Lắp ráp bộ gen dựa trên HI-C
HI-C là một phương pháp được thiết kế để nắm bắt cấu hình nhiễm sắc thể bằng cách kết hợp các tương tác dựa trên sự gần gũi và trình tự thông lượng cao. Cường độ của các tương tác này được cho là tương quan nghịch với khoảng cách vật lý trên nhiễm sắc thể. Do đó, dữ liệu HI-C được sử dụng để hướng dẫn phân cụm, đặt hàng và định hướng các chuỗi được lắp ráp trong một bộ gen dự thảo và neo những người vào một số lượng nhiễm sắc thể nhất định. Công nghệ này trao quyền cho một tập hợp bộ gen ở cấp độ nhiễm sắc thể trong trường hợp không có bản đồ di truyền dựa trên dân số. Mỗi bộ gen cần một hi-c.
Các tính năng dịch vụ
● Trình tự trên Illumina Novaseq với PE150.
● Dịch vụ yêu cầu các mẫu mô, thay vì chiết xuất axit nucleic, để liên kết chéo với formaldehyd và bảo tồn các tương tác protein DNA.
● Thí nghiệm HI-C liên quan đến việc hạn chế và sửa chữa cuối các đầu dính với biotin, sau đó là hình tròn của các kết thúc cùn kết quả trong khi bảo tồn các tương tác. DNA sau đó được kéo xuống với các hạt streptavidin và được tinh chế để chuẩn bị thư viện tiếp theo.
Lợi thế dịch vụ
Tổng quan về Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Khoa học, 2009)
●Loại bỏ nhu cầu về dữ liệu dân số di truyền:Hi-C thay thế các thông tin cần thiết cần thiết cho việc neo đậu.
●Mật độ điểm đánh dấu cao:dẫn đến tỷ lệ neo liên kết cao trên 90%.
●Chuyên môn và hồ sơ xuất bản rộng rãi:BMKGene có kinh nghiệm rộng lớn với hơn 2000 trường hợp lắp ráp bộ gen HI-C từ 1000 loài khác nhau và các bằng sáng chế khác nhau. Hơn 200 trường hợp được công bố có hệ số tác động tích lũy trên 2000.
●Nhóm tin sinh học có tay nghề cao:Với các bằng sáng chế trong nhà và bản quyền phần mềm cho các thử nghiệm HI-C và phân tích dữ liệu, phần mềm dữ liệu trực quan hóa tự phát triển cho phép di chuyển, đảo ngược, thu hồi và làm lại khối thủ công.
●Hỗ trợ sau bán hàng:Cam kết của chúng tôi vượt ra ngoài hoàn thành dự án với thời gian dịch vụ sau bán 3 tháng. Trong thời gian này, chúng tôi cung cấp theo dõi dự án, hỗ trợ khắc phục sự cố và các phiên hỏi đáp để giải quyết bất kỳ truy vấn nào liên quan đến kết quả.
●Chú thích toàn diện: Chúng tôi sử dụng nhiều cơ sở dữ liệu để chú thích chức năng các gen với các biến thể được xác định và thực hiện phân tích làm giàu tương ứng, cung cấp hiểu biết về nhiều dự án nghiên cứu.
Thông số kỹ thuật dịch vụ
| Chuẩn bị thư viện | Chiến lược giải trình tự | Đầu ra dữ liệu được đề xuất | Kiểm soát chất lượng |
| Thư viện Hi-C | Illumina Novaseq PE150 | 100 lần | Q30 85% |
Yêu cầu mẫu
| Mô | Số tiền cần thiết |
| Viscera động vật | ≥ 2 g |
| Cơ bắp động vật | |
| Máu động vật có vú | 2 ml |
| Gia cầm/máu cá | |
| Lá thực vật tươi | ≥ 3 g |
| Tế bào nuôi cấy | 1x107 |
| Côn trùng | ≥ 2 g |
Lưu lượng làm việc dịch vụ
Thiết kế thí nghiệm
Giao hàng mẫu
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
1) QC dữ liệu thô
2) Thư viện Hi-C QC: Ước tính các tương tác HI-C hợp lệ
3) Lắp ráp HI-C: Phân cụm các contigs theo nhóm, theo sau là thứ tự liên kết trong mỗi nhóm và gán hướng con đường
4) Đánh giá HI-C
Thư viện Hi-C QC-Ước tính các cặp tương tác hợp lệ của HI-C
Hội đồng HI-C-Thống kê
Đánh giá sau lắp ráp-Bản đồ nhiệt của cường độ tín hiệu giữa các thùng
Khám phá những tiến bộ được tạo điều kiện bởi các dịch vụ lắp ráp HI-C của BMKGene thông qua một bộ sưu tập các ấn phẩm được quản lý.
Tian, T. et al. . doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. . 524140. DOI: 10.3389/fgene.2020.00279/bibtex.
Zhang, F. et al. . doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. . doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
