Sự cô lập của các hạt nhân đạt được bằng 10 × Genomics Chromium ™, bao gồm hệ thống vi mô tám kênh với giao cắt đôi. Trong hệ thống này, một hạt gel có mã vạch và mồi, enzyme và một hạt nhân duy nhất được gói gọn trong việc giảm dầu kích thước nanoliter, tạo ra hạt gel (GEM). Khi GEM được hình thành, ly giải tế bào và giải phóng mã vạch được thực hiện trong mỗi viên đá quý. mRNA được sao chép ngược thành các phân tử cDNA với mã vạch 10 × và UMI, tiếp tục chịu sự xây dựng thư viện trình tự tiêu chuẩn.
● Chuẩn bị huyền phù đơn nuclei từ các mô đông lạnh
● Hình thành hạt gel trong hạt (GEM) sau đó là tổng hợp cDNA
● Mỗi hạt trong một viên đá quý được tải với các đoạn mồi bao gồm 4 phần:
đuôi poly (dt) cho mồi mRNA và tổng hợp cDNA,
Định danh phân tử duy nhất (UMI) để chính xác sự thiên vị khuếch đại
Mã vạch 10 lần
Trình tự liên kết của một phần đọc 1 trình tự mồi
Trình tự RNA đơn nucleus bao gồm các hạn chế của trình tự RNA đơn bào, cho phép:
● Việc sử dụng các mẫu đông lạnh và không chỉ giới hạn ở các mẫu mới
● Ứng suất thấp của các tế bào đông lạnh khi so sánh với điều trị enzyme của các tế bào tươi
● Không cần phải loại bỏ các tế bào hồng cầu trước
● Đường kính ô không giới hạn
● Mảng lớn các mẫu đủ điều kiện để phân tích, bao gồm các loại mô phức tạp và dễ vỡ, dễ bị đóng cục tế bào hoặc phá hủy trong quá trình phân ly mô
Tế bào / mô | Lý do |
Mô đông lạnh | Không thể có được các tổ chức mới hoặc đã tiết kiệm |
Tế bào cơ, megakaryocyte, chất béo | Đường kính tế bào quá lớn để vào dụng cụ |
Gan… | Quá mong manh để phá vỡ, không thể phân biệt các ô đơn lẻ |
Tế bào thần kinh, não | Nhạy cảm hơn, dễ căng thẳng, sẽ thay đổi kết quả giải trình tự |
Tuyến tụy, tuyến giáp | Giàu enzyme nội sinh, ảnh hưởng đến việc sản xuất huyền phù tế bào đơn |
Đơn nucleus | Tế bào đơn |
Đường kính tế bào không giới hạn | Đường kính tế bào: 10-40 m |
Vật liệu có thể được đông lạnh mô | Vật liệu phải là mô tươi |
Sự căng thẳng thấp của các tế bào đông lạnh | Điều trị enzyme có thể gây ra phản ứng căng thẳng tế bào |
Không cần phải loại bỏ tế bào hồng cầu | Các tế bào hồng cầu cần phải được loại bỏ |
Hạt nhân thể hiện thông tin sinh học | Toàn bộ tế bào thể hiện thông tin sinh học |
Yêu cầu mẫu | Thư viện | Chiến lược giải trình tự | Dữ liệu được đề xuất | Kiểm soát chất lượng |
Mô động vật ≥ 200 mg Mô thực vật ≥ 400 mg | Thư viện Genomics 10X SN cDNA | Illumina PE150 | 100k pe đọc cho mỗi tế bào (100-200 GB) | 700-1200 hạt nhân/μl và tính toàn vẹn của hạt nhân được quan sát dưới kính hiển vi |
Để biết thêm chi tiết về hướng dẫn chuẩn bị mẫu và quy trình làm việc, xin vui lòng nói chuyện với mộtChuyên gia BMKGene
Bao gồm các phân tích sau:
● Kiểm soát chất lượng: số lượng tế bào, phát hiện gen, xác định chính xác các tế bào, phân tử RNA và định lượng biểu hiện
● Phân tích mẫu bên trong:
Phân cụm tế bào và chú thích cụm
Phân tích biểu thức khác biệt: Xác định DEG trong các cụm
Chú thích chức năng và làm phong phú các DEG
● Phân tích giữa các nhóm:
Kết hợp dữ liệu
Phân tích biểu hiện khác biệt: Xác định DEG theo nhóm
Chú thích chức năng và làm giàu của DEG nhóm
● Phân tích nâng cao:
Phân tích chu kỳ tế bào
Phân tích giả
Phân tích giao tiếp tế bào (CellphonedB)
Gene Set Phân tích làm giàu (GSEA)
Phân tích mẫu bên trong
Phân cụm ô:
Phân tích biểu thức khác biệt: DEGS cụm
Phân tích liên nhóm
Phân tích biểu hiện khác biệt: DEG nhóm
Phân tích nâng cao:
Phân tích giả:
Phân tích chu kỳ tế bào:
Khám phá những tiến bộ được tạo điều kiện bởi các dịch vụ giải trình tự RNA đơn nucleus của BMKGene bằng 10 lần crom trong các ấn phẩm đặc trưng này:
Wang, L. et al. .Kỷ yếu của Viện Hàn lâm Khoa học Quốc gia Hoa Kỳ, 118 (2), tr. E2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. .Biên giới trong miễn dịch học, 13, tr. 879824. DOI: 10.3389/fimmu.2022.879824/bibtex.
Tian, H. et al. .Nuôi trồng thủy sản, 566, tr. 739238. DOI: 10.1016/j.aquacult.2023.739238.
Yu, Y. et al. .Ung thư dạ dày, 26 (5), trang 798 Từ813. doi: 10.1007/s10120-023-01409-x/số liệu.