Nanopore Bản phiên âm đầy đủ

Giải trình tự phiên mã Nanopore là một phương pháp mạnh mẽ để giải trình tự các cDNA có độ dài đầy đủ, xác định và định lượng chính xác các dạng đồng phân phiên mã. Đường ống phiên mã có độ dài đầy đủ BMKCloud Nanopore được thiết kế để phân tích dữ liệu RNA-Seq được tạo trên nền tảng Nanopore dựa trên bộ gen tham chiếu được chú thích tốt chất lượng cao, cung cấp phân tích định tính và định lượng ở cả cấp độ gen và bản phiên mã. Sau khi kiểm soát chất lượng, thu được các chuỗi không phải khảm (FLNC) có độ dài đầy đủ và các chuỗi đồng thuận được ánh xạ tới bộ gen tham chiếu để loại bỏ các bản phiên mã dư thừa. Từ bộ bản phiên mã này, biểu hiện được định lượng và các gen và bản phiên mã được biểu hiện khác nhau được xác định và chú thích về mặt chức năng. Quy trình này cũng bao gồm phân tích polyadenylation thay thế (APA), phân tích ghép nối thay thế, phân tích lặp lại trình tự đơn giản (SSR), dự đoán lncRNA và các mục tiêu tương ứng, dự đoán trình tự mã hóa (CDS), phân tích họ gen, phân tích yếu tố phiên mã, dự đoán các gen mới và chú thích chức năng của bảng điểm.