● Hai bảng exome có sẵn dựa trên việc làm giàu mục tiêu bằng các đầu dò: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) và xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Trình tự trên Illumina NovaSeq.
● Quy trình tin sinh học hướng tới phân tích bệnh hoặc phân tích khối u.
●Vùng mã hóa protein mục tiêu: Bằng cách thu thập và giải trình tự các vùng mã hóa protein, hWES được sử dụng để tiết lộ các biến thể liên quan đến cấu trúc protein.
●Chi phí hiệu quả:hWES tạo ra khoảng 85% các đột biến liên quan đến bệnh tật ở người từ 1% bộ gen của con người.
●Độ chính xác cao: Với độ sâu trình tự cao, hWES tạo điều kiện phát hiện cả các biến thể phổ biến và biến thể hiếm có tần số thấp hơn 1%.
●Kiểm soát chất lượng nghiêm ngặt: Chúng tôi triển khai năm điểm kiểm soát cốt lõi trong tất cả các giai đoạn, từ chuẩn bị mẫu và thư viện đến giải trình tự và tin sinh học. Việc giám sát tỉ mỉ này đảm bảo mang lại kết quả chất lượng cao nhất quán.
●Phân tích tin sinh học toàn diện: quy trình của chúng tôi vượt xa việc xác định các biến thể của bộ gen tham chiếu, vì nó kết hợp phân tích nâng cao được thiết kế để giải quyết cụ thể các câu hỏi nghiên cứu liên quan đến khía cạnh di truyền của bệnh hoặc phân tích khối u.
●Hỗ trợ sau bán hàng:Cam kết của chúng tôi còn vượt xa việc hoàn thành dự án với thời gian dịch vụ sau bán hàng 3 tháng. Trong thời gian này, chúng tôi cung cấp dịch vụ theo dõi dự án, hỗ trợ khắc phục sự cố và các phiên hỏi đáp để giải quyết mọi thắc mắc liên quan đến kết quả.
Chiến lược bắt giữ Exon | Chiến lược tuần tự | Đầu ra dữ liệu được đề xuất |
Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) hoặc Bảng điều khiển lai Exome xGen v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5 -10 Gb Đối với rối loạn mendelian/bệnh hiếm gặp: > 50x Đối với mẫu khối u: ≥ 100x |
Loại mẫu
| Số lượng(Qubit® )
| Sự tập trung | Âm lượng
| Độ tinh khiết(NanoDrop™ ) |
DNA bộ gen
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 µL | OD260/280=1.8-2.0 không suy thoái, không ô nhiễm
|
Phân tích tin sinh học của các mẫu bệnh hWES bao gồm:
● Sắp xếp dữ liệu QC
● Căn chỉnh bộ gen tham chiếu
● Nhận dạng SNP và InDels
● Chú thích chức năng của SNP và InDels
Phân tích tin sinh học của các mẫu khối u bao gồm:
● Sắp xếp dữ liệu QC
● Căn chỉnh bộ gen tham chiếu
● Xác định SNP, InDels và các biến thể soma
● Xác định các biến thể dòng mầm
● Phân tích dấu hiệu đột biến
● Xác định gen điều khiển dựa trên đột biến đạt được chức năng
● Chú thích đột biến ở mức độ nhạy cảm với thuốc
● Phân tích tính không đồng nhất – tính toán độ tinh khiết và độ dẻo
Data QC – Thống kê thu giữ Exome
Nhận dạng biến thể – InDels
Phân tích nâng cao: xác định và phân phối SNP/InDels có hại – Biểu đồ Circos
Phân tích khối u: xác định và phân bố đột biến soma – Biểu đồ Circos
Phân tích khối u: dòng vô tính