BMKMANU S3000_ספּיטאַל טראַנסקריפּטאָמע
BMKMANU S3000 ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמע טעכניש סקים
פֿעיִקייטן
- האַכלאָטע: 3.5 μM
- אָרט דיאַמעטער: 2.5 μM
- נומער פון ספּאַץ: בעערעך 4 מיליאָן
- 3 מעגלעך כאַפּן שטח פֿאָרמאַטירונגען: 6.8 מם * 6.8 מם, 11 מם * 11 מם אָדער 15 מם * 20 מם
- יעדער באַרקאָדעד קרעל איז לאָודיד מיט אָנפאַנגער קאַמפּאָוזד פון 4 סעקשאַנז:
• פּאָלי (דט) עק פֿאַר מרנאַ פּרימינג און קדנאַ סינטעז,
• יינציק מאָלעקולאַר ידענטיפיער (UMI) צו ריכטיק אַמפּלאַפאַקיישאַן פאָרורטייל
• ספּיישאַל באַרקאָדע
• ביינדינג סיקוואַנס פון פּאַרטיייש לייענען 1 סיקוואַנסינג אָנפאַנגער
- ה & E און פלורעסאַנט סטיינינג פון סעקשאַנז
- מעגלעכקייט צו נוצן צעל סעגמענטאַטיאָן טעכנאָלאָגיע: ינאַגריישאַן פון H&E סטיינינג, פלורעסאַנט סטיינינג און רנאַ סיקוואַנסינג צו באַשטימען די באַונדריז פון יעדער צעל און ריכטיק באַשטימען די דזשין אויסדרוק צו יעדער צעל. פּראַסעסינג דאַונסטרים ספּיישאַל פּראָפילינג אַנאַליסיס באזירט אויף צעל בין.
- מעגלעך צו דערגרייכן מולטילעוועל האַכלאָטע אַנאַליסיס: פלעקסאַבאַל מולטי-מדרגה אַנאַליסיס ריינדזשינג פון 100ום צו 3.5 אַם צו באַשליסן פאַרשידן געוועב פֿעיִקייטן אין אָפּטימאַל האַכלאָטע.
אַדוואַנטאַגעס פון BMKMANU S3000
-דאַבלינג פון כאַפּן ספּאַץ צו 4 מיליאָן: מיט אַ ימפּרוווד האַכלאָטע פון 3.5 uM, לידינג צו העכער דזשין און UMI דיטעקשאַן פּער צעל. דאָס רעזולטאַטן אין ימפּרוווד קלאַסטערינג פון סעלז באזירט אויף טראַנסקריפּטיאָנאַל פּראָופיילז, מיט פיינער דעטאַל וואָס גלייַכן די געוועב סטרוקטור.
- סוב-סעללולאַר האַכלאָטע:יעדער כאַפּן געגנט קאַנטיינד> 2 מיליאָן ספּיישאַל באַרקאָדעד ספּאַץ מיט אַ דיאַמעטער פון 2.5 μm און אַ ספּייסינג פון 5 μm צווישן אָרט סענטערס, וואָס אַלאַוז ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמע אַנאַליסיס מיט סאַב-סעללולאַר האַכלאָטע (5 μm).
-מולטי-לעוועל האַכלאָטע אַנאַליסיס:פלעקסאַבאַל מאַלטי-מדרגה אַנאַליסיס ריינדזשינג פון 100 μם צו 5 μם צו האַלטן דייווערס געוועב פֿעיִקייטן אין אָפּטימאַל האַכלאָטע.
—מעגלעכקייט צו נוצן "דריי אין איין רוק" צעל סעגמענטאַטיאָן טעכנאָלאָגיע:אונדזער "דריי-אין-איין" אַנאַליסיס אַלגערידאַם ימפּאַוערז די לעגיטימאַציע פון צעל באַונדריז פֿאַר סאַבסאַקוואַנט צעל-באזירט טראַנסקריפּטאָמיקס.
—קאַמפּאַטאַבאַל מיט קייפל סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמס: ביידע NGS און לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג בנימצא.
—פלעקסאַבאַל פּלאַן פון 1-8 אַקטיוו כאַפּן שטח: די גרייס פון די כאַפּן שטח איז פלעקסאַבאַל, עס איז מעגלעך צו נוצן 3 פֿאָרמאַטירונגען (6.8 מם * 6.8 מם., 11 מם * 11 מם און 15 מם * 20 מם)
—איין-האַלטן דינסט: ינטאַגרייץ אַלע דערפאַרונג און סקילז-באזירט סטעפּס, אַרייַנגערעכנט קריאָ-סעקשאַן, סטיינינג, געוועב אַפּטאַמאַזיישאַן, ספּיישאַל באַרקאָדינג, ביבליאָטעק צוגרייטונג, סיקוואַנסינג און ביאָינפאָרמאַטיקס.
—פולשטענדיק ביאָינפאָרמאַטיקס און באַניצער-פרייַנדלעך וויזשוואַלאַזיישאַן פון רעזולטאַטן:פּעקל כולל 29 אַנאַליזעס און 100+ הויך-קוואַליטעט פיגיערז, קאַמביינד מיט די נוצן פון ינכאַוס דעוועלאָפּעד ווייכווארג צו וויזשוואַלייז און קאַסטאַמייז צעל ספּליטינג און אָרט קלאַסטערינג.
—קאַסטאַמייזד דאַטן אַנאַליסיס און וויזשוואַלאַזיישאַן: בנימצא פֿאַר פאַרשידענע פאָרשונג ריקוועס
—העכסט באָקע טעכניש מאַנשאַפֿט: מיט דערפאַרונג אין איבער 250 געוועב טייפּס און 100+ מינים אַרייַנגערעכנט מענטשן, מויז, מאַמאַל, פיש און געוויקסן.
—פאַקטיש-צייט דערהייַנטיקונגען אויף די גאנצע פּרויעקט: מיט פול קאָנטראָל פון יקספּערמענאַל פּראָגרעס.
—אָפּטיאָנאַל שלאָס אַנאַליסיס מיט איין-צעל מרנאַ סיקוואַנסינג
סערוויס ספּעסאַפאַקיישאַנז
| מוסטער רעקווירעמענץ | ביבליאָטעק | סיקוואַנסינג סטראַטעגיע | דאַטאַ רעקאַמענדיד | קוואַליטי קאָנטראָל |
| אָקט-עמבעדיד קריאָ סאַמפּאַלז (אָפּטימאַל דיאַמעטער: בעערעך 6 × 6 × 6 מם³) 2 בלאַקס פּער מוסטער 1 פֿאַר עקספּערימענט, 1 פֿאַר באַקאַפּ | S3000 cDNA ביבליאָטעק | Illumina PE150 | 160K PE לייענען פּער 100υM (250 Gb) | RIN> 7 |
פֿאַר מער דעטאַילס וועגן מוסטער צוגרייטונג גיידאַנס און סערוויס וואָרקפלאָוו, ביטע פילן פריי צו רעדן צו אַBMKGENE מומחה
סערוויס אַרבעט לויפן
אין דער מוסטער צוגרייטונג פאַסע, אַן ערשט פאַרנעם רנאַ יקסטראַקשאַן פּראָצעס איז דורכגעקאָכט צו ענשור אַ הויך-קוואַליטעט רנאַ קענען זיין באקומען. אין די געוועב אַפּטאַמאַזיישאַן בינע, די סעקשאַנז זענען סטיינד און וויזשוואַלייזד און די פּערמיאַבאַליזיישאַן טנאָים פֿאַר מרנאַ מעלדונג פון געוועב זענען אָפּטימיזעד. דער אָפּטימיזעד פּראָטאָקאָל איז דעמאָלט געווענדט בעשאַס ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן, נאכגעגאנגען דורך סיקוואַנסינג און דאַטן אַנאַליסיס.
די פולשטענדיק סערוויס וואָרקפלאָוו ינוואַלווז פאַקטיש-צייט דערהייַנטיקונגען און קליענט קאַנפערמיישאַנז צו האַלטן אַ אָפּרופיק באַמערקונגען שלייף, ינשורינג גלאַט דורכפירונג פון די פּרויעקט.
די דאַטן דזשענערייטאַד דורך BMKMANU S3000 זענען אַנאַלייזד מיט די ווייכווארג "BSTMatrix", וואָס איז ינדיפּענדאַנטלי דיזיינד דורך BMKGENE, דזשענערייטינג אַ צעל מדרגה און מולטילעוועל האַכלאָטע גענע עקספּרעססיאָן מאַטריץ. פֿון דאָרט, אַ נאָרמאַל באַריכט איז דזשענערייטאַד וואָס כולל דאַטן קוואַליטעט קאָנטראָל, ינער מוסטער אַנאַליסיס און ינטער-גרופּע אַנאַליסיס.
- דאַטאַ קוואַליטי קאָנטראָל:
- דאַטאַ רעזולטאַט און פאַרשפּרייטונג פון קוואַליטעט כעזשבן
- דזשין דיטעקשאַן פּער אָרט
- געוועב קאַווערידזש
- ינער מוסטער אַנאַליסיס:
- גענע רייכקייט
- ספּאָט קלאַסטערינג, אַרייַנגערעכנט רידוסט ויסמעסטונג אַנאַליסיס
- אַנאַליסיס פון דיפערענטשאַל אויסדרוק צווישן קלאַסטערז: לעגיטימאַציע פון מאַרקער גענעס
- פאַנגקשאַנאַל אַנאַטיישאַן און ענריטשמענט פון מאַרקער גענעס
- ינטער-גרופּע אַנאַליסיס
- שייַעך-קאָמבינאַטיאָן פון ספּאַץ פון ביידע סאַמפּאַלז (למשל קראַנק און קאָנטראָל) און שייַעך-קנויל
- לעגיטימאַציע פון מאַרקער גענעס פֿאַר יעדער קנויל
- פאַנגקשאַנאַל אַנאַטיישאַן און ענריטשמענט פון מאַרקער גענעס
- דיפערענטשאַל אויסדרוק פון דער זעלביקער קנויל צווישן גרופּעס
אַדדיטיאָנאַללי, די BMKGene דעוועלאָפּעד "BSTViewer" איז אַ באַניצער-פרייַנדלעך געצייַג וואָס ינייבאַלז די באַניצער צו וויזשוואַלייז די דזשין אויסדרוק און אָרט קלאַסטערינג אין פאַרשידענע רעזאַלושאַנז.
BMKGene אָפפערס ספּיישאַל פּראָפילינג באַדינונגס מיט גענוי איין-צעל האַכלאָטע (באזירט אויף צעל בין אָדער מולטילעוועל קוואַדראַט בין פון 100ום צו 3.5ום).
ספּיישאַל פּראָפילינג דאַטן פון געוועב סעקשאַנז אויף S3000 רוק דורכגעקאָכט געזונט ווי אונטן.
פאַל לערנען 1: מויז מאַרך
אַנאַליסיס פון אַ מויז מאַרך אָפּטיילונג מיט S3000 ריזאַלטיד אין די לעגיטימאַציע פון ~ 94 000 סעלז, מיט אַ מידיאַן סיקוואַנסינג פון ~ 2000 גענעס פּער צעל. די ימפּרוווד האַכלאָטע פון 3.5 uM ריזאַלטיד אין אַ זייער דיטיילד קלאַסטערינג פון די סעלז באזירט אויף טראַנסקריפּציע פּאַטערנז, מיט די קלאַסטערז פון סעלז מימיקינג די מאַרך דיפערענשיייטאַד סטראַקטשערז. דאָס איז לייכט באמערקט דורך וויזשוואַלייזינג די פאַרשפּרייטונג פון סעלז קלאַסטערד ווי אָליגאָדענדראָסיטעס און מיקראָגליאַ סעלז, וואָס זענען כּמעט אויסשליסלעך אין גרוי און ווייַס ענין ריספּעקטיוולי.
פאַל לערנען 2: מויז עמבריאָ
אַנאַליסיס פון אַ מויז עמבריאָ אָפּטיילונג מיט S3000 ריזאַלטיד אין די לעגיטימאַציע פון ~ 2200 000 סעלז, מיט אַ מידיאַן סיקוואַנסינג פון ~ 1600 גענעס פּער צעל. די ימפּרוווד האַכלאָטע פון 3.5 uM ריזאַלטיד אין אַ זייער דיטיילד קלאַסטערינג פון די סעלז באזירט אויף טראַנסקריפּציע פּאַטערנז, מיט 12 קלאַסטערז אין דער געגנט פון די אויג און 28 קלאַסטערז אין דער געגנט פון דעם מאַרך.
ינער מוסטער אַנאַליסיס צעל קלאַסטערינג:
לעגיטימאַציע פון מאַרקער גענעס און ספּיישאַל פאַרשפּרייטונג:
- העכער סאַב-סעללולאַר האַכלאָטע: קאַמפּערד מיט S1000 רוק, יעדער כאַפּן שטח פון S3000 קאַנטיינד> 4 מיליאָן ספּיישאַל באַרקאָדעד ספּאַץ מיט אַ דיאַמעטער פון 2.5 μm און אַ דיסטאַנסע פון 3.5 μm צווישן אָרט סענטערס, געבן ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמע אַנאַליסיס מיט העכער סאַב-סעללולאַר האַכלאָטע (קוואַדראַט בין: 3.5 μם).
- העכער כאַפּן עפעקטיווקייַט: קאַמפּערד מיט S1000 רוק, Median_UMI פאַרגרעסערן פון 30% צו 70%, Median_Gene פאַרגרעסערן פון 30% צו 60%
סכעמע פון S1000 שפּאָן:
סכעמע פון S3000 שפּאָן:
