BMKMANU S3000_Bản ghi không gian
Sơ đồ kỹ thuật phiên mã không gian BMKMANU S3000
Đặc trưng
- Độ phân giải: 3.5 µM
- Đường kính điểm: 2,5 µM
- Số lượng chỗ: khoảng 4 triệu
- 3 định dạng vùng chụp có thể có: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm hoặc 15 mm * 20 mm
- Mỗi hạt mã vạch được nạp mồi gồm 4 phần:
• đuôi poly(dT) dùng để mồi mRNA và tổng hợp cDNA,
• Mã định danh phân tử duy nhất (UMI) để điều chỉnh độ lệch khuếch đại
• Mã vạch không gian
• Trình tự liên kết của đoạn mồi trình tự đọc một phần
- H&E và nhuộm huỳnh quang các phần
- Khả năng sử dụng công nghệ phân đoạn tế bào: tích hợp nhuộm H&E, nhuộm huỳnh quang và giải trình tự RNA để xác định ranh giới của từng tế bào và gán biểu hiện gen chính xác cho từng tế bào. Xử lý phân tích hồ sơ không gian xuôi dòng dựa trên thùng ô.
- Có thể đạt được phân tích độ phân giải đa cấp: Phân tích đa cấp linh hoạt từ 100um đến 3,5 um để phân giải các đặc điểm mô đa dạng ở độ phân giải tối ưu.
Ưu điểm của BMKMANU S3000
-Nhân đôi số điểm chụp lên 4 triệu: với độ phân giải được cải thiện 3,5 uM, dẫn đến khả năng phát hiện gen và UMI trên mỗi tế bào cao hơn. Điều này dẫn đến việc phân cụm các tế bào dựa trên cấu hình phiên mã được cải thiện, với chi tiết tốt hơn phù hợp với cấu trúc mô.
- Độ phân giải dưới tế bào:Mỗi khu vực chụp chứa >2 triệu Điểm mã vạch không gian có đường kính 2,5 µm và khoảng cách 5 µm giữa các tâm điểm, cho phép phân tích bản sao không gian với độ phân giải dưới tế bào (5 µm).
-Phân tích độ phân giải đa cấp:Phân tích đa cấp độ linh hoạt từ 100 μm đến 5 μm để giải quyết các đặc điểm mô đa dạng ở độ phân giải tối ưu.
-Khả năng sử dụng công nghệ phân đoạn ô “Ba trong một slide”:kết hợp nhuộm huỳnh quang, nhuộm H&E và giải trình tự RNA trên một slide duy nhất, thuật toán phân tích "ba trong một" của chúng tôi cho phép xác định ranh giới tế bào cho quá trình phiên mã dựa trên tế bào tiếp theo.
-Tương thích với nhiều nền tảng giải trình tự: cả NGS và trình tự đọc dài đều có sẵn.
-Thiết kế linh hoạt vùng chụp hoạt động 1-8: kích thước của vùng chụp rất linh hoạt, có thể sử dụng 3 định dạng (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm và 15 mm * 20 mm)
-Dịch vụ một cửa: tích hợp tất cả các bước dựa trên kinh nghiệm và kỹ năng, bao gồm cắt lạnh, nhuộm màu, tối ưu hóa mô, mã vạch không gian, chuẩn bị thư viện, giải trình tự và tin sinh học.
-Tin sinh học toàn diện và trực quan hóa kết quả thân thiện với người dùng:gói bao gồm 29 phân tích và hơn 100 số liệu chất lượng cao, kết hợp với việc sử dụng phần mềm được phát triển nội bộ để trực quan hóa và tùy chỉnh việc phân tách ô và phân cụm điểm.
-Phân tích và hiển thị dữ liệu tùy chỉnh: có sẵn cho các yêu cầu nghiên cứu khác nhau
-Đội ngũ kỹ thuật tay nghề cao: với kinh nghiệm về hơn 250 loại mô và hơn 100 loài bao gồm người, chuột, động vật có vú, cá và thực vật.
-Cập nhật theo thời gian thực trên toàn bộ dự án: với toàn quyền kiểm soát tiến độ thử nghiệm.
-Phân tích khớp tùy chọn với trình tự mRNA đơn bào
Thông số dịch vụ
| Yêu cầu mẫu | Thư viện | Chiến lược tuần tự | Dữ liệu được đề xuất | Kiểm soát chất lượng |
| Mẫu cryo nhúng OCT (Đường kính tối ưu: xấp xỉ. 6×6×6 mm³) 2 khối mỗi mẫu 1 để thử nghiệm, 1 để dự phòng | Thư viện cDNA S3000 | Chiếu sáng PE150 | 160K PE đọc trên 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
Để biết thêm chi tiết về hướng dẫn chuẩn bị mẫu và quy trình dịch vụ, vui lòng nói chuyện vớichuyên gia BMKGENE
Quy trình công việc dịch vụ
Trong giai đoạn chuẩn bị mẫu, thử nghiệm tách chiết RNA số lượng lớn ban đầu được thực hiện để đảm bảo thu được RNA chất lượng cao. Trong giai đoạn tối ưu hóa mô, các phần được nhuộm màu và hiển thị, đồng thời tối ưu hóa các điều kiện thẩm thấu để giải phóng mRNA khỏi mô. Sau đó, giao thức được tối ưu hóa sẽ được áp dụng trong quá trình xây dựng thư viện, sau đó là trình tự và phân tích dữ liệu.
Quy trình dịch vụ hoàn chỉnh bao gồm cập nhật theo thời gian thực và xác nhận của khách hàng để duy trì vòng phản hồi phản hồi nhanh, đảm bảo thực hiện dự án suôn sẻ.
Dữ liệu do BMKMANU S3000 tạo ra được phân tích bằng phần mềm “BSTMatrix”, được BMKGENE thiết kế độc lập, tạo ra Ma trận biểu hiện gen ở cấp độ ô và độ phân giải đa cấp. Từ đó, một báo cáo tiêu chuẩn được tạo ra bao gồm kiểm soát chất lượng dữ liệu, phân tích mẫu bên trong và phân tích giữa các nhóm.
- Kiểm soát chất lượng dữ liệu:
- Dữ liệu đầu ra và phân phối điểm chất lượng
- Phát hiện gen trên mỗi điểm
- Bao phủ mô
- Phân tích nội mẫu:
- Sự phong phú về gen
- Phân cụm điểm, bao gồm phân tích kích thước giảm
- Phân tích biểu hiện khác biệt giữa các cụm: xác định gen đánh dấu
- Chú thích chức năng và làm giàu gen đánh dấu
- Phân tích giữa các nhóm
- Tái kết hợp các đốm từ cả hai mẫu (ví dụ: bệnh và đối chứng) và tái phân cụm
- Xác định gen đánh dấu cho từng cụm
- Chú thích chức năng và làm giàu gen đánh dấu
- Biểu thức khác biệt của cùng một cụm giữa các nhóm
Ngoài ra, “BSTViewer” do BMKGene phát triển là một công cụ thân thiện với người dùng, cho phép người dùng hình dung biểu hiện gen và phân cụm điểm ở các độ phân giải khác nhau.
BMKGene cung cấp các dịch vụ lập hồ sơ không gian ở độ phân giải đơn ô chính xác (dựa trên thùng ô hoặc thùng vuông đa cấp từ 100um đến 3,5um).
Dữ liệu lược tả không gian từ các phần mô trên slide S3000 hoạt động tốt như bên dưới.
Nghiên cứu tình huống 1: Não chuột
Phân tích phần não chuột bằng S3000 đã xác định được ~94.000 tế bào, với trình tự trung bình là ~2000 gen trên mỗi tế bào. Độ phân giải được cải thiện 3,5 uM dẫn đến việc phân cụm các tế bào rất chi tiết dựa trên mô hình phiên mã, với các cụm tế bào bắt chước các cấu trúc khác biệt của não. Điều này có thể dễ dàng quan sát được bằng cách hình dung sự phân bố của các tế bào tập hợp thành các tế bào ít nhánh và tế bào microglia, hầu như chỉ nằm ở chất xám và chất trắng.
Trường hợp nghiên cứu 2: Phôi chuột
Phân tích phần phôi chuột bằng S3000 đã xác định được ~2200 000 tế bào, với trình tự trung bình là ~1600 gen trên mỗi tế bào. Độ phân giải được cải thiện 3,5 uM dẫn đến việc phân cụm các tế bào rất chi tiết dựa trên mô hình phiên mã, với 12 cụm ở vùng mắt và 28 cụm ở vùng não.
Phân cụm ô phân tích mẫu bên trong:
Nhận dạng gen đánh dấu và phân bố không gian:
- độ phân giải dưới ô cao hơn: So với slide S1000, mỗi khu vực chụp của S3000 chứa >4 triệu Điểm mã vạch không gian với đường kính 2,5 µm và khoảng cách 3,5 µm giữa các trung tâm điểm, cho phép phân tích bảng điểm không gian với độ phân giải dưới ô cao hơn (thùng vuông: 3,5 µm).
- Hiệu suất chụp cao hơn: so với slide S1000, Median_UMI tăng từ 30% lên 70%, Median_Gene tăng từ 30% lên 60%
Sơ đồ chip S1000:
Sơ đồ chip S3000:
