Nghiên cứu liên kết trên toàn bộ gen (GWAS) nhằm xác định các biến thể di truyền (kiểu gen) liên quan đến các đặc điểm cụ thể (kiểu hình). Các nghiên cứu của GWA điều tra các dấu hiệu di truyền vượt qua toàn bộ bộ gen của số lượng lớn các cá nhân và dự đoán các hiệp hội kiểu gen bằng cách phân tích thống kê ở cấp độ dân số. Sự tái hợp toàn bộ gen có thể có khả năng khám phá tất cả các biến thể di truyền. Kết hợp với dữ liệu kiểu hình, GWA có thể được xử lý để xác định các SNP, QTL và các gen ứng cử viên liên quan đến kiểu hình, giúp hỗ trợ mạnh mẽ nhân giống động vật/thực vật hiện đại. SLAF là một chiến lược giải trình tự bộ gen đơn giản hóa tự phát triển, phát hiện ra các dấu hiệu phân tán trên toàn bộ bộ gen, SNP. Các SNP này, như các dấu hiệu di truyền phân tử, có thể được xử lý cho các nghiên cứu liên kết với các đặc điểm nhắm mục tiêu. Đó là một chiến lược hiệu quả về chi phí trong việc xác định các đặc điểm phức tạp liên quan đến các biến thể di truyền.
