Bộ gen nấm De novo
BMKGENE cung cấp các giải pháp linh hoạt cho bộ gen của nấm, đáp ứng nhu cầu nghiên cứu đa dạng và tính hoàn chỉnh của bộ gen mong muốn. Chỉ sử dụng trình tự Illumina đọc ngắn cho phép tạo ra bộ gen phác thảo. Trình tự đọc ngắn và đọc dài bằng cách sử dụng Nanopore hoặc Pacbio được kết hợp để tạo ra bộ gen nấm tinh tế hơn với các đường viền dài hơn. Hơn nữa, việc tích hợp giải trình tự Hi-C sẽ nâng cao hơn nữa các khả năng, cho phép đạt được bộ gen ở cấp độ nhiễm sắc thể hoàn chỉnh.
Tính năng dịch vụ
Với ba tùy chọn có thể lựa chọn tùy thuộc vào mức độ hoàn chỉnh của bộ gen mong muốn:
● Tùy chọn bộ gen dự thảo: Trình tự đọc ngắn với Illumina NovaSeq PE150.
● Tùy chọn bộ gen tốt của nấm:
Khảo sát bộ gen: Illumina NovaSeq PE150.
Tập hợp bộ gen: PacBio Revio (đọc HiFi) hoặc Nanopore PromethION 48.
● Bộ gen nấm ở cấp độ nhiễm sắc thể:
Khảo sát bộ gen: Illumina NovaSeq PE150.
Tập hợp bộ gen: PacBio Revio (đọc HiFi) hoặc Nanopore PromethION 48.
Neo Contig với cụm Hi-C.
Ưu điểm dịch vụ
●Nhiều chiến lược sắp xếp có sẵn: Đối với các mục tiêu nghiên cứu khác nhau và các yêu cầu về tính hoàn thiện của bộ gen
●Quy trình làm việc tin sinh học hoàn chỉnh:Điều này bao gồm việc tập hợp bộ gen và dự đoán nhiều yếu tố bộ gen, chú thích gen chức năng và neo liên kết.
●Chuyên môn sâu rộng: Với hơn 12.000 bộ gen vi sinh vật được tập hợp, chúng tôi mang đến hơn một thập kỷ kinh nghiệm, đội ngũ phân tích có tay nghề cao, nội dung toàn diện và hỗ trợ sau bán hàng tuyệt vời.
●Hỗ trợ sau bán hàng:Cam kết của chúng tôi còn vượt xa việc hoàn thành dự án với thời gian dịch vụ sau bán hàng 3 tháng. Trong thời gian này, chúng tôi cung cấp dịch vụ theo dõi dự án, hỗ trợ khắc phục sự cố và các phiên hỏi đáp để giải quyết mọi thắc mắc liên quan đến kết quả.
Thông số dịch vụ
| Dịch vụ | Chiến lược tuần tự | Kiểm soát chất lượng |
| bản thảo bộ gen | Chiếu sáng PE150 100x | Q30 ≥85% |
| Bộ gen tốt | Khảo sát bộ gen: Illumina PE150 50 x Lắp ráp: PacBio HiFi 30x hoặc Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb（Pacbio đơn bào） contig N50 ≥2Mb(ONT đơn bào) contig N50 ≥500kb（Khác） |
| Bộ gen cấp độ nhiễm sắc thể | Khảo sát bộ gen: Illumina PE150 50 x Lắp ráp: PacBio HiFi 30x hoặc Nanopore 100x Hội Hi-C 100x | Tỷ lệ neo liên tục> 90%
|
Yêu cầu dịch vụ
| Nồng độ (ng/µL) | Tổng số tiền (µg) | Thể tích (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,6 |
| lỗ nano | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Nấm đơn bào: ≥3,5x1010 tế bào
Nấm Macro: ≥10 g
Quy trình công việc dịch vụ
Giao mẫu
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
Bao gồm các phân tích sau:
Khảo sát bộ gen:
- Kiểm soát chất lượng dữ liệu tuần tự
- Ước tính bộ gen: kích thước, tính dị hợp tử, các yếu tố lặp đi lặp lại
Lắp ráp bộ gen tốt:
- Kiểm soát chất lượng dữ liệu tuần tự
- Mới bắt đầuCuộc họp
- Phân tích thành phần bộ gen: Dự đoán CDS và nhiều yếu tố bộ gen
- Chú thích chức năng với nhiều cơ sở dữ liệu chung (GO, KEGG, v.v.) và cơ sở dữ liệu nâng cao (CARD, VFDB, v.v.)
Hội Hi-C:
- Đánh giá thư viện Hi-C.
- Contigs neo phân cụm, sắp xếp và định hướng
- Đánh giá hội HI-C: Dựa trên bộ gen tham chiếu và bản đồ nhiệt
Khảo sát bộ gen: phân bố k-mer
Tập hợp bộ gen: chú thích tương đồng gen (cơ sở dữ liệu NR)
Tập hợp bộ gen: chú thích gen chức năng (GO)
Khám phá những tiến bộ được hỗ trợ bởi các dịch vụ lắp ráp bộ gen nấm của BMKGene thông qua bộ sưu tập các ấn phẩm được tuyển chọn.
Hảo, J. và cộng sự. (2023) 'Hồ sơ omic tổng hợp của nấm dược liệu Inonotus obliquus trong điều kiện ngập nước',Bộ gen BMC, 24(1), trang 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. và cộng sự. (2023) 'Trình tự bộ gen cho thấy sự tiến hóa và cơ chế gây bệnh của mầm bệnh đốm mắt sắc bén lúa mì Rhizoctonia ngũ cốc',Tạp chí cây trồng, 11(2), trang 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. và cộng sự. (2023) 'Tài nguyên bộ gen của bốn loài Clarireedia gây ra đô la trên các loại cỏ đa dạng',Bệnh thực vật, 107(3), trang 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Trương, SS và cộng sự. (2023) 'Bằng chứng di truyền và phân tử về hệ thống giao phối tứ cực ở loài nấm ăn được Grifola frindosa',Tạp chí nấm, 9(10), tr. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
