RNA nhỏ là loại RNA không mã hóa ngắn với chiều dài trung bình 18-30 nt, bao gồm miRNA, siRNA và pIRNA. Những RNA nhỏ này đã được báo cáo ồ ạt có liên quan đến các quá trình sinh học khác nhau như suy thoái mRNA, ức chế dịch thuật, hình thành heterochromatin, vv Phân tích trình tự smallRNA đã được áp dụng rộng rãi trong các nghiên cứu về phát triển động vật/thực vật, bệnh, virus, v.v ... Nền tảng phân tích trình tự bao gồm phân tích tiêu chuẩn và khai thác dữ liệu tiên tiến. Trên cơ sở của dữ liệu RNA-seq, phân tích tiêu chuẩn có thể đạt được xác định và dự đoán miRNA, dự đoán gen mục tiêu miRNA, chú thích và phân tích biểu hiện. Phân tích nâng cao cho phép tìm kiếm và trích xuất miRNA tùy chỉnh, tạo sơ đồ Venn, miRNA và xây dựng mạng gen mục tiêu.