדזער היסכייַוועס יקסטענדז ווייַטער פון די פּרויעקט קאַמפּלישאַן מיט אַ 3-חודש נאָך-פאַרקויף דינסט צייַט. אין דעם צייט, מיר פאָרשלאָגן פּרויעקט נאָכפאָלגן, טראָובלעשאָאָטינג הילף, און ק & א סעשאַנז צו אַדרעס קיין פֿראגן שייך צו די רעזולטאַטן.
סערוויס ספּעסאַפאַקיישאַנז
| דינסט | סיקוואַנסינג סטראַטעגיע | קוואַליטעט קאָנטראָל |
| פּלאַן גענאָמע | ילומאַ פּ ע 150 100 קס | Q3085% |
| פייַן גענאָמע | גענאָמע יבערבליק: ילומאַנאַ פּע 1550 50 רענטגענ אַסעמבלי: פּאַקביאָ HiFi 30x אָדער Nanopore 100x | קאָנטיג N50 ≥1 מב (פּאַקביאָ וניקעללולאַר) Contig N50 ≥2 מב (unt unicellullulp) קאָנטיג N50 ≥500 קב (אנדערע) |
| כראָמאָסאָם-לעוועל גענאָמע | גענאָמע יבערבליק: ילומאַנאַ פּע 1550 50 רענטגענ אַסעמבלי: פּאַקביאָ HiFi 30x אָדער Nanopore 100x הי-C פֿאַרזאַמלונג 100 קס | Contig אַנקערינג פאַרהעלטעניש> 90%
|
סערוויס רעקווירעמענץ
| קאָנסענטראַטיאָן (נג / μ ל) | גאַנץ סומע (μ ג) | באַנד (μL) | אָד 260/280 | אָד 260/230 | |
| פּאַקביאָ | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| נאַנאָפּאָרע | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| ילומאַ | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
וניקעללולאַר פונגוס: ≥3.5x1010 סעלז
מאַקראָו פונגוס: ≥10 ג
סערוויס אַרבעט לויפן
מוסטער עקספּרעס
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטן אַנאַליסיס
נאָך-פאַרקויף באַדינונגס
כולל די פאלגענדע אַנאַליסיס:
גענאָמע יבערבליק:
- סיקוואַנסינג דאַטן קוואַליטעט קאָנטראָל
- גענאָמע אָפּשאַצונג: גרייס, העטעראָזיגאָסיטי פון גענאָושאַטיוו, און ריפּעטיטיוו עלעמענטן
פייַן גענאָמע פֿאַרזאַמלונג:
- סיקוואַנסינג דאַטן קוואַליטעט קאָנטראָל
- דע נאָוואָאַסיפע
- גענאָמע קאָמפּאָנענט אַנאַליסיס: פּראָגנאָז פון קאָמפּאַקטדיסק און קייפל גענאָמיק עלעמענטן
- פאַנגקשאַנאַל אַנאָטאַציע מיט קייפל אַלגעמיינע דאַטאַבייסיז (גיין, קאַג, אאז"ו ו) און אַוואַנסירטע דאַטאַבייסיז (קאָרט, וופדב, עטק.)
הי-C פֿאַרזאַמלונג:
- הי-C ביבליאָטעק אַסעסמאַנט.
- קאַנטערז אַנגקערינג קלאַסטערינג, אָרדערינג און אָריענטינג
- עוואַלואַטיאָן פון הי-C פֿאַרזאַמלונג: באזירט אויף דערמאָנען גענענונג און היץ מאַפּע
גענאָמע יבערבליק: k-mir פאַרשפּרייטונג
גענאָמע פֿאַרזאַמלונג: דזשין כאָולאַלאַדזשישאַס אַנאַטיישאַן (נר דאַטאַבייס)
גענאָמע פֿאַרזאַמלונג: פאַנגקשאַנאַל דזשין אַנאָטאַציע (גיין)
ויספאָרשן די מערסט פאַסילאַטייטיד דורך BMKGene ס פונגאַל גענעם פֿאַרזאַמלונג באַדינונגס דורך אַ געהאלטן זאַמלונג פון אויסגאבעס.
האַאָ, דזש. עט על. (2023) 'ינאַגרייטיד אָמיק פּראָפילינג פון די מאַדיסאַנאַל שוועמל ינאָנאָטוס אַבליקס. אונטער סאַבמערדזשד טנאָים',במק גענאָמיקס, 24 (1), פּפּ. 1-12. DOI: 10.1186 / S12864-023-09656-ז / פיגיערז / 3.
לו, ל עט על. (2023) 'גענאָמע סיקוואַנסינג ריווילז די עוואָלוציע און פּאַטאַדזשעניק מעקאַניזאַמז פון ווייץ שאַרף ייזעפּאָט פּאַטאַדזשערז',די גערעטעניש זשורנאַל, 11 (2), פּפּ. 405-416. DOI: 10.1016 / J.CJ.2022.07.08.
זשאַנג, ה. עט על. (2023) 'גענעם רעסורסן פֿאַר פיר קלאַרירעעדיאַ מינים קאָזינג דאָלאַר אָרט אויף דייווערס טורפרייווז',פּלאַנט קרענק, 107 (3), פּפּ. 929-934. DOI: 10.1094 / PDIS-08-22-1921 - א
זשאַנג, סס עט על. (2023) 'גענעטיק און מאָלעקולאַר באַווייַזן פון אַ טעטראַפּאָלאַר מייטינג סיסטעם אין די עסןבאָל שוועמל גריפאָלאַ פראַנדאָסאַ',זשורנאַל פון פאַנדזשיי, 9 (10), פּ. 959. DOI: 10.3390 / JOF9100959 / S1.
