Các sản phẩm

*Kết quả demo được hiển thị ở đây là tất cả từ bộ gen được xuất bản với công nghệ sinh học

1 Đỉnh gần đây nhất xuất hiện khoảng 0,5 triệu năm trước.

Li Guang và cộng sự,Di truyền học tự nhiên, 2021

2.Phylogeny và phân tích họ gen trên Chayote (Sechium Edule): Bằng cách phân tích Chayote và 13 loài liên quan khác trong họ gen, Chayote được tìm thấy có liên quan chặt chẽ nhất với Snake -Gourd (Trichosanthes Anguina). Chayote có nguồn gốc từ Snake bầu ở khoảng 27-45 Mya và toàn bộ bộ gen (WGD) đã được quan sát thấy ở Chayote trong 25 ± 4 Mya, đây là sự kiện WGD thứ ba trong Cucuibitaceae.

Fu a et al.,Nghiên cứu làm vườn, 2021

3. Phân tích synteny: Một số gen liên quan đến phytohormone trong sự phát triển trái cây đã được tìm thấy ở Chayote, Snake bầu và bí. Mối tương quan giữa Chayote và Squash cao hơn một chút so với giữa Chayote và Snake bầu.

Fu a et al.,Nghiên cứu làm vườn, 2021

4. Phân tích gia đình: Làm giàu KEGG về sự mở rộng và co lại của gia đình gen trong bộ gen G.Thurberi và G.Davidsonii cho thấy sinh tổng hợp steroid và các gen liên quan đến sinh tổng hợp brassinosteroid đã được mở rộng.

Yang Z et al.,Sinh học BMC, 2021

5. Phân tích sao chép bộ gen của Whole: Phân tích phân phối 4DTV và KS cho thấy toàn bộ sự kiện sao chép bộ gen. Đỉnh của nội tạng hiển thị các sự kiện trùng lặp. Đỉnh của các giao thoa hiển thị các sự kiện đầu cơ. Phân tích chỉ ra rằng so sánh với ba loài khác có liên quan chặt chẽ, O. Europaea đã trải qua một bản sao gen quy mô lớn gần đây.

Rao G et al.,Nghiên cứu làm vườn, 2021

BMK CASE

Hoa hồng không có chích: những hiểu biết về bộ gen liên quan đến thích ứng độ ẩm

Xuất bản: Tạp chí Khoa học Quốc gia, 2021

Chiến lược giải trình tự:

'Basye'sKhông gai'(R.Wichurainan) bộ gen:
Khoảng. 93 x Pacbio + xấp xỉ. 90 x nanopore + 267 x Illumina

Kết quả chính

1. Bộ gen của r.wichuraiana chất lượng được xây dựng bằng các kỹ thuật giải trình tự đọc dài, mang lại sự lắp ráp 530,07 Mb (kích thước bộ gen ước tính là khoảng 525,9 Mb bằng phương pháp tế bào học dòng chảy và 525,5 bởi khảo sát bộ gen ； Heterozygosy là khoảng 1,03%). Điểm số ước tính của Busco là 93,9%. So sánh với Old Old Blush (Haploob), chất lượng và tính đầy đủ của bộ gen này đã được xác nhận bằng độ chính xác cơ sở cơ sở và chỉ số lắp ráp LTR (LAI = 20.03). Bộ gen R.wichuraiana chứa 32.674 gen mã hóa protein.

2. Phân tích chung, bao gồm bộ gen so sánh, phiên mã, phân tích QTL của quần thể di truyền, cho thấy sự suy đoán quan trọng giữa R. wichuraiana và Rosa chinensis. Ngoài ra, sự thay đổi biểu hiện của các gen liên quan trong QTL có khả năng được liên kết với việc tạo mẫu str.

Bộ gen so sánh giữa các cơ sở và Rosa Chinensis của Basye, bao gồm phân tích tổng hợp, phân tích gia đình gen, phân tích mở rộng và co lại, cho thấy số lượng lớn các biến thể, liên quan đến các đặc điểm quan trọng trong hoa hồng. Sự mở rộng độc đáo trong họ gen NAC và FAR1/FRS rất có khả năng có liên quan đến sự kháng cự với đốm đen.

Zhong, M., et al. “Hoa hồng không có chích: những hiểu biết về bộ gen liên quan đến sự thích ứng độ ẩm”Tạp chí Khoa học Quốc gia, 2021 ;, NWAB092.