Trình tự mRNA có độ dài đầy đủ -PacBio
Đặc trưng
● tổng hợp cDNA từ poly-A mRNA sau đó chuẩn bị thư viện
● Sắp xếp trình tự ở chế độ CCS, tạo ra các lần đọc HiFi
● Sắp xếp các bản ghi có độ dài đầy đủ
● Việc phân tích không cần có bộ gen tham chiếu; tuy nhiên, nó có thể được sử dụng
● Phân tích tin sinh học cho phép phân tích các bản phiên mã lncRNA đồng dạng, sự hợp nhất gen, poly-adenylation và cấu trúc gen
Ưu điểm dịch vụ
●Độ chính xác cao: HiFi đọc với độ chính xác >99,9% (Q30), có thể so sánh với NGS
● Phân tích mối nối thay thế: trình tự của toàn bộ bản phiên mã cho phép nhận dạng và mô tả đặc điểm đồng dạng
●Chuyên môn sâu rộng: với thành tích hoàn thành hơn 1100 dự án bảng điểm đầy đủ PacBio và xử lý hơn 2300 mẫu, nhóm của chúng tôi mang lại nhiều kinh nghiệm cho mọi dự án.
●Hỗ trợ sau bán hàng: cam kết của chúng tôi còn vượt xa việc hoàn thành dự án với thời gian dịch vụ sau bán hàng 3 tháng. Trong thời gian này, chúng tôi cung cấp dịch vụ theo dõi dự án, hỗ trợ khắc phục sự cố và các phiên hỏi đáp để giải quyết mọi thắc mắc liên quan đến kết quả.
Yêu cầu mẫu và giao hàng
| Thư viện | Chiến lược tuần tự | Dữ liệu được đề xuất | Kiểm soát chất lượng |
| Thư viện CCS mRNA được làm giàu bằng PolyA | Phần tiếp theo của PacBio II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 triệu CCS | Q30 ≥85% |
Yêu cầu mẫu:
Nucleotide:
● Thực vật:
Rễ, thân hoặc cánh hoa: 450 mg
Lá hoặc hạt: 300 mg
Quả: 1,2 g
● Động vật:
Tim hoặc ruột: 300 mg
Nội tạng hoặc Não: 240 mg
Cơ bắp: 450 mg
Xương, Tóc hoặc Da: 1g
● Động vật chân đốt:
Côn trùng: 6g
Giáp xác: 300 mg
● Máu toàn phần: 1 ống
● Tế bào: 106 tế bào
| Kết quả (ng/μl) | Số lượng (μg) | độ tinh khiết | Chính trực |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Hạn chế hoặc không có ô nhiễm protein hoặc DNA hiển thị trên gel. | Đối với cây trồng: RIN ≥7,5; Đối với động vật: RIN ≥8,0; 5,0 ≥ 28S/18S ≥1,0; giới hạn hoặc không có độ cao cơ bản |
Đề xuất giao hàng mẫu
thùng chứa: Ống ly tâm 2 ml (Không nên dùng giấy thiếc)
Ghi nhãn mẫu: Nhóm+sao chép ví dụ A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lô hàng:
1. Đá khô: Mẫu cần được đóng gói trong túi và chôn trong đá khô.
2. Ống ổn định RNA: Các mẫu RNA có thể được làm khô trong ống ổn định RNA (ví dụ RNAstable®) và vận chuyển ở nhiệt độ phòng.
Quy trình công việc dịch vụ
Thiết kế thí nghiệm
Giao mẫu
Chiết xuất RNA
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
Bao gồm các phân tích sau:
● Kiểm soát chất lượng dữ liệu thô
● Phân tích Polyadenylation thay thế (APA)
● Phân tích bảng điểm tổng hợp
● Phân tích mối nối thay thế
● Phân tích phép chỉnh hình một bản sao phổ quát (BUSCO) đo điểm chuẩn
● Phân tích bản ghi mới: dự đoán trình tự mã hóa (CDS) và chú thích chức năng
● phân tích lncRNA: dự đoán lncRNA và mục tiêu
● Nhận dạng vi vệ tinh (SSR)
phân tích BUSCO
Phân tích nối thay thế
Phân tích Polyadenylation thay thế (APA)
Chú thích chức năng của bảng điểm tiểu thuyết
Khám phá những tiến bộ được hỗ trợ bởi các dịch vụ giải trình tự mRNA toàn thời gian Nanopore của BMKGene trong ấn phẩm nổi bật này.
Ma, Y. và cộng sự. (2023) 'Phân tích so sánh các phương pháp giải trình tự RNA PacBio và ONT để xác định nọc độc Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. và cộng sự. (2019) 'Động lực phát triển của bản phiên mã thân cây Populus', Tạp chí Công nghệ sinh học thực vật, 17(1), trang 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Đặng, H. và cộng sự. (2022) 'Những thay đổi mạnh mẽ về hàm lượng axit ascorbic trong quá trình phát triển và chín quả của Actinidia latifolia (một loại cây ăn quả giàu ascorbate) và các cơ chế phân tử liên quan', Tạp chí quốc tế về khoa học phân tử, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. và cộng sự. (2022) 'Dự đoán hiệu quả các gen trong con đường sinh tổng hợp liên quan đến polyphyllin có hoạt tính sinh học ở Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), trang 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Lưu, M. và cộng sự. (2023) 'Phân tích kết hợp PacBio Iso-Seq và Illumina RNA-Seq của bản phiên mã Tuta absoluta (Meyrick) và gen Cytochrome P450', Côn trùng, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun và cộng sự. (2019) 'Một cuộc khảo sát về độ phức tạp của hệ phiên mã bằng cách sử dụng phân tích thời gian thực phân tử đơn PacBio kết hợp với trình tự RNA của Illumina để hiểu rõ hơn về quá trình sinh tổng hợp axit ricinoleic ở Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), trang 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
