Giải pháp mRNA có chiều dài đầy đủ PacBio 2+3
Đặc trưng
● Thiết kế nghiên cứu:
Mẫu gộp được sắp xếp theo trình tự PacBio để xác định các dạng đồng dạng của bản phiên mã
Các mẫu riêng biệt (bản sao và điều kiện cần kiểm tra) được sắp xếp theo trình tựNGS để định lượng biểu thức bảng điểm
● Giải trình tự PacBio ở chế độ CCS, tạo ra các lần đọc HiFi
● Sắp xếp các bản ghi có độ dài đầy đủ
● Phân tích không cần có bộ gen tham chiếu; tuy nhiên, nó có thể được sử dụng
● Phân tích tin sinh học không chỉ bao gồm biểu hiện ở cấp độ gen và isoform mà còn bao gồm phân tích lncRNA, sự hợp nhất gen, poly-adenylation và cấu trúc gen
Thuận lợi
● Độ chính xác cao: HiFi đọc với độ chính xác >99,9% (Q30), có thể so sánh với NGS
● Phân tích mối nối thay thế: giải trình tự tất cả các bản phiên mã cho phép nhận dạng và mô tả đặc điểm đồng dạng.
● Sự kết hợp giữa điểm mạnh của PacBio và NGS: cho phép định lượng biểu hiện ở mức đồng dạng, phát hiện những thay đổi có thể bị che giấu khi phân tích toàn bộ biểu hiện gen
● Chuyên môn sâu rộng: với thành tích hoàn thành hơn 1100 dự án bảng điểm đầy đủ PacBio và xử lý hơn 2300 mẫu, nhóm của chúng tôi mang lại nhiều kinh nghiệm cho mọi dự án.
● Hỗ trợ sau bán hàng: cam kết của chúng tôi còn vượt xa việc hoàn thành dự án với thời gian dịch vụ sau bán hàng 3 tháng. Trong thời gian này, chúng tôi cung cấp dịch vụ theo dõi dự án, hỗ trợ khắc phục sự cố và các phiên hỏi đáp để giải quyết mọi thắc mắc liên quan đến kết quả.
Yêu cầu mẫu và giao hàng
| Thư viện | Chiến lược tuần tự | Dữ liệu được đề xuất | Kiểm soát chất lượng |
| Thư viện CCS mRNA được làm giàu bằng PolyA | Phần tiếp theo của PacBio II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 triệu CCS | Q30 ≥85% |
| Poly A làm giàu | Chiếu sáng PE150 | 6-10 Gb | Q30 ≥85% |
Nucleotide
|
| Kết quả (ng/μl) | Số lượng (μg) | độ tinh khiết | Chính trực |
| Thư viện Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Hạn chế hoặc không có protein hoặc DNA bị nhiễm bẩn trên gel. | Đối với cây trồng: RIN ≥4.0; Đối với động vật: RIN ≥4,5; 5,0 ≥28S/18S ≥1,0; giới hạn hoặc không có độ cao cơ bản |
| Thư viện PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Hạn chế hoặc không có protein hoặc DNA bị nhiễm bẩn trên gel. | Thực vật: RIN ≥7,5 Động vật: RIN ≥8.0 5,0 ≥28S/18S ≥1,0; giới hạn hoặc không có độ cao cơ bản |
Đề xuất giao hàng mẫu
Bình chứa: Ống ly tâm 2 ml (Không nên dùng giấy thiếc)
Ghi nhãn mẫu: Nhóm+sao chép ví dụ A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lô hàng:
1. Đá khô:Mẫu cần được đóng gói trong túi và chôn trong đá khô.
2. Ống ổn định RNA: Các mẫu RNA có thể được làm khô trong ống ổn định RNA (ví dụ RNAstable®) và vận chuyển ở nhiệt độ phòng.
Bao gồm các phân tích sau:
Kiểm soát chất lượng dữ liệu thô
Phân tích Polyadenylation thay thế (APA)
Phân tích bảng điểm tổng hợp
Phân tích nối thay thế
Phân tích chuẩn chỉnh hình một bản sao phổ quát (BUSCO)
Phân tích bảng điểm mới: dự đoán trình tự mã hóa (CDS) và chú thích chức năng
Phân tích lncRNA: dự đoán lncRNA và mục tiêu
Nhận dạng vi vệ tinh (SSR)
Phân tích bảng điểm được biểu thị khác biệt (DET)
Phân tích gen biểu hiện khác biệt (DEG)
Chú thích chức năng của DEG và DET
phân tích BUSCO
Phân tích nối thay thế
Phân tích Polyadenylation thay thế (APA)
Các gen được biểu hiện khác nhau (DEG) và các bản phiên mã (phân tích DETs9
Mạng tương tác Protein-Protein của DET và DEG
Khám phá những tiến bộ được hỗ trợ bởi trình tự mRNA dài đầy đủ PacBio 2+3 của BMKGene thông qua bộ sưu tập các ấn phẩm được tuyển chọn.
Chao, Q. và cộng sự. (2019) 'Động lực phát triển của bản phiên mã thân cây Populus', Tạp chí Công nghệ sinh học thực vật, 17(1), trang 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Đặng, H. và cộng sự. (2022) 'Những thay đổi mạnh mẽ về hàm lượng axit ascorbic trong quá trình phát triển và chín của quả Actinidia latifolia (một loại cây ăn quả giàu ascorbate) và các cơ chế phân tử liên quan', Tạp chí quốc tế về khoa học phân tử, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. và cộng sự. (2022) 'Dự đoán hiệu quả các gen trong con đường sinh tổng hợp liên quan đến polyphyllin có hoạt tính sinh học ở Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), trang 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Lưu, M. và cộng sự. (2023) 'Phân tích kết hợp PacBio Iso-Seq và Illumina RNA-Seq của bản phiên mã Tuta absoluta (Meyrick) và gen Cytochrome P450', Côn trùng, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun và cộng sự. (2019) 'Một cuộc khảo sát về độ phức tạp của hệ phiên mã bằng cách sử dụng phân tích thời gian thực phân tử đơn PacBio kết hợp với trình tự RNA của Illumina để hiểu rõ hơn về quá trình sinh tổng hợp axit ricinoleic ở Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), trang 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
