Di truyền học tiến hóa
Ưu điểm dịch vụ
Takagi và cộng sự,Tạp chí thực vật, 2013
●Phân tích tin sinh học toàn diện:cho phép ước tính sự đa dạng di truyền, phản ánh tiềm năng tiến hóa của các loài và tiết lộ mối quan hệ phát sinh gen đáng tin cậy giữa các loài với ảnh hưởng tối thiểu của tiến hóa hội tụ và tiến hóa song song
●Phân tích tùy chỉnh tùy chọn: chẳng hạn như ước tính thời gian và tốc độ phân kỳ dựa trên sự thay đổi ở mức độ nucleotide và axit amin.
●Hồ sơ xuất bản và chuyên môn sâu rộng: BMKGene đã tích lũy kinh nghiệm dày dặn trong các dự án di truyền quần thể và tiến hóa trong hơn 15 năm, bao gồm hàng nghìn loài, v.v. và đóng góp cho hơn 1000 dự án cấp cao được công bố trên tạp chí Nature Communications, Thực vật phân tử, Tạp chí Công nghệ sinh học thực vật, v.v.
● Đội ngũ tin sinh học có tay nghề cao và chu trình phân tích ngắn: với kinh nghiệm tuyệt vời trong phân tích gen nâng cao, nhóm của BMKGene cung cấp các phân tích toàn diện với thời gian xử lý nhanh chóng.
● Hỗ trợ sau bán hàng:Cam kết của chúng tôi còn vượt xa việc hoàn thành dự án với thời gian dịch vụ sau bán hàng 3 tháng. Trong thời gian này, chúng tôi cung cấp dịch vụ theo dõi dự án, hỗ trợ khắc phục sự cố và các phiên hỏi đáp để giải quyết mọi thắc mắc liên quan đến kết quả.
Thông số kỹ thuật và yêu cầu dịch vụ
| Kiểu giải trình tự | Quy mô dân số đề xuất | Chiến lược tuần tự | Yêu cầu nucleotide |
| Trình tự toàn bộ bộ gen | ≥ 30 cá thể, với ≥ 10 cá thể từ mỗi phân nhóm
| 10 lần | Nồng độ: ≥ 1 ng/ µL Tổng số tiền ≥ 30ng Hạn chế hoặc không có sự suy thoái hoặc ô nhiễm |
| Đoạn khuếch đại quỹ tích cụ thể (SLAF) | Độ sâu thẻ: 10 lần Số lượng thẻ: <400 Mb: Nên sử dụng WGS <1Gb: 100K thẻ 1Gb >2Gb: 300K thẻ Thẻ tối đa 500k | Nồng độ ≥ 5 ng/µL Tổng số tiền ≥ 80 ng Giọt Nano OD260/280=1,6-2,5 Gel agarose: không có hoặc có giới hạn phân hủy hoặc nhiễm bẩn
|
Quy trình công việc dịch vụ
Thiết kế thí nghiệm
Giao mẫu
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
Dịch vụ bao gồm phân tích cấu trúc quần thể (cây phát sinh loài, PCA, biểu đồ phân tầng quần thể), đa dạng quần thể và lựa chọn quần thể (mất cân bằng liên kết, lựa chọn quét có chọn lọc các vị trí thuận lợi). Dịch vụ này cũng có thể bao gồm phân tích tùy chỉnh (ví dụ: thời gian phân kỳ, dòng gen).
*Các kết quả demo hiển thị ở đây đều lấy từ bộ gen được xuất bản với BMKGENE
1. Phân tích tiến hóa bao gồm việc xây dựng cây phát sinh gen, cấu trúc quần thể và PCA dựa trên các biến thể di truyền.
Cây phát sinh gen thể hiện mối quan hệ phân loại và tiến hóa giữa các loài có tổ tiên chung.
PCA nhằm mục đích hình dung sự gần gũi giữa các nhóm dân cư.
Cấu trúc quần thể cho thấy sự hiện diện của một quần thể phụ khác biệt về mặt di truyền xét về tần số alen.
Chen, et. al.,PNAS, 2020
2. Quét chọn lọc
Quét chọn lọc đề cập đến một quá trình trong đó một vị trí thuận lợi được chọn và tần số của các vị trí trung lập được liên kết được tăng lên và tần số của các vị trí không được liên kết bị giảm, dẫn đến giảm khu vực.
Việc phát hiện trên toàn bộ bộ gen trên các vùng quét chọn lọc được xử lý bằng cách tính toán chỉ số di truyền quần thể（π,Fst, Tajima's D) của tất cả SNP trong một cửa sổ trượt (100 Kb) ở bước nhất định (10 Kb).
Đa dạng nucleotide(π)
Tajima D
Chỉ số cố định (Fst)
Vũ, et. al.,thực vật phân tử, 2018
3. Dòng gen
Vũ, et. al.,thực vật phân tử, 2018
4.Lịch sử nhân khẩu học
Zhang, et. al.,Sinh thái tự nhiên & Tiến hóa, 2021
5. Thời gian phân kỳ
Zhang, et. al.,Sinh thái tự nhiên & Tiến hóa, 2021
Khám phá những tiến bộ được hỗ trợ bởi các dịch vụ di truyền tiến hóa của BMKGene thông qua bộ sưu tập các ấn phẩm được tuyển chọn:
Hassanyar, AK và cộng sự. (2023) 'Khám phá các dấu hiệu phân tử SNP và các gen ứng cử viên có liên quan đến khả năng kháng vi rút Sacbrood ở ấu trùng Apis cerana cerana bằng phương pháp sắp xếp lại toàn bộ bộ gen',Tạp chí quốc tế về khoa học phân tử, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. và cộng sự. (2022) 'Việc phát hiện ra loài kỳ giông khổng lồ Trung Quốc hoang dã, thuần chủng về mặt di truyền tạo ra những cơ hội bảo tồn mới',Nghiên cứu động vật học, 2022, Tập. 43, Số 3, Trang: 469-480, 43(3), trang 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. và cộng sự. (2022) 'Mô hình phát sinh loài và lịch sử tiến hóa quần thể của Elymus sibiricus L. bản địa trên cao nguyên Thanh Hải-Tây Tạng',Biên giới trong khoa học thực vật, 13, tr. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. và cộng sự. (2022) 'Những hiểu biết sâu sắc về bộ gen về quá trình tiến hóa của cây nhãn từ tập hợp bộ gen ở cấp độ nhiễm sắc thể và bộ gen quần thể của các giống nhãn',Nghiên cứu làm vườn, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
