Trình tự mRNA không dựa trên tham chiếu-NGS
Đặc trưng
● Thu thập poly mRNA trước khi chuẩn bị thư viện
● Độc lập với bất kỳ bộ gen tham chiếu nào: dựa trên tập hợp các bản phiên mã de novo, tạo ra danh sách các gen bản địa được chú thích bằng nhiều cơ sở dữ liệu (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Phân tích tin sinh học toàn diện về biểu hiện gen và cấu trúc bản phiên mã
Ưu điểm dịch vụ
●Chuyên môn sâu rộng: với thành tích xử lý hơn 600.000 mẫu tại BMKGENE, bao gồm nhiều loại mẫu khác nhau như nuôi cấy tế bào, mô và dịch cơ thể, nhóm của chúng tôi mang đến nhiều kinh nghiệm cho mọi dự án. Chúng tôi đã đóng thành công hơn 100.000 dự án mRNA-Seq trong nhiều lĩnh vực nghiên cứu khác nhau.
●Kiểm soát chất lượng nghiêm ngặt: chúng tôi triển khai các điểm kiểm soát cốt lõi trong tất cả các giai đoạn, từ chuẩn bị mẫu và thư viện đến giải trình tự và tin sinh học. Việc giám sát tỉ mỉ này đảm bảo mang lại kết quả chất lượng cao nhất quán.
● Chú thích toàn diện: chúng tôi sử dụng nhiều cơ sở dữ liệu để chú thích chức năng các Gen biểu hiện khác biệt (DEG) và thực hiện phân tích làm giàu tương ứng, cung cấp thông tin chi tiết về các quá trình tế bào và phân tử làm cơ sở cho phản ứng phiên mã.
●Hỗ trợ sau bán hàng: cam kết của chúng tôi còn vượt xa việc hoàn thành dự án với thời gian dịch vụ sau bán hàng 3 tháng. Trong thời gian này, chúng tôi cung cấp dịch vụ theo dõi dự án, hỗ trợ khắc phục sự cố và các phiên hỏi đáp để giải quyết mọi thắc mắc liên quan đến kết quả.
Yêu cầu mẫu và giao hàng
| Thư viện | Chiến lược tuần tự | Dữ liệu được đề xuất | Kiểm soát chất lượng |
| Poly A làm giàu | Chiếu sáng PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30 ≥85% |
Yêu cầu mẫu:
Nucleotide:
| Kết quả (ng/μl) | Số lượng (μg) | độ tinh khiết | Chính trực |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Hạn chế hoặc không có ô nhiễm protein hoặc DNA hiển thị trên gel. | Đối với cây trồng: RIN ≥4.0; Đối với động vật: RIN ≥4,5; 5,0 ≥28S/18S ≥1,0; giới hạn hoặc không có độ cao cơ bản |
● Thực vật:
Rễ, thân hoặc cánh hoa: 450 mg
Lá hoặc hạt: 300 mg
Quả: 1,2 g
● Động vật:
Tim hoặc ruột: 300 mg
Nội tạng hoặc Não: 240 mg
Cơ bắp: 450 mg
Xương, Tóc hoặc Da: 1g
● Động vật chân đốt:
Côn trùng: 6g
Giáp xác: 300 mg
● Máu toàn phần: 1 ống
● Tế bào: 106 tế bào
Đề xuất giao hàng mẫu
Bình chứa: Ống ly tâm 2 ml (Không nên dùng giấy thiếc)
Ghi nhãn mẫu: Nhóm+sao chép ví dụ A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lô hàng:
1. Đá khô: Mẫu cần được đóng gói trong túi và chôn trong đá khô.
2. Ống ổn định RNA: Các mẫu RNA có thể được làm khô trong ống ổn định RNA (ví dụ RNAstable®) và vận chuyển ở nhiệt độ phòng.
Quy trình công việc dịch vụ
Thiết kế thí nghiệm
Giao mẫu
Chiết xuất RNA
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
Tin sinh học
Lắp ráp phiên mã và lựa chọn unigene
Chú thích unigene
Tương quan mẫu và đánh giá các bản sao sinh học
Các gen biểu hiện khác biệt (DEG)
Chú thích chức năng của DEG
Làm giàu chức năng của DEG
Khám phá những tiến bộ được hỗ trợ bởi các dịch vụ giải trình tự NGS mRNA nhân chuẩn của BMKGene thông qua bộ sưu tập các ấn phẩm được tuyển chọn.
Shen, F. và cộng sự. (2020) 'Sự tập hợp phiên mã De novo và biểu hiện gen sai lệch giới tính trong tuyến sinh dục của cá da trơn Amur (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), trang 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. và cộng sự. (2016) 'Phân tích phiên mã của quá trình chuyển hóa sucrose trong quá trình phồng lên và phát triển củ hành tây (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7(Tháng 9), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. và cộng sự. (2017) 'Sự lắp ráp, mô tả đặc tính và chú thích mới cho bản phiên mã của Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. và cộng sự. (2021) 'Phân tích bảng điểm De novo cung cấp cái nhìn sâu sắc về khả năng chịu mặn của Podocarpus macrophyllus dưới áp lực về độ mặn', BMC Plant Biology, 21(1), trang 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
