Trình tự phân mảnh được khuếch đại cụ thể (SLAF-seq)
Quy trình làm việc
Đề án kỹ thuật
Các tính năng dịch vụ
● Trình tự trên Novaseq với PE150.
● Chuẩn bị thư viện với mã vạch kép, cho phép gộp hơn 1000 mẫu.
● Kỹ thuật này có thể được sử dụng có hoặc không có bộ gen tham chiếu, với các đường ống sinh học khác nhau cho từng trường hợp:
Với bộ gen tham chiếu: SNP và Indel Discovery
Không có bộ gen tham chiếu: Phân cụm mẫu và phát hiện SNP
● TrongTrong silicoCác kết hợp enzyme giới hạn giai đoạn trước được thiết kế được sàng lọc để tìm ra các kết hợp tạo ra sự phân bố đồng đều của các thẻ SLAF dọc theo bộ gen.
● Trong thời kỳ thử nghiệm trước, ba kết hợp enzyme được thử nghiệm trong 3 mẫu để tạo 9 thư viện SLAF và thông tin này được sử dụng để chọn kết hợp enzyme hạn chế tối ưu cho dự án.
Lợi thế dịch vụ
●Khám phá đánh dấu di truyền cao: Tích hợp hệ thống mã vạch kép thông lượng cao cho phép giải trình tự đồng thời các quần thể lớn và khuếch đại cụ thể về locus giúp tăng cường hiệu quả, đảm bảo rằng số thẻ đáp ứng các yêu cầu khác nhau của các câu hỏi nghiên cứu khác nhau.
● Sự phụ thuộc thấp vào bộ gen: Nó có thể được áp dụng cho các loài có hoặc không có bộ gen tham chiếu.
●Thiết kế sơ đồ linh hoạt: Enzyme đơn, enzyme kép, tiêu hóa đa enzyme và các loại enzyme khác nhau đều có thể được chọn để phục vụ cho các mục tiêu hoặc loài nghiên cứu khác nhau. CácTrong silicoThiết kế trước được thực hiện để đảm bảo thiết kế enzyme tối ưu.
● Hiệu quả cao trong tiêu hóa enzyme: Sự dẫn truyền của mộtTrong silicoThiết kế trước và một thiết kế tối ưu đảm bảo trước khi thực hiện với phân phối các thẻ SLAF trên nhiễm sắc thể (thẻ 1 SLAF/4kB) và giảm trình tự lặp đi lặp lại (<5%).
●Chuyên môn mở rộng: Nhóm của chúng tôi mang lại nhiều kinh nghiệm cho mọi dự án, với hồ sơ theo dõi về việc đóng cửa hơn 5000 dự án SLAF-SQ trên hàng trăm loài, bao gồm thực vật, động vật có vú, chim, côn trùng và sinh vật dưới nước.
● Quy trình công việc sinh học tự phát triển: BMKGene đã phát triển một quy trình công việc sinh học tích hợp cho SLAF-seq để đảm bảo độ tin cậy và độ chính xác của đầu ra cuối cùng.
Thông số kỹ thuật dịch vụ
| Loại phân tích | Quy mô dân số được đề xuất | Chiến lược giải trình tự | |
| Độ sâu của trình tự thẻ | Số thẻ | ||
| Bản đồ di truyền | 2 cha mẹ và> 150 con cái | Cha mẹ: 20 lần WGS Offsping: 10 lần | Kích thước bộ gen: <400 MB: WGS được khuyến nghị <1GB: thẻ 100K 1-2gb :: 200k thẻ > 2GB: Thẻ 300K Thẻ tối đa 500K |
| Các nghiên cứu liên kết trên toàn bộ gen (GWA) | ≥200 mẫu | 10X | |
| Tiến hóa di truyền | ≥30 mẫu, với> 10 mẫu từ mỗi nhóm phụ | 10X | |
Yêu cầu dịch vụ
Nồng độ ≥ 5 ng/
Tổng số tiền ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5
Gel agarose: Không hoặc bị suy giảm hoặc ô nhiễm hạn chế
Giao hàng mẫu được đề xuất
Container: ống ly tâm 2 ml
(Đối với hầu hết các mẫu, chúng tôi khuyên không nên bảo quản trong ethanol)
Ghi nhãn mẫu: Các mẫu cần được dán nhãn rõ ràng và giống hệt với mẫu thông tin mẫu được gửi.
Lô hàng: Dry-Ice: Các mẫu cần được đóng gói trong túi trước và chôn trong băng khô.
Quy trình làm việc dịch vụ
Mẫu QC
Thí nghiệm thí điểm
SLAF-THƯỞNG THỨC
Chuẩn bị thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
Bao gồm các phân tích sau:
- Trình tự dữ liệu QC
- Phát triển thẻ SLAF
Ánh xạ để tham khảo bộ gen
Không có bộ gen tham chiếu: phân cụm
- Phân tích thẻ SLAF .: Thống kê, phân phối trên bộ gen
- Khám phá đánh dấu: SNP, Indel, SNV, CV Gọi và chú thích
Phân phối thẻ SLAF trên nhiễm sắc thể:
Phân phối SNP trên nhiễm sắc thể:
Chú thích SNP
| Năm | Tạp chí | IF | Tiêu đề | Ứng dụng |
| 2022 | Truyền thông tự nhiên | 17.694 | Cơ sở bộ gen của các nhiễm sắc thể giga và giga-genome của hoa mẫu đơn cây Paeonia Ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Bác sĩ thực tế mới | 7.433 | Tuần thuần hóa dấu chân neo các vùng gen có tầm quan trọng nông học trong Đậu nành | SLAF-GWAS |
| 2022 | Tạp chí nghiên cứu nâng cao | 12.822 | Sự xâm nhập nhân tạo trên toàn bộ bộ gen của Gossypium Barbadense vào G. hirsutum tiết lộ các loci vượt trội để cải thiện đồng thời chất lượng và năng suất sợi bông Đặc điểm | Di truyền học SLAF-tiến hóa |
| 2019 | Cây phân tử | 10,81 | Phân tích bộ gen dân số và lắp ráp de novo cho thấy nguồn gốc của cỏ dại Gạo như một trò chơi tiến hóa | Di truyền học SLAF-tiến hóa |
| 2019 | Di truyền học tự nhiên | 31.616 | Trình tự bộ gen và sự đa dạng di truyền của cá chép thông thường, Cyprinus Carpio | Bản đồ liên kết SLAF |
| 2014 | Di truyền học tự nhiên | 25.455 | Bộ gen của đậu phộng được trồng cung cấp cái nhìn sâu sắc về karyotypes, polyploid tiến hóa và thuần hóa cây trồng. | Bản đồ liên kết SLAF |
| 2022 | Tạp chí Công nghệ sinh học thực vật | 9.803 | Xác định ST1 cho thấy một lựa chọn liên quan đến quá giang hình thái hạt giống và hàm lượng dầu trong quá trình thuần hóa đậu tương | Phát triển SLAF-Marker |
| 2022 | Tạp chí khoa học phân tử quốc tế | 6.208 | Nhận dạng và phát triển đánh dấu DNA cho lúa mì-LaMus Mollis 2ns (2D) Sự thay thế nhiễm sắc thể không điều trị | Phát triển SLAF-Marker |
| Năm | Tạp chí | IF | Tiêu đề | Ứng dụng |
| 2023 | Biên giới trong khoa học thực vật | 6.735 | Ánh xạ QTL và Phân tích phiên mã về hàm lượng đường trong quá trình chín trái cây Pyrifolia | Bản đồ di truyền |
| 2022 | Tạp chí Công nghệ sinh học thực vật | 8.154 | Xác định ST1 cho thấy một lựa chọn liên quan đến quá giang hình thái hạt và hàm lượng dầu trong quá trình thuần hóa đậu tương
| SNP Gọi |
| 2022 | Biên giới trong khoa học thực vật | 6.623 | Bản đồ liên kết trên toàn bộ bộ gen của Hulless hầu như không có kiểu hình trong môi trường hạn hán.
| GWAS |
