Các đồng phân thay thế phức tạp và thay đổi trong các sinh vật là các cơ chế di truyền quan trọng để điều chỉnh biểu hiện gen và đa dạng protein. Xác định chính xác các cấu trúc phiên mã là cơ sở cho nghiên cứu chuyên sâu về các mẫu điều hòa biểu hiện gen. Nền tảng giải trình tự Nanopore đã đưa thành công nghiên cứu transcriptomic đến cấp độ isoform. Nền tảng phân tích này được thiết kế để phân tích dữ liệu RNA-seq được tạo ra trên nền tảng nanopore trên cơ sở bộ gen tham chiếu, đạt được các phân tích định tính và định lượng ở cả cấp độ gen và mức độ phiên mã.