Giảm trình tự bisulfite đại diện (RRBS)
Giải trình tự bisulfite đại diện giảm (RRBS) đã nổi lên như một giải pháp thay thế hiệu quả và tiết kiệm chi phí cho Giải trình tự bisulfite toàn bộ bộ gen (WGBS) trong nghiên cứu methyl hóa DNA. Mặc dù WGBS cung cấp những hiểu biết toàn diện bằng cách kiểm tra toàn bộ bộ gen ở độ phân giải cơ sở duy nhất, nhưng chi phí cao của nó có thể là một yếu tố hạn chế. RRBS giảm thiểu thách thức này một cách có chiến lược bằng cách phân tích có chọn lọc một phần đại diện của bộ gen. Phương pháp này dựa vào việc làm giàu các vùng giàu đảo CpG bằng cách phân tách MspI, sau đó là lựa chọn kích thước các đoạn 200-500/600 bps. Do đó, chỉ những vùng gần đảo CpG mới được giải trình tự, trong khi những vùng có đảo CpG ở xa bị loại khỏi phân tích. Quá trình này, kết hợp với giải trình tự bisulfite, cho phép phát hiện quá trình methyl hóa DNA với độ phân giải cao và phương pháp giải trình tự, PE150, tập trung đặc biệt vào các đầu của phần chèn thay vì ở giữa, làm tăng hiệu quả của quá trình lập hồ sơ methyl hóa. RRBS là một công cụ vô giá cho phép nghiên cứu quá trình methyl hóa DNA hiệu quả về mặt chi phí và nâng cao kiến thức về cơ chế biểu sinh.
Tính năng dịch vụ
● Yêu cầu bộ gen tham chiếu.
● DNA Lambda được sử dụng để theo dõi hiệu suất chuyển đổi bisulfite.
● Hiệu quả tiêu hóa MspI cũng được theo dõi.
● Tiêu hóa enzyme kép cho các mẫu thực vật.
● Trình tự trên Illumina NovaSeq.
Ưu điểm dịch vụ
●Thay thế hiệu quả và tiết kiệm chi phí cho WGBS: cho phép thực hiện phân tích với chi phí thấp hơn và yêu cầu mẫu thấp hơn.
●Nền tảng hoàn chỉnh:cung cấp dịch vụ tuyệt vời toàn diện từ xử lý mẫu, xây dựng thư viện và giải trình tự đến phân tích tin sinh học.
●Chuyên môn sâu rộng: với các dự án giải trình tự RRBS đã hoàn thành thành công trên nhiều loài đa dạng, BMKGENE mang đến hơn một thập kỷ kinh nghiệm, đội ngũ phân tích có tay nghề cao, nội dung toàn diện và hỗ trợ sau bán hàng tuyệt vời.
Thông số dịch vụ
| Thư viện | Chiến lược tuần tự | Đầu ra dữ liệu được đề xuất | Kiểm soát chất lượng |
| Thư viện được xử lý bằng MspI và Bisulfite | Chiếu sáng PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85% Chuyển hóa bisulfit > 99% Hiệu suất cắt MspI > 95% |
Yêu cầu mẫu
| Nồng độ (ng/µL) | Tổng số tiền (µg) |
| |
| DNA bộ gen | ≥ 30 | ≥ 1 | Suy thoái hoặc ô nhiễm hạn chế |
Quy trình công việc dịch vụ
Giao mẫu
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
Bao gồm các phân tích sau:
● Kiểm soát chất lượng trình tự thô;
● Lập bản đồ tới bộ gen tham chiếu;
● Phát hiện các bazơ bị methyl hóa 5mC và nhận dạng mô típ;
● Phân tích sự phân bố methyl hóa và so sánh mẫu;
● Phân tích các vùng bị methyl hóa khác nhau (DMR);
● Chú thích chức năng của các gen liên quan đến DMR.
Kiểm soát chất lượng: hiệu quả tiêu hóa (trong lập bản đồ bộ gen)
Kiểm soát chất lượng: chuyển đổi bisulfite (trong chiết xuất thông tin methyl hóa)
Bản đồ methyl hóa: phân bố toàn bộ bộ gen methyl hóa 5mC
So sánh mẫu: Phân tích thành phần chính
Phân tích các khu vực được methyl hóa khác nhau (DMR): bản đồ nhiệt
Khám phá những tiến bộ nghiên cứu được hỗ trợ bởi toàn bộ dịch vụ giải trình tự bisulfite bộ gen của BMKGene thông qua bộ sưu tập các ấn phẩm được tuyển chọn.
Li, Z. và cộng sự. (2022) 'Lập trình lại có độ chính xác cao vào các tế bào giống Leydig bằng cách kích hoạt CRISPR và các yếu tố cận tiết',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Thiên, H. và cộng sự. (2023) 'Phân tích thành phần cơ thể của quá trình methyl hóa DNA trên toàn bộ gen ở các cặp song sinh đơn nhân Trung Quốc',Tạp chí điều tra lâm sàng châu Âu, 53(11), tr. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. và cộng sự. (2022) 'Quá trình methyl hóa DNA và tỷ lệ eo-hông: một nghiên cứu liên quan trên toàn bộ gen biểu sinh ở các cặp song sinh đơn nhân ở Trung Quốc',Tạp chí điều tra nội tiết, 45(12), trang 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
