Trình tự toàn bộ bộ gen thực vật/động vật
Các tính năng dịch vụ
● Chuẩn bị thư viện có thể là tiêu chuẩn hoặc không có PCR
● Có sẵn trong 4 nền tảng giải trình tự: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promethion p48 hoặc Pacbio Revio.
● Phân tích sinh học tập trung vào việc phát hiện các biến thể: SNP, Indel, SV và CNV
Lợi thế dịch vụ
●Chuyên môn và hồ sơ xuất bản rộng rãi: Kinh nghiệm tích lũy trong trình tự bộ gen cho hơn 1000 loài đã dẫn đến hơn 1000 trường hợp được công bố với hệ số tác động tích lũy trên 5000.
●Phân tích tin sinh học toàn diện: Bao gồm cả việc gọi biến thể và chú thích chức năng.
● Hỗ trợ sau bán hàng:Cam kết của chúng tôi vượt ra ngoài hoàn thành dự án với thời gian dịch vụ sau bán 3 tháng. Trong thời gian này, chúng tôi cung cấp theo dõi dự án, hỗ trợ khắc phục sự cố và các phiên hỏi đáp để giải quyết bất kỳ truy vấn nào liên quan đến kết quả.
●Chú thích toàn diện: Chúng tôi sử dụng nhiều cơ sở dữ liệu để chú thích chức năng các gen với các biến thể được xác định và thực hiện phân tích làm giàu tương ứng, cung cấp hiểu biết về nhiều dự án nghiên cứu.
Thông số kỹ thuật dịch vụ
| Các biến thể được xác định | Chiến lược giải trình tự | Độ sâu được đề xuất |
| SNP và Indel | Illumina Novaseq PE150 hoặc MGI T7 | 10X |
| SV và CNV (kém chính xác hơn) | 30 lần | |
| SV và CNV (chính xác hơn) | Nanopore Prom p48 | 20x |
| SNPS, Indels, SV và CNV | Pacbio Revio | 10X |
Yêu cầu mẫu
| Mô hoặc axit nucleic được chiết xuất | Illumina/MGI | Nanopore | Pacbio
| ||
| Viscera động vật | 0,5-1 g | 3,5 g
| 3,5 g
| ||
| Cơ bắp động vật | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Máu động vật có vú | 1,5 ml | 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Gia cầm/máu cá | 0,1 ml
| 0,5 ml
| |||
| Lá thực vật tươi | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Tế bào nuôi cấy |
| 1x107
| 1x108
| ||
| Côn trùng mô mềm/cá thể | 0,5-1 g | 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Chiết xuất DNA
| Nồng độ: ≥ 1 ng/ Số lượng: ≥ 30 ng Giới hạn hoặc không suy thoái hoặc ô nhiễm
| Sự tập trung Số lượng
OD260/280
OD260/230
Giới hạn hoặc không suy thoái hoặc ô nhiễm
| ≥ 40 ng/ 4 Pha/Tế bào/mẫu dòng chảy
1.7-2.2
≥1,5 | Sự tập trung Số lượng
OD260/280
OD260/230
Giới hạn hoặc không suy thoái hoặc ô nhiễm | ≥ 50 ng/ 10 Pha/tế bào/mẫu dòng chảy
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Chuẩn bị thư viện không có PCR: Nồng độ 40 ng/ Số lượng 500 ng | |||||
Lưu lượng làm việc dịch vụ
Giao hàng mẫu
Khai thác DNA
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Phân phối dữ liệu
Bao gồm các phân tích sau:
- Kiểm soát chất lượng dữ liệu thô
- Thống kê liên kết với bộ gen tham chiếu
- Nhận dạng biến thể: SNP, Indel, SV và CNV
- Chú thích chức năng của các biến thể
Thống kê liên kết với bộ gen tham chiếu - Phân phối độ sâu giải trình tự
SNP gọi giữa nhiều mẫu
Nhận dạng Indel-Thống kê về chiều dài indel trong khu vực CDS và vùng rộng bộ gen
Phân phối biến thể trên bộ gen - Circos lô
Chú thích chức năng của các gen với các biến thể được xác định - bản thể học gen
Chai, Q. et al. . 433. DOI: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. . doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. et al. . doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. . doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
