BMKMANU S1000 ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמע
BMKMANU S1000 ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמע טעכניש סקים
פֿעיִקייטן
● האַכלאָטע: 5 μם
● אָרט דיאַמעטער: 2.5 μמ
● נומער פון ספּאַץ: בעערעך 2 מיליאָן
● 3 מעגלעך כאַפּן שטח פֿאָרמאַטירונגען: 6.8 מם * 6.8 מם, 11 מם * 11 מם אָדער 15 מם * 20 מם
● יעדער באַרקאָדעד קרעל איז לאָודיד מיט אָנפאַנגער קאַמפּאָוזד פון 4 סעקשאַנז:
פּאָלי (דט) עק פֿאַר mRNA פּריימינג און cDNA סינטעז
יינציק מאָלעקולאַר לעגיטימאַציע (UMI) צו ריכטיק אַמפּלאַפאַקיישאַן פאָרורטייל
ספּיישאַל באַרקאָדע
ביינדינג סיקוואַנס פון פּאַרטיייש לייענען 1 סיקוואַנסינג אָנפאַנגער
● ה & E און פלורעסאַנט סטיינינג פון סעקשאַנז
● מעגלעכקייט צו נוצןצעל סעגמענטאַטיאָן טעכנאָלאָגיע: ינטאַגריישאַן פון H&E סטיינינג, פלורעסאַנט סטיינינג און רנאַ סיקוואַנסינג צו באַשטימען די באַונדריז פון יעדער צעל און ריכטיק באַשטימען דזשין אויסדרוק צו יעדער צעל.
אַדוואַנטאַגעס פון BMKMANU S1000
●סוב-סעללולאַר האַכלאָטע: יעדער כאַפּן שטח קאַנטיינד> 2 מיליאָן ספּיישאַל באַרקאָדעד ספּאַץ מיט אַ דיאַמעטער פון 2.5 μm און אַ ספּייסינג פון 5 μm צווישן אָרט סענטערס, וואָס אַלאַוז ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמע אַנאַליסיס מיט סאַב-סעללולאַר האַכלאָטע (5 μm).
●מולטי-לעוועל האַכלאָטע אַנאַליסיס:פלעקסאַבאַל מאַלטי-מדרגה אַנאַליסיס ריינדזשינג פון 100 μם צו 5 μם צו האַלטן פאַרשידן געוועב פֿעיִקייטן אין אָפּטימאַל האַכלאָטע.
● מעגלעכקייט צו נוצן "דריי אין איין רוק" צעל סעגמענטאַטיאָן טעכנאָלאָגיע:אונדזער "דריי-אין-איין" אַנאַליסיס אַלגערידאַם ימפּאַוערז די לעגיטימאַציע פון צעל באַונדריז פֿאַר סאַבסאַקוואַנט צעל-באזירט טראַנסקריפּטאָמיקס.
●קאַמפּאַטאַבאַל מיט קייפל סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמס: ביידע NGS און לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג בנימצא.
●פלעקסאַבאַל פּלאַן פון 1-8 אַקטיוו קאַפּטורע שטח: די גרייס פון די כאַפּן שטח איז פלעקסאַבאַל, עס איז מעגלעך צו נוצן 3 פֿאָרמאַטירונגען (6.8 מם * 6.8 מם., 11 מם * 11 מם און 15 מם * 20 מם)
●איין-האַלטן סערוויס: עס ינטאַגרייץ אַלע דערפאַרונג און סקילז-באזירט סטעפּס, אַרייַנגערעכנט קריאָ-סעקשאַן, סטיינינג, געוועב אַפּטאַמאַזיישאַן, ספּיישאַל באַרקאָדינג, ביבליאָטעק צוגרייטונג, סיקוואַנסינג און ביאָינפאָרמאַטיקס.
●פולשטענדיק ביאָינפאָרמאַטיקס און באַניצער-פרייַנדלעך וויזשוואַלאַזיישאַן פון רעזולטאַטן:פּעקל כולל 29 אַנאַליזעס און 100+ הויך-קוואַליטעט פיגיערז, קאַמביינד מיט די נוצן פון ינכאַוס דעוועלאָפּעד ווייכווארג צו וויזשוואַלייז און קאַסטאַמייז צעל ספּליטינג און אָרט קלאַסטערינג.
●קאַסטאַמייזד דאַטאַ אַנאַליסיס און וויסואַליזאַטיאָן: בנימצא פֿאַר פאַרשידענע פאָרשונג ריקוועס
●העכסט באָקע טעכניש מאַנשאַפֿט: מיט דערפאַרונג אין איבער 250 געוועב טייפּס און 100+ מינים אַרייַנגערעכנט מענטשן, מויז, מאַמאַל, פיש און געוויקסן.
●פאַקטיש-צייט דערהייַנטיקונגען אויף גאַנץ פּראָיעקט: מיט פול קאָנטראָל פון יקספּערמענאַל פּראָגרעס.
●אָפּטיאָנאַל דזשאָינט אַנאַליסיס מיט איין-צעל מרנאַ סיקוואַנסינג
סערוויס ספּעסאַפאַקיישאַנז
|
מוסטער רעקווירעמענץ
| ביבליאָטעק |
סיקוואַנסינג סטראַטעגיע
| דאַטן רעקאַמענדיד | קוואַליטי קאָנטראָל |
| אָקט-עמבעדיד קריאָ סאַמפּאַלז, 3 בלאַקס פּער מוסטער | S1000 cDNA ביבליאָטעק | Illumina PE150 (אנדערע פּלאַטפאָרמס בנימצא) | 100K PE לייענט פּער 100 ועם (60-150 גיגאבייט) | רין>7 |
פֿאַר מער דעטאַילס וועגן מוסטער צוגרייטונג גיידאַנס און סערוויס וואָרקפלאָוו, ביטע פילן פריי צו רעדן צו אַBMKGENE מומחה
סערוויס אַרבעט לויפן
אין דער מוסטער צוגרייטונג פאַסע, אַן ערשט פאַרנעם רנאַ יקסטראַקשאַן פּראָצעס איז דורכגעקאָכט צו ענשור אַ הויך-קוואַליטעט רנאַ קענען זיין באקומען. אין די געוועב אַפּטאַמאַזיישאַן בינע, די סעקשאַנז זענען סטיינד און וויזשוואַלייזד און די פּערמיאַבאַליזיישאַן טנאָים פֿאַר מרנאַ מעלדונג פון געוועב זענען אָפּטימיזעד. דער אָפּטימיזעד פּראָטאָקאָל איז דעמאָלט געווענדט בעשאַס ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן, נאכגעגאנגען דורך סיקוואַנסינג און דאַטן אַנאַליסיס.
די פולשטענדיק סערוויס וואָרקפלאָוו ינוואַלווז פאַקטיש-צייט דערהייַנטיקונגען און קליענט קאַנפערמיישאַנז צו האַלטן אַ אָפּרופיק באַמערקונגען שלייף, ינשורינג גלאַט דורכפירונג פון די פּרויעקט.
די דאַטן דזשענערייטאַד דורך BMKMANU S1000 זענען אַנאַלייזד מיט די ווייכווארג "BSTMatrix", וואָס איז ינדיפּענדאַנטלי דיזיינד דורך BMKGENE, דזשענערייטינג אַ גענע עקספּרעססיאָן מאַטריץ. פֿון דאָרט, אַ נאָרמאַל באַריכט איז דזשענערייטאַד וואָס כולל דאַטן קוואַליטעט קאָנטראָל, ינער מוסטער אַנאַליסיס און ינטער-גרופּע אַנאַליסיס.
● דאַטאַ קוואַליטי קאָנטראָל:
דאַטאַ רעזולטאַט און קוואַליטעט כעזשבן פאַרשפּרייטונג
גענע דיטעקשאַן פּער אָרט
געוועב קאַווערידזש
● ינער מוסטער אַנאַליסיס:
גענע רייכקייט
אָרט קלאַסטערינג, אַרייַנגערעכנט רידוסט ויסמעסטונג אַנאַליסיס
אַנאַליסיס פון דיפערענטשאַל אויסדרוק צווישן קלאַסטערז: לעגיטימאַציע פון מאַרקער גענעס
פאַנגקשאַנאַל אַנאַטיישאַן און ענריטשמענט פון מאַרקער גענעס
● ינטער-גרופּע אַנאַליסיס:
שייַעך-קאָמבינאַטיאָן פון ספּאַץ פון ביידע סאַמפּאַלז (למשל קראַנק און קאָנטראָל) און שייַעך-קנויל
לעגיטימאַציע פון מאַרקער גענעס פֿאַר יעדער קנויל
פאַנגקשאַנאַל אַנאַטיישאַן און ענריטשמענט פון מאַרקער גענעס
דיפערענטשאַל אויסדרוק פון דער זעלביקער קנויל צווישן גרופּעס
אַדדיטיאָנאַללי, BMKGENE דעוועלאָפּעד "BSTViewer" איז אַ באַניצער-פרייַנדלעך געצייַג וואָס ינייבאַלז די באַניצער צו וויזשוואַלייז די דזשין אויסדרוק און אָרט קלאַסטערינג אין פאַרשידענע רעזאַלושאַנז.
BMKGene דעוועלאָפּעד ווייכווארג פֿאַר באַניצער-פרייַנדלעך וויזשוואַלאַזיישאַן
BSTViewer אָרט קלאַסטערינג אין מאַלטי-מדרגה האַכלאָטע
BSTcellViewer: אָטאַמאַטיק און מאַנואַל צעל ספּליטינג
ינער-מוסטער אַנאַליסיס
אָרט קלאַסטערינג:
לעגיטימאַציע פון מאַרקער גענעס און ספּיישאַל פאַרשפּרייטונג:
ינטער-גרופּע אַנאַליסיס
דאַטן קאָמבינאַציע פון ביידע גרופּעס און שייַעך-קנויל:
מאַרקער גענעס פון נייַע קלאַסטערז:
ויספאָרשן די אַדוואַנטידזשיז פאַסילאַטייטיד דורך BMKGene ס ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמיקס באַדינונגס מיט די BMKManu S1000 טעכנאָלאָגיע אין דעם פיטשערד ויסגאַבע:
ליד, X. עט על. (2023) 'ספּיטאַל טראַנסקריפּטאָמיקס ריווילז ליכט-ינדוסט טשלאָרענטשימאַ סעלז ינוואַלווד אין פּראַמאָוטינג דרייען רידזשענעריישאַן אין פּאָמידאָר קאַללוס',פאַרהאַנדלונג פון די נאַשאַנאַל אַקאַדעמי פון ססיענסעס פון די פאַרייניקטע שטאַטן פון אַמעריקע, 120(38), פּ. ע2310163120. דאָי: 10.1073/פּנאַס.2310163120
איר, י. עטק. (2023) 'סיסטאַמאַטיק פאַרגלייַך פון סיקוואַנסינג-באזירט ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמיק מעטהאָדס',bioRxiv, ז . 2023.12.03.569744. דאָי: 10.1101/2023.12.03.569744.
