Giải trình tự bisulfit toàn bộ bộ gen (WGBS)
Giải trình tự bisulfite toàn bộ bộ gen (WGBS) là phương pháp tiêu chuẩn vàng để khám phá chuyên sâu quá trình methyl hóa DNA, đặc biệt là vị trí thứ năm trong cytosine (5-mC), một yếu tố điều chỉnh quan trọng biểu hiện gen và hoạt động của tế bào. Nguyên tắc cơ bản của WGBS liên quan đến việc xử lý bisulfite, tạo ra sự chuyển đổi các cytosine không được methyl hóa thành uracil (C thành U), trong khi không thay đổi các cytosine bị methyl hóa. Kỹ thuật này cung cấp độ phân giải bazơ đơn, cho phép các nhà nghiên cứu điều tra toàn diện hệ methylome và phát hiện ra các kiểu methyl hóa bất thường liên quan đến các tình trạng khác nhau, đặc biệt là ung thư. Bằng cách sử dụng WGBS, các nhà khoa học có thể thu được những hiểu biết sâu sắc chưa từng có về bối cảnh methyl hóa trên toàn bộ gen, mang lại sự hiểu biết sâu sắc về các cơ chế biểu sinh làm nền tảng cho các quá trình sinh học và bệnh tật đa dạng.
Tính năng dịch vụ
● Yêu cầu bộ gen tham chiếu.
● DNA Lambda được thêm vào để theo dõi hiệu suất chuyển đổi bisulfite.
● Trình tự trên Illumina NovaSeq.
Ưu điểm dịch vụ
●Tiêu chuẩn vàng cho nghiên cứu methyl hóa DNA: Công nghệ xử lý chuyển đổi methyl hóa hoàn thiện này có độ chính xác cao và độ tái lập tốt.
●Vùng phủ sóng rộng và độ phân giải cơ sở đơn:phát hiện các vị trí methyl hóa ở cấp độ toàn bộ gen.
●Nền tảng hoàn chỉnh:cung cấp dịch vụ hoàn hảo toàn diện từ xử lý mẫu, xây dựng thư viện, giải trình tự đến phân tích tin sinh học.
●Chuyên môn sâu rộng: với các dự án giải trình tự WGBS đã hoàn thành thành công trên nhiều loài đa dạng, BMKGENE mang đến hơn một thập kỷ kinh nghiệm, đội ngũ phân tích có tay nghề cao, nội dung toàn diện và hỗ trợ sau bán hàng tuyệt vời.
●Khả năng tham gia với Phân tích Transcriptomics: cho phép phân tích tích hợp WGBS với dữ liệu omics khác như RNA-seq.
Thông số kỹ thuật mẫu
| Thư viện | Chiến lược tuần tự | Đầu ra dữ liệu được đề xuất | Kiểm soát chất lượng |
| Bisulfite được xử lý | Chiếu sáng PE150 | độ sâu 30x | Q30 ≥ 85% Chuyển hóa bisulfit > 99% |
Yêu cầu mẫu
| Nồng độ (ng/µL) | Tổng số tiền (µg) | Yêu cầu bổ sung | |
| DNA bộ gen | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Suy thoái hoặc ô nhiễm hạn chế |
Quy trình công việc dịch vụ
Giao mẫu
trích xuất DNA
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Cung cấp dữ liệu
Bao gồm các phân tích sau:
● Kiểm soát chất lượng trình tự thô;
● Lập bản đồ tới bộ gen tham chiếu;
● Phát hiện các bazơ bị methyl hóa 5mC;
● Phân tích sự phân bố và chú thích của quá trình methyl hóa;
● Phân tích các vùng bị methyl hóa khác nhau (DMR);
● Chú thích chức năng của các gen liên quan đến DMR.
Phát hiện quá trình methyl hóa 5mC: các loại vị trí bị methyl hóa
Bản đồ methyl hóa Phân bố toàn bộ bộ gen methyl hóa 5mC
Chú thích các vùng bị methyl hóa cao
Các vùng bị methyl hóa khác nhau: các gen liên quan
Các vùng bị methyl hóa khác nhau: chú thích các gen liên quan (Bản thể gen)
Khám phá những tiến bộ nghiên cứu được hỗ trợ bởi toàn bộ dịch vụ giải trình tự bisulfite bộ gen của BMKGene thông qua bộ sưu tập các ấn phẩm được tuyển chọn.
Người hâm mộ, Y. và cộng sự. (2020) 'Phân tích cấu hình methyl hóa DNA trong quá trình phát triển cơ xương của cừu bằng cách sử dụng trình tự bisulfite toàn bộ bộ gen',Bộ gen BMC, 21(1), trang 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. và cộng sự. (2022) 'Những rối loạn methyl hóa axit deoxyribonucleic mới ở những công nhân tiếp xúc với vinyl clorua',Độc chất học và sức khỏe công nghiệp, 38(7), trang 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. và cộng sự. (2020) 'Mối quan hệ giữa quá trình methyl hóa bộ gen, mức độ RNA không mã hóa, mRNA và các chất chuyển hóa trong quả cà chua chín',Tạp chí thực vật, 103(3), trang 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
