● Trình tự trên Illumina Novaseq với PE150.
● Dịch vụ yêu cầu các mẫu mô, thay vì chiết xuất axit nucleic, để liên kết chéo với formaldehyd và bảo tồn các tương tác protein DNA.
● Thí nghiệm HI-C liên quan đến việc hạn chế và sửa chữa cuối các đầu dính với biotin, sau đó là hình tròn của các kết thúc cùn kết quả trong khi bảo tồn các tương tác. DNA sau đó được kéo xuống với các hạt streptavidin và được tinh chế để chuẩn bị thư viện tiếp theo.
●Thiết kế enzyme hạn chế tối ưu: Để đảm bảo hiệu quả HI-C cao trên các loài khác nhau với các cặp tương tác hợp lệ lên tới 93%.
●Chuyên môn và hồ sơ xuất bản rộng rãi:BMKGene có kinh nghiệm rộng lớn với> 2000 dự án giải trình tự HI-C từ 800 loài khác nhau và các bằng sáng chế khác nhau. Hơn 100 trường hợp được công bố với hệ số tác động tích lũy trên 900.
●Nhóm tin sinh học có tay nghề cao:Với các bằng sáng chế trong nhà và bản quyền phần mềm cho các thử nghiệm HI-C và phân tích dữ liệu và phần mềm dữ liệu trực quan hóa tự phát triển.
●Hỗ trợ sau bán hàng:Cam kết của chúng tôi vượt ra ngoài hoàn thành dự án với thời gian dịch vụ sau bán 3 tháng. Trong thời gian này, chúng tôi cung cấp theo dõi dự án, hỗ trợ khắc phục sự cố và các phiên hỏi đáp để giải quyết bất kỳ truy vấn nào liên quan đến kết quả.
●Chú thích toàn diện: Chúng tôi sử dụng nhiều cơ sở dữ liệu để chú thích chức năng các gen với các biến thể được xác định và thực hiện phân tích làm giàu tương ứng, cung cấp hiểu biết về nhiều dự án nghiên cứu.
Thư viện | Chiến lược giải trình tự | Đầu ra dữ liệu được đề xuất | Độ phân giải tín hiệu Hi-C |
Thư viện Hi-C | Illumina PE150 | Vòng chromatin: 150x Tad: 50x | Vòng chromatin: 10kb Tad: 40kb |
Loại mẫu | Số tiền cần thiết |
Mô động vật | ≥2g |
Máu toàn phần | 2ml |
Nấm | ≥1g |
Thực vật- mô trẻ | 1g/aliquot, 2-4 aliquotes được đề xuất |
Tế bào nuôi cấy | ≥1x107 |
Bao gồm các phân tích sau:
● QC dữ liệu thô;
● Ánh xạ và Thư viện HI-C QC: Các cặp tương tác hợp lệ và số mũ phân rã tương tác (IDE);
● Hồ sơ tương tác trên toàn bộ gen: Phân tích CIS/Trans và Bản đồ tương tác HI-C;
● Phân tích phân phối ngăn A/B;
● Xác định các vòng lặp và chromatin;
● Phân tích khác biệt trên các yếu tố cấu trúc chromatin 3D giữa các mẫu và chú thích chức năng tương ứng của các gen liên quan.
Phân phối tỷ lệ CIS và Trans
Bản đồ nhiệt của các tương tác nhiễm sắc thể giữa các mẫu
Phân phối toàn bộ bộ gen của các ngăn A/B
Phân phối toàn bộ bộ gen của các vòng chromatin
Trực quan hóa TADS
Khám phá các tiến bộ nghiên cứu được tạo điều kiện bởi các dịch vụ giải trình tự HI-C của BMKGene thông qua một bộ sưu tập các ấn phẩm được quản lý.
Mạnh, T. et al. .Ung thư thần kinh, 23 (10), trang 1709 Từ1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.
Xu, L. et al. .Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), trang 3150 Từ3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.