Bản đồ nhiệt
Công cụ Heatmap chấp nhận tệp dữ liệu ma trận làm đầu vào và cho phép người dùng lọc, chuẩn hóa và phân cụm dữ liệu. Trường hợp sử dụng chính của bản đồ nhiệt là phân tích cụm mức độ biểu hiện gen giữa các mẫu khác nhau.
Chú thích gen
Công cụ Chú thích gen thực hiện chú thích gen dựa trên việc căn chỉnh trình tự của các tệp FASTA đầu vào dựa trên các cơ sở dữ liệu khác nhau.
Công cụ tìm kiếm căn chỉnh cục bộ cơ bản (BLAST)
Công cụ BLAST là phiên bản tích hợp BMKCloud của NCBI BLAST và có thể được sử dụng để thực hiện các chức năng tương tự bằng cách sử dụng dữ liệu được tải lên tài khoản BMKCloud.
Dự đoán CDS_UTR
Công cụ Dự đoán CDS_UTR được thiết kế để dự đoán các vùng mã hóa (CDS) và các vùng không mã hóa (UTR) trong các chuỗi phiên mã nhất định dựa trên kết quả BLAST dựa trên cơ sở dữ liệu protein đã biết và kết quả dự đoán ORF.
Lô đất Manhattan
Công cụ Manhattan Plot cho phép hiển thị các thí nghiệm mẫu cao và thường được sử dụng trong các nghiên cứu liên kết trên toàn bộ gen (GWAS).
Sơ đồ xiếc
Công cụ Sơ đồ CIRCOS cung cấp hình ảnh trực quan hiệu quả về cách phân bổ đặc điểm bộ gen trên toàn bộ bộ gen. Các đặc điểm chung bao gồm định vị định lượng, SNP, InDels, các biến thể số cấu trúc và số bản sao.
Làm giàu bản thể gen (GO)
Công cụ GO Enrichment cung cấp phân tích làm giàu chức năng. Phần mềm chính trong công cụ này là gói TopGO-Bioconductor, bao gồm phân tích biểu thức vi phân, phân tích làm giàu GO và hiển thị kết quả.
Phân tích mạng đồng biểu hiện gen có trọng số (WGCNA)
WGCNA là một phương pháp khai thác dữ liệu được sử dụng rộng rãi để khám phá các mô-đun đồng biểu hiện gen. Nó có thể áp dụng cho các tập dữ liệu biểu hiện khác nhau bao gồm dữ liệu biểu hiện gen microarray và NGS.
InterProScan
Công cụ InterProScan cung cấp khả năng phân tích và phân loại trình tự protein InterPro.
GO KEGG làm giàu
Công cụ Làm giàu GO KEGG được thiết kế để tạo ra biểu đồ làm giàu GO, biểu đồ làm giàu KEGG và lộ trình làm giàu KEGG dựa trên bộ gen được cung cấp và chú thích tương ứng.